PDB-3sll: Crystal structure of a probable enoyl-CoA hydratase/isomerase fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3sll

タイトル

Crystal structure of a probable enoyl-CoA hydratase/isomerase from Mycobacterium abscessus

要素

Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase

キーワード

ISOMERASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / Mycobacterium / enoyl-coA / fatty acid biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

enoyl-CoA hydratase activity / fatty acid beta-oxidation
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium abscessus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...

履歴

登録	2011年6月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年7月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2015年4月22日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3sll.cif.gz	571.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3sll.ent.gz	470.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3sll.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sl/3sll ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sl/3sll	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gvcC 3gvgC 3gwcC 3h7fC 3h81SC 3he2C 3hwiC 3hwkC 3hzgC 3icoC 3khpC 3llsC 3moyC 3mpzC 3mybC 3ndnC 3ndoC 3nf4C 3ng3C 3njdC 3nwoC 3o0mC 3o38C 3oc6C 3oc7C 3oi9C 3oksC 3omeC 3p0tC 3p2yC 3p4iC 3p4tC 3p5mC 3p85C 3pe8C 3pk0C 3ppiC 3pzyC 3q1tC 3q8nC 3qbpC 3qdfC 3qhaC 3qivC 3qk8C 3qkaC 3qljC 3qmjC 3qreC 3quaC 3quvC 3qxiC 3qxzC 3qyrC 3r0oC 3r1iC 3r1jC 3r20C 3r2nC 3r4tC 3r6hC 3r6oC 3r7kC 3r8cC 3r9pC 3r9qC 3r9rC 3r9sC 3r9tC 3rd5C 3rd7C 3rd8C 3rfqC 3rihC 3rr2C 3rr6C 3rrpC 3rrvC 3rsiC 3rv2C 3s82C 3sbxC 3sf6C 3svkC 3svtC 3swoC 3swtC 3swxC 3t3wC 3tavC 3tcrC 3tdeC 3tjrC 3tl3C 3tlfC 3trrC 3tx2C 3tzqC 3tzuC 3u0aC 3ucxC 3uveC 4di1C 4dieC 4dq8C 4dxlC 4ed4C 4egeC 4egfC 4emdC 4eo9C 4eyeC 4f3wC 4f47C 4ffcC 4gk6C 4hdtC 4hr3C 4i1yC 4ijnC 4iv6C 4iz9C 4j5iC 4kamC 4lgvC 4o2dC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3qk8-d 7m3w-1 3h81-1 1wz8-d 6ojm-2 2uzf-1 6ojm-3 2iex-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: MyabA.00305.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase

B: Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase

C: Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase

D: Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase

E: Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase

F: Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase

ヘテロ分子

190 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.090, 131.650, 148.710
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase 分子量: 31484.080 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (バクテリア) 株: ATCC 19977 / DSM 44196 / 遺伝子: MAB_2737c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1MC45
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 466 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.73 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: MyabA.00305.a.A1 at 34.6 mg/mL against JCSG+ screen condition B12, 0.2 M potassium citrate, 20% PEG 3350 with 25% ethylene glycol as cryo-protection reagent, crystal tracking ID 219708b12, pH ...詳細: MyabA.00305.a.A1 at 34.6 mg/mL against JCSG+ screen condition B12, 0.2 M potassium citrate, 20% PEG 3350 with 25% ethylene glycol as cryo-protection reagent, crystal tracking ID 219708b12, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

結晶

マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.73 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: MyabA.00305.a.A1 at 34.6 mg/mL against JCSG+ screen condition B12, 0.2 M potassium citrate, 20% PEG 3350 with 25% ethylene glycol as cryo-protection reagent, crystal tracking ID 219708b12, pH ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9774 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.35→50 Å / Num. all: 66204 / Num. obs: 65136 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 29.276 Å² / R_merge(I) obs: 0.134 / Net I/σ(I): 13.16

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique all	Num. unique obs	% possible all
2.35-2.41		6.8	0.469	4.3	32655	4840	4835	99.9
2.41-2.48			0.408	4.99	32415		4697	99.9
2.48-2.55			0.368	5.66	32070		4579	100
2.55-2.63			0.333	6.28	31654		4441	100
2.63-2.71			0.282	7.5	31159		4328	100
2.71-2.81			0.274	7.68	30561		4205	100
2.81-2.91			0.227	9.24	29506		4042	100
2.91-3.03			0.206	10.03	28427		3884	100
3.03-3.17			0.168	11.88	27410		3746	100
3.17-3.32			0.138	14.02	26292		3608	100
3.32-3.5			0.125	15.99	24415		3402	99.8
3.5-3.72			0.095	18.47	14812		2530	78.2
3.72-3.97			0.11	18.39	16865		2751	89.9
3.97-4.29			0.072	24.33	20089		2832	99.6
4.29-4.7			0.065	26.46	18601		2642	100
4.7-5.25			0.065	25.58	16768		2388	99.9
5.25-6.07			0.072	21.85	14708		2129	100
6.07-7.43			0.058	24.35	13093		1825	100
7.43-10.51			0.036	34.58	10084		1435	100
	10.51		0.029	37.01	5460		837	98.6

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 58.78 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	48.12 Å
Translation	2.5 Å	48.12 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3h81

3h81

解像度: 2.35→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.896 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.855 / WR_factor R_free: 0.2272 / WR_factor R_work: 0.1804 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8423 / SU B: 14.727 / SU ML: 0.165 / SU R Cruickshank DPI: 0.4717 / SU R_free: 0.2756 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.276 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2578	3299	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2026	-	-	-
obs	0.2054	64902	98.05 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 57.28 Å² / B_iso mean: 20.4687 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.81 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.63 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11634	0	39	466	12139

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	11844
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.402	1.979	16040
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.048	5	1558
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.971	22.79	491
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.87	15	1933
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.57	15	124
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	1879
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	8914
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.592	1.5	7762
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.086	2	12326
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.962	3	4082
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.092	4.5	3712

LS精密化シェル

解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.253	235	-
R_work	0.177	4584	-
all	-	4819	-
obs	-	-	99.69 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2605	-0.0082	0.0641	0.3354	0.0025	0.3157	-0.0076	-0.0501	-0.0146	0.0234	0.0002	-0.02	-0.0047	0.0404	0.0075	0.0317	0.0067	-0.0082	0.0439	0.0018	0.0301	34.9997	-1.9021	39.7439
2	0.6893	0.1223	0.1603	0.2828	0.0734	0.2523	-0.0184	-0.014	0.0709	0.0093	-0.0141	0.0163	-0.1035	-0.0382	0.0326	0.068	0.0221	-0.0195	0.0084	-0.006	0.0301	20.0731	23.9962	28.7713
3	0.3002	-0.1022	0.0749	0.2884	0.0362	0.4433	-0.0043	-0.0494	-0.0385	0.0219	0.0175	0.0304	0.0149	-0.1207	-0.0132	0.0027	0.0024	0.0024	0.0718	0.0198	0.0281	3.8737	-2.8369	32.6311
4	0.3902	0.1435	-0.0814	0.326	-0.2235	0.3027	-0.0243	0.0474	-0.0472	-0.0385	0.005	-0.0475	0.0204	0.0604	0.0192	0.0253	0.0046	0.0119	0.0368	-0.0143	0.0426	43.428	-6.7179	10.8719
5	0.3998	-0.0457	-0.0475	0.3248	-0.0679	0.1839	-0.0099	0.0288	-0.0501	-0.0759	0.0247	0.0343	0.0554	-0.0563	-0.0148	0.0419	-0.0104	-0.0205	0.0382	-0.0185	0.0338	13.2845	-14.4251	5.5096
6	0.5285	-0.0054	-0.0481	0.0109	0.0272	0.4478	-0.047	0.1441	0.0027	-0.0198	0.009	-0.0022	-0.1076	-0.0396	0.038	0.0689	-0.0122	-0.0037	0.0619	0.0015	0.0106	23.8166	15.1018	-0.5642

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 269
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 269
7	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 269
10	X-RAY DIFFRACTION	4	D	3 - 269
13	X-RAY DIFFRACTION	5	E	2 - 269
16	X-RAY DIFFRACTION	6	F	2 - 269

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