PDB-3ro6: Crystal structure of Dipeptide Epimerase from Methylococcus capsu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ro6

タイトル

Crystal structure of Dipeptide Epimerase from Methylococcus capsulatus complexed with Mg ion

要素

Putative chloromuconate cycloisomerase

キーワード

ISOMERASE / TIM barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

catechol-containing compound catabolic process / chloromuconate cycloisomerase activity / racemase and epimerase activity / racemase and epimerase activity, acting on amino acids and derivatives / 異性化酵素; ラセマーゼ・エピメラーゼ（光学異性の転換）; アミノ酸類に作用 / peptide metabolic process / amino acid catabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methylococcus capsulatus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Lukk, T. / Sakai, A. / Song, L. / Gerlt, J.A. / Nair, S.K.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Homology models guide discovery of diverse enzyme specificities among dipeptide epimerases in the enolase superfamily.
著者: Lukk, T. / Sakai, A. / Kalyanaraman, C. / Brown, S.D. / Imker, H.J. / Song, L. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Toro, R. / Hillerich, B. / Seidel, R. / Patskovsky, Y. / Vetting, M.W. / Nair, ...

履歴

登録	2011年4月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2012年2月22日	Group: Database references
改定 1.3	2012年3月14日	Group: Database references
改定 1.4	2012年3月21日	Group: Database references
改定 1.5	2012年3月28日	Group: Database references
改定 1.6	2017年10月11日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.7	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ro6.cif.gz	778.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ro6.ent.gz	648.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ro6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3ro6_validation.pdf.gz	499.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ro6_full_validation.pdf.gz	522.8 KB	表示
XML形式データ	3ro6_validation.xml.gz	75.5 KB	表示
CIF形式データ	3ro6_validation.cif.gz	104.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ro/3ro6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ro/3ro6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ijiC 3ijlC 3ijqC 3ik4C 3jvaC 3jw7C 3jzuC 3k1gC 3kumC 3q45C 3q4dC 3r0kC 3r0uC 3r10C 3r11C 3r1zC 3ritC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6dus-d 6bkf-d 5wu2-2 3dg3-2 1yoj-d 1euc-d 4s38-1 2o3t-d 4c0a-2 2yin-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2)

登録構造単位

B: Putative chloromuconate cycloisomerase

A: Putative chloromuconate cycloisomerase

C: Putative chloromuconate cycloisomerase

D: Putative chloromuconate cycloisomerase

E: Putative chloromuconate cycloisomerase

F: Putative chloromuconate cycloisomerase

ヘテロ分子

236 kDa, 6 ポリマー
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1

B: Putative chloromuconate cycloisomerase

C: Putative chloromuconate cycloisomerase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
78.7 kDa, 2 ポリマー
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2

A: Putative chloromuconate cycloisomerase

ヘテロ分子

F: Putative chloromuconate cycloisomerase

ヘテロ分子

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78.7 kDa, 2 ポリマー
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3

D: Putative chloromuconate cycloisomerase

E: Putative chloromuconate cycloisomerase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
78.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	79.190, 150.670, 106.020
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.660, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

THE AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

#1: タンパク質	Putative chloromuconate cycloisomerase / isomerase / dipeptide epimerase 分子量: 39092.113 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methylococcus capsulatus (バクテリア) 株: Bath / 遺伝子: MCA1834 / プラスミド: pET-17b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 (DE3) / 参照: UniProt: Q607C7
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 534 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.85 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: Precipitant contained 10% PEG 4000, 0.2M MgSO4 and 0.1M MES. Protein solution contained 0.1M KCl, 0.05M HEPES (pH 8.0), 0.005M L-Arg-L-Lys, and 0.005M MgCl2. Protein concentration was 10 ...詳細: Precipitant contained 10% PEG 4000, 0.2M MgSO4 and 0.1M MES. Protein solution contained 0.1M KCl, 0.05M HEPES (pH 8.0), 0.005M L-Arg-L-Lys, and 0.005M MgCl2. Protein concentration was 10 mg/mL, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

結晶

マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.85 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Precipitant contained 10% PEG 4000, 0.2M MgSO4 and 0.1M MES. Protein solution contained 0.1M KCl, 0.05M HEPES (pH 8.0), 0.005M L-Arg-L-Lys, and 0.005M MgCl2. Protein concentration was 10 ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月31日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→19.9 Å / Num. all: 121739 / Num. obs: 121455 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 33.315 Å² / R_merge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 13.03

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
2.2-2.24		0.608	3.45	37640	6336	100
2.24-2.28		0.562	3.72	35335	5952	99.9
2.28-2.32		0.525	3.93	33012	5546	100
2.32-2.37		0.475	4.37	37992	6385	99.9
2.37-2.42		0.405	5.03	35223	5919	100
2.42-2.48		0.38	5.27	38419	6445	100
2.48-2.54		0.334	5.89	34984	5854	99.9
2.54-2.61		0.291	6.63	36855	6183	100
2.61-2.68		0.258	7.38	33118	5558	99.9
2.68-2.77		0.227	8.29	37677	6313	100
2.77-2.87		0.185	9.85	36775	6173	100
2.87-2.98		0.156	11.53	34608	5796	99.8
2.98-3.12		0.127	13.41	37658	6328	100
3.12-3.49		0.096	17.04	72184	12187	99.9
3.49-3.76		0.068	22.42	36161	6116	99.9
3.76-4.13		0.057	25.65	34993	5983	99.8
4.13-4.72		0.05	28.8	35677	6081	99.8
4.72-5.92		0.048	28.84	36043	6129	99.9
	5.92	0.042	31.38	35628	6171	96.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	dev_721	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→19.895 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.36 / FOM work R set: 0.8545 / SU ML: 0.69 / σ(F): 2 / 位相誤差: 22.25 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2289	6073	5 %	random
R_work	0.1744	-	-	-
all	0.207	121430	-	-
obs	0.1771	121424	99.96 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 44.944 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 201.31 Å² / B_iso mean: 29.0025 Å² / B_iso min: 3.82 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.3527 Å²	0 Å²	-0.5126 Å²
2-	-	0.7574 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.4047 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.895 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15827	0	83	534	16444

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	16272
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.264	22066
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.095	2536
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	2904
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.708	6152

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.2-2.225	0.3154	200	0.2255	3810	4010
2.225-2.2511	0.289	202	0.2066	3839	4041
2.2511-2.2785	0.2925	201	0.2113	3823	4024
2.2785-2.3073	0.2834	202	0.2159	3840	4042
2.3073-2.3376	0.2552	202	0.1979	3825	4027
2.3376-2.3696	0.3048	201	0.2098	3818	4019
2.3696-2.4034	0.2592	205	0.1942	3897	4102
2.4034-2.4392	0.2572	199	0.193	3774	3973
2.4392-2.4773	0.2903	203	0.1953	3865	4068
2.4773-2.5178	0.255	201	0.1941	3812	4013
2.5178-2.5611	0.2696	204	0.1962	3877	4081
2.5611-2.6076	0.2639	200	0.1879	3812	4012
2.6076-2.6576	0.2441	203	0.1937	3852	4055
2.6576-2.7118	0.262	202	0.195	3837	4039
2.7118-2.7706	0.2572	201	0.1902	3811	4012
2.7706-2.8349	0.2644	205	0.1843	3905	4110
2.8349-2.9055	0.2303	201	0.1796	3803	4004
2.9055-2.9838	0.2384	201	0.1893	3819	4020
2.9838-3.0713	0.2745	203	0.1864	3856	4059
3.0713-3.1701	0.2296	204	0.1825	3881	4085
3.1701-3.2829	0.2449	202	0.1805	3845	4047
3.2829-3.4137	0.2091	203	0.1677	3843	4046
3.4137-3.5683	0.2214	201	0.1652	3817	4018
3.5683-3.7552	0.197	203	0.1661	3857	4060
3.7552-3.9887	0.1882	204	0.1572	3875	4079
3.9887-4.2938	0.1897	201	0.1396	3829	4030
4.2938-4.7207	0.1817	204	0.1368	3868	4072
4.7207-5.3919	0.2104	203	0.148	3862	4065
5.3919-6.7488	0.2328	205	0.1847	3884	4089
6.7488-19.896	0.1691	207	0.1553	3915	4122

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0617	-0.0288	0.004	0.054	-0.0399	0.0361	-0.0184	-0.0509	0.0629	0.0808	0.0004	-0.0415	0.0058	-0.0162	-0.0209	0.148	-0.0317	-0.0099	0.1171	-0.0716	0.142	10.6565	11.2071	49.7366
2	0.0025	-0.0012	-0.0006	0.0019	-0.0017	0.0029	-0.0384	-0.0322	0.0099	0.0315	-0.0034	-0.0038	0.0438	-0.0075	-0	0.1936	0.0264	-0.0098	0.2326	-0.0543	0.1348	12.8055	-3.9299	52.7761
3	0.0079	0.0035	0.0005	0.0056	0.0035	0.0027	-0.003	-0.0306	0.023	-0.0008	-0.0161	-0.0219	-0.0122	0.0346	0	0.1666	-0.0021	0.0038	0.1473	-0.0287	0.1885	23.5705	5.865	41.0828
4	0.2785	0.0997	0.0575	0.0379	0.0192	0.1532	-0.0373	-0.0186	0.1189	0.0197	0.0209	0.0735	-0.0748	0.037	-0.0479	0.1153	0.0082	0.0258	0.0742	0.0015	0.0902	4.3794	5.3045	36.8315
5	0.0289	0.0143	-0.0028	0.0157	0.0061	0.0099	-0.0201	-0.0848	-0.0425	0.0234	-0.013	0.0451	-0.0493	-0.035	-0.014	0.196	0.0503	0.0799	0.1871	0.0047	0.1918	-15.4843	-7.3408	46.4794
6	0.0107	-0.0189	-0.0143	0.0403	0.0313	0.021	-0.0192	-0.0216	-0.1018	0.033	0.0234	0.1222	0.0217	-0.0214	0.0642	0.0612	0.0251	0.0437	0.0472	0.0096	0.1955	-10.6684	-18.7387	41.0477
7	0.0038	0.0022	0.0016	0.0078	-0.0048	0.0035	0.0189	0.0173	0.0068	-0.0069	-0.0213	-0.0124	-0.0728	-0.0385	-0	0.09	0.0203	0.0044	0.1137	-0.0065	0.131	4.7107	-19.0584	33.226
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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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