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- PDB-3rn5: Structural basis of cytosolic DNA recognition by innate immune re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rn5
タイトルStructural basis of cytosolic DNA recognition by innate immune receptors
要素
  • DNA (5'-D(*CP*CP*AP*TP*CP*AP*AP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*AP*GP*AP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*TP*CP*TP*TP*TP*CP*TP*CP*TP*CP*TP*TP*TP*GP*AP*TP*G)-3')
  • Interferon-inducible protein AIM2
キーワードImmune system/DNA / OB FOLD / DNA BINDING / CYTOSOLIC / Immune system-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


pyroptosome complex assembly / AIM2 inflammasome complex assembly / The AIM2 inflammasome / AIM2 inflammasome complex / regulation of behavior / cysteine-type endopeptidase activator activity / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / pattern recognition receptor signaling pathway / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / pattern recognition receptor activity ...pyroptosome complex assembly / AIM2 inflammasome complex assembly / The AIM2 inflammasome / AIM2 inflammasome complex / regulation of behavior / cysteine-type endopeptidase activator activity / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / pattern recognition receptor signaling pathway / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / pattern recognition receptor activity / pyroptotic inflammatory response / T cell homeostasis / cellular response to interferon-beta / positive regulation of defense response to virus by host / signaling adaptor activity / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / activation of innate immune response / positive regulation of interleukin-1 beta production / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / neuron cellular homeostasis / brain development / cellular response to xenobiotic stimulus / positive regulation of inflammatory response / site of double-strand break / double-stranded DNA binding / defense response to virus / immune response / innate immune response / DNA damage response / mitochondrion / nucleoplasm / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HIN-200/IF120x / HIN-200 family / HIN-200/IF120x domain / HIN-200 A and B domains profile. / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Death-like domain superfamily / Nucleic acid-binding proteins ...HIN-200/IF120x / HIN-200 family / HIN-200/IF120x domain / HIN-200 A and B domains profile. / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Death-like domain superfamily / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Interferon-inducible protein AIM2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Jin, T.C. / Xiao, T.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2012
タイトル: Structures of the HIN Domain:DNA Complexes Reveal Ligand Binding and Activation Mechanisms of the AIM2 Inflammasome and IFI16 Receptor.
著者: Jin, T. / Perry, A. / Jiang, J. / Smith, P. / Curry, J.A. / Unterholzner, L. / Jiang, Z. / Horvath, G. / Rathinam, V.A. / Johnstone, R.W. / Hornung, V. / Latz, E. / Bowie, A.G. / Fitzgerald, K.A. / Xiao, T.S.
履歴
登録2011年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月9日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interferon-inducible protein AIM2
B: Interferon-inducible protein AIM2
C: Interferon-inducible protein AIM2
D: Interferon-inducible protein AIM2
K: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*TP*CP*AP*AP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*AP*GP*AP*G)-3')
L: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*CP*TP*TP*TP*CP*TP*CP*TP*CP*TP*TP*TP*GP*AP*TP*G)-3')
M: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*TP*CP*AP*AP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*AP*GP*AP*G)-3')
N: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*CP*TP*TP*TP*CP*TP*CP*TP*CP*TP*TP*TP*GP*AP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,77817
ポリマ－117,2198
非ポリマー5599
水2,936163
1
A: Interferon-inducible protein AIM2
B: Interferon-inducible protein AIM2
K: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*TP*CP*AP*AP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*AP*GP*AP*G)-3')
L: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*CP*TP*TP*TP*CP*TP*CP*TP*CP*TP*TP*TP*GP*AP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8588
ポリマ－58,6104
非ポリマー2484
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4360 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area27850 Å2
手法PISA
2
C: Interferon-inducible protein AIM2
D: Interferon-inducible protein AIM2
M: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*TP*CP*AP*AP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*AP*GP*AP*G)-3')
N: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*CP*TP*TP*TP*CP*TP*CP*TP*CP*TP*TP*TP*GP*AP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9209
ポリマ－58,6104
非ポリマー3105
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4490 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area28500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.360, 136.360, 77.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.98, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Interferon-inducible protein AIM2 / Absent in melanoma 2


分子量: 23480.465 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 144-343 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AIM2 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O14862
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*AP*TP*CP*AP*AP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*AP*GP*AP*G)-3')


分子量: 5904.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA 19mer
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*TP*CP*TP*TP*TP*CP*TP*CP*TP*CP*TP*TP*TP*GP*AP*TP*G)-3')


分子量: 5743.705 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA 19mer
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.98 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 8% PEG1000, 0.1 M KCl, 10 mM MgCl2, 0.1 M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月16日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 44491 / Num. obs: 44323 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.42 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 19.26
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 4.45 % / Rmerge(I) obs: 0.621 / Mean I/σ(I) obs: 3.29 / Num. unique all: 4442 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_736)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3RLO

3rlo


解像度: 2.5→46.015 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 31.72 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2411 2239 5.05 %Random
Rwork0.2006 ---
obs0.2021 44323 99.64 %-
all-44491 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.103 Å2 / ksol: 0.313 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.0707 Å2-0 Å2-1.3488 Å2
2---9.0616 Å20 Å2
3---8.9909 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→46.015 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6199 1546 36 163 7944
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0088143
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96511124
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.3353185
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0651283
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041134
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5013-2.55570.39631420.33732618X-RAY DIFFRACTION95
2.5557-2.61510.36391410.32162620X-RAY DIFFRACTION95
2.6151-2.68050.32651290.322651X-RAY DIFFRACTION95
2.6805-2.7530.38231340.3062619X-RAY DIFFRACTION95
2.753-2.8340.33681500.31492625X-RAY DIFFRACTION94
2.834-2.92540.29391220.3082603X-RAY DIFFRACTION95
2.9254-3.02990.34511470.28212643X-RAY DIFFRACTION95
3.0299-3.15120.32781430.2682592X-RAY DIFFRACTION95
3.1512-3.29460.261370.24282644X-RAY DIFFRACTION94
3.2946-3.46820.25761450.2122615X-RAY DIFFRACTION95
3.4682-3.68530.23991460.20122632X-RAY DIFFRACTION94
3.6853-3.96960.2521320.19092614X-RAY DIFFRACTION95
3.9696-4.36860.21881330.15592640X-RAY DIFFRACTION95
4.3686-4.99970.16791390.13622655X-RAY DIFFRACTION95
4.9997-6.2950.21551390.15842653X-RAY DIFFRACTION95
6.295-39.50450.19171550.15982599X-RAY DIFFRACTION92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.2525-0.45692.55665.6539-4.73516.88930.17851.08610.2666-1.1982-0.30941.16990.72070.19220.08320.63780.157-0.16520.34110.02860.6743.492643.7933-8.0397
21.807-0.98741.39923.28420.09673.33030.04570.18350.5441-0.4779-0.24810.018-0.78660.06550.08050.47240.12230.05030.1420.13070.646113.426450.9262-3.9401
34.2445-1.46120.44747.7215-3.68726.41920.19080.4520.4158-0.7245-0.20511.0925-0.3485-0.5467-0.06650.62820.1172-0.10540.25460.01350.73482.657546.4184-4.7275
47.80730.49830.43830.1122-0.01580.30620.02640.0732-0.8433-0.0623-0.04720.29350.3026-0.03490.03070.4590.00190.02370.1340.04890.602218.115431.25561.8484
54.51474.6463-0.43165.5205-2.07773.65990.26980.4834-0.4537-0.46470.1073-1.59960.1630.5117-0.28760.44360.00190.17480.2633-0.02990.747429.307438.8238-0.5656
62.92582.03812.8611.42051.99622.81680.08270.39630.3389-0.4293-0.012-0.6838-0.23690.5116-0.02150.30240.00450.21590.34480.08860.987334.999640.562-1.1171
70.6644-0.0342-0.62883.2303-1.14675.65660.10620.18780.6705-0.254-0.1989-1.1306-0.10780.7846-0.01970.38590.0780.14590.36940.13540.919829.976544.23441.2269
82.68270.95390.90085.0183-0.33662.6988-0.2853-0.1810.54320.20280.0941-0.601-0.61530.0332-0.08370.5387-0.049-0.10760.1237-0.08130.609322.290235.333340.5334
92.202-0.70520.00654.360.25562.7137-0.1068-0.28530.02340.47690.06360.1587-0.195-0.20380.0720.37370.03880.05340.0797-0.04690.37588.521727.811939.0925
102.8346-0.339-0.92356.7606-0.50063.33130.0027-0.4164-0.65970.3797-0.19740.67920.19690.01020.0910.3884-0.08110.08960.16980.09780.55649.644-10.624542.4149
111.36170.571-0.58650.3658-0.3470.3330.2019-0.3037-0.25370.2546-0.14180.22810.4735-0.18790.07070.8364-0.16230.07870.35530.2380.81967.0453-10.602149.5292
121.42311.7847-0.54154.2176-0.70653.6642-0.0601-0.04790.39070.285-0.04220.59630.1184-0.40440.11120.28890.0191-0.00920.15850.04760.653312.48653.180938.8277
133.1231-2.09950.36751.59540.78215.81340.1083-0.6959-0.32070.2597-0.025-0.87060.36121.0330.00230.25160.0027-0.18530.43550.09290.859935.0393-2.644737.8795
143.9783-2.5927-1.15725.729-0.62378.71030.0382-0.4808-0.36190.26980.1557-0.96980.3960.8468-0.13490.26270.0732-0.14340.35860.10620.698530.2784-6.307637.5261
152.43140.8194-0.81083.87020.49080.8132-0.30250.138-0.7836-0.5840.1163-0.88770.20710.0880.0490.42060.04330.23710.1945-0.02640.727821.98762.9122-1.9872
162.44380.56450.30663.87410.37383.04-0.12570.3614-0.2969-0.56860.07480.19150.09-0.28840.05390.3286-0.11020.00230.1666-0.07980.38.372310.2132-0.6713
171.98820.43610.16281.9219-0.55461.14420.2302-0.00560.5081-0.0602-0.4016-0.2598-0.47470.11910.15640.90360.10070.05310.1138-0.03360.690414.089245.749218.6116
181.647-0.56380.93492.2229-0.94351.21660.74510.04340.70971.0483-1.2381-0.0309-0.96110.11390.33321.18530.00080.39630.55410.18760.876315.308947.515418.4651
190.48720.2253-0.02792.98170.55880.1168-0.11290.0819-0.24480.0784-0.2401-0.1040.280.0148-0.84380.87260.0219-0.00880.0853-0.01920.870915.2596-15.633220.6434
200.60280.47780.23034.1341-0.79110.33790.32370.2209-0.2521-0.5394-0.5850.42230.408-0.04090.16350.9640.0514-0.09520.185-0.05120.902515.0659-13.934619.4274
精密化 TLSグループ
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13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resseq 266:296)
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resseq 297:340)
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resseq 147:210)
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resseq 211:340)
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'K'
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'L'
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'M'
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'N'

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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