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- PDB-3rnu: Structural Basis of Cytosolic DNA Sensing by Innate Immune Receptors -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rnu
タイトルStructural Basis of Cytosolic DNA Sensing by Innate Immune Receptors
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*TP*CP*AP*AP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*TP*CP*TP*CP*TP*TP*TP*GP*AP*TP*GP*GP*CP*C)-3')
  • Gamma-interferon-inducible protein 16
キーワードtranscription activator/dna / OB FOLD / DNA BINDING / CYTOSOLIC DNA SENSOR / CYTOSOLIC / IMMUNE RESPONSE-DNA COMPLEX / transcription activator-dna complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of AIM2 inflammasome complex assembly / myeloid cell differentiation / STING mediated induction of host immune responses / IRF3-mediated induction of type I IFN / negative regulation of DNA binding / negative regulation of viral genome replication / negative regulation of gene expression, epigenetic / transcription factor binding / monocyte differentiation / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator ...negative regulation of AIM2 inflammasome complex assembly / myeloid cell differentiation / STING mediated induction of host immune responses / IRF3-mediated induction of type I IFN / negative regulation of DNA binding / negative regulation of viral genome replication / negative regulation of gene expression, epigenetic / transcription factor binding / monocyte differentiation / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / cellular response to interferon-beta / cellular response to glucose starvation / activation of innate immune response / negative regulation of innate immune response / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of cytokine production / cellular response to ionizing radiation / autophagy / double-stranded DNA binding / regulation of inflammatory response / defense response to virus / regulation of autophagy / nuclear speck / inflammatory response / innate immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HIN-200/IF120x / HIN-200 family / HIN-200/IF120x domain / HIN-200 A and B domains profile. / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Death-like domain superfamily / Nucleic acid-binding proteins ...HIN-200/IF120x / HIN-200 family / HIN-200/IF120x domain / HIN-200 A and B domains profile. / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Death-like domain superfamily / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / DNA / DNA (> 10) / Gamma-interferon-inducible protein 16
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.502 Å
データ登録者Jin, T.C. / Xiao, T.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2012
タイトル: Structures of the HIN Domain:DNA Complexes Reveal Ligand Binding and Activation Mechanisms of the AIM2 Inflammasome and IFI16 Receptor.
著者: Jin, T. / Perry, A. / Jiang, J. / Smith, P. / Curry, J.A. / Unterholzner, L. / Jiang, Z. / Horvath, G. / Rathinam, V.A. / Johnstone, R.W. / Hornung, V. / Latz, E. / Bowie, A.G. / Fitzgerald, K.A. / Xiao, T.S.
履歴
登録2011年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月9日Group: Database references
改定 1.22015年1月28日Group: Other
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gamma-interferon-inducible protein 16
B: Gamma-interferon-inducible protein 16
C: Gamma-interferon-inducible protein 16
D: Gamma-interferon-inducible protein 16
K: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*TP*CP*AP*AP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*G)-3')
L: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*CP*TP*CP*TP*TP*TP*GP*AP*TP*GP*GP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,73613
ポリマ－101,3816
非ポリマー3547
水1,892105
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)126.841, 126.841, 163.868
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Gamma-interferon-inducible protein 16 / Ifi-16 / Interferon-inducible myeloid differentiation transcriptional activator


分子量: 22896.273 Da / 分子数: 4 / 断片: Human IFI16 HINb (unp residues 571-766) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IFI16, IFNGIP1 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: Q16666

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 KL

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*TP*CP*AP*AP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*G)-3')


分子量: 4965.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 16MER DNA OLIGO
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*TP*CP*TP*CP*TP*TP*TP*GP*AP*TP*GP*GP*CP*C)-3')


分子量: 4831.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 16MER DNA OLIGO

-
非ポリマー , 3種, 112分子

#4: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.85 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG3350, 0.1 M K Formate, 0.1 M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月8日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 33940 / Num. obs: 33125 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 21.68
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.505 / Mean I/σ(I) obs: 2.57 / Num. unique all: 1443 / % possible all: 84.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_736)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RLO

3rlo


解像度: 2.502→41.388 Å / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 27.96 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2159 1698 5.13 %random
Rwork0.1762 ---
obs0.1782 33110 97.48 %-
all-33940 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.996 Å2 / ksol: 0.298 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.6737 Å20 Å20 Å2
2---11.6737 Å20 Å2
3---23.3474 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.502→41.388 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6304 650 23 105 7082
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0067195
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9329769
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9992736
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0641121
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041138
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5024-2.57590.36541360.31822291X-RAY DIFFRACTION80
2.5759-2.6590.36091300.31182414X-RAY DIFFRACTION86
2.659-2.75390.35361700.29022550X-RAY DIFFRACTION90
2.7539-2.8640.2981510.26782655X-RAY DIFFRACTION94
2.864-2.99410.27161430.24992672X-RAY DIFFRACTION95
2.9941-3.15160.2721420.24152690X-RAY DIFFRACTION95
3.1516-3.34860.24491150.21712702X-RAY DIFFRACTION96
3.3486-3.60640.23811450.20092686X-RAY DIFFRACTION95
3.6064-3.96780.18291340.16422708X-RAY DIFFRACTION95
3.9678-4.53870.15791350.12422675X-RAY DIFFRACTION95
4.5387-5.70570.16711370.12852692X-RAY DIFFRACTION95
5.7057-24.08830.19581370.13322673X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.75442.9821-3.31488.83792.69567.3205-0.4983-0.1678-0.46070.6890.4838-1.01160.5970.8037-0.06590.3703-0.0019-0.02980.3341-0.16831.1982-6.701710.848815.4763
25.10370.8597-1.81339.1827-1.52283.88190.19530.1918-0.0605-0.1686-0.57780.4028-0.07660.02840.34790.36340.0956-0.08410.201-0.0020.3738-1.478716.2448.791
31.1685-0.1862-1.28286.4728-1.89282.0710.631-0.3393-0.45642.1592-0.99041.1401-0.1495-0.3660.3250.7037-0.17620.09930.5853-0.34770.8942-9.639722.434221.9333
47.83085.57162.10344.27980.31355.03510.3291-0.4963-0.06530.5032-0.75771.1583-1.13530.23030.38350.8568-0.32060.0320.654-0.33231.22723.96842.942416.8777
52.3462-0.2795-0.93261.13540.61171.31040.6589-0.41071.01150.797-0.2064-0.5559-0.415-0.1404-0.23381.0606-0.2740.26360.0225-0.18340.73432.669538.139616.9833
63.98761.66231.60052.64590.80036.5927-0.099-0.2130.62091.7684-0.34240.1908-1.1-0.01790.37870.7483-0.1075-0.06120.25880.03390.53540.582137.03315.1799
75.08841.32380.1116.09070.24954.5731-0.0811-0.1374-0.384-0.38730.1845-0.56270.08260.0062-0.10020.2432-0.02550.06230.21840.02620.7979-49.086242.456116.7624
83.0224-0.32560.23970.53950.96362.111-0.34340.5758-0.9007-1.29770.5529-0.4252-0.1830.5741-0.06380.8575-0.24660.27760.5225-0.35270.8369-39.335939.50035.0457
96.67696.33391.63728.3103-1.01675.068-0.45590.49630.1125-1.3290.082-0.4971-0.56070.61310.19540.5486-0.30260.26110.2739-0.00030.9406-28.4660.3478.1616
104.78940.05422.41737.8533-3.43259.104-0.92220.73270.4718-0.30620.242-0.501-0.68030.73210.53190.4994-0.20510.15860.4203-0.04940.7793-32.911757.530911.6515
118.615-0.65140.70841.8507-0.14250.7223-0.13661.9181.409-0.5063-0.4629-0.54140.02580.39450.24740.3949-0.07430.19070.39270.27740.9237-31.866355.643711.8101
124.8868-0.92840.08618.19372.37344.0458-0.0625-0.01660.89280.12070.087-0.53670.22680.12440.01670.15960.0482-0.05950.2869-0.02070.2104-47.199631.0587-22.6228
133.411-0.8064-1.38871.6581.50581.5215-0.7801-0.97340.70970.96860.5485-0.60340.16130.19540.18810.51620.107-0.22230.4478-0.08370.5408-42.338527.8438-13.8654
142.97420.02411.11780.5108-0.5483.5991-0.5653-0.9525-0.72750.93740.5996-0.46670.82770.6601-0.10110.8830.3961-0.07130.582-0.02020.4812-33.61212.8364-14.1855
153.67441.3046-1.53093.8551-0.7114.2487-0.801-0.9295-0.4363-0.43670.4009-1.38860.74070.70090.28420.56520.2134-0.00330.3439-0.06870.5868-30.673118.1577-21.279
163.60060.11090.70376.795-1.15076.78340.10950.1632-0.4791-0.15570.04730.49560.3370.1308-0.1310.2455-0.0041-0.01240.1779-0.06550.6614-2.64855.8353-5.1332
171.53681.11190.03683.2588-0.21192.35210.13210.4463-0.3655-1.1742-0.15720.80150.5294-0.34310.15840.629-0.0185-0.19810.2937-0.14980.5864-3.469851.5589-13.0873
183.50180.75990.11413.85312.48577.8374-0.28240.3711-0.8005-1.0005-0.0312-0.00280.50670.41240.07630.7380.11930.01550.2775-0.18950.78634.877435.087-11.6588
195.4751-1.9252.19285.88212.01726.797-0.02120.8296-1.6943-0.9013-0.0432-0.39431.5892-0.34550.10920.86340.02390.07080.3388-0.19910.95431.922836.3255-10.3433
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 570:585)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 586:652)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 653:688)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 689:701)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 702:741)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 742:770)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resseq 570:652)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resseq 653:688)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resseq 689:711)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resseq 712:741)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resseq 742:770)
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resseq 572:633)
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resseq 634:699)
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resseq 700:748)
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resseq 749:770)
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resseq 572:627)
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resseq 628:699)
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resseq 700:741)
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resseq 742:770)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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