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- PDB-3rn2: Structural Basis of Cytosolic DNA Recognition by Innate Immune Re... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3rn2 | ||||||
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Title | Structural Basis of Cytosolic DNA Recognition by Innate Immune Receptors | ||||||
![]() |
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![]() | Immune system/DNA / CYTOSOLIC DNA SENSOR / INFLAMMASOME / DNA BINDING / CYTOSOLIC / Immune system-DNA complex | ||||||
Function / homology | ![]() pyroptosome complex assembly / AIM2 inflammasome complex assembly / The AIM2 inflammasome / cysteine-type endopeptidase activator activity / regulation of behavior / AIM2 inflammasome complex / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity / pattern recognition receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity ...pyroptosome complex assembly / AIM2 inflammasome complex assembly / The AIM2 inflammasome / cysteine-type endopeptidase activator activity / regulation of behavior / AIM2 inflammasome complex / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity / pattern recognition receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / pyroptotic inflammatory response / T cell homeostasis / cellular response to interferon-beta / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / signaling adaptor activity / positive regulation of defense response to virus by host / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / activation of innate immune response / positive regulation of interleukin-1 beta production / brain development / neuron cellular homeostasis / positive regulation of inflammatory response / cellular response to xenobiotic stimulus / site of double-strand break / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / double-stranded DNA binding / defense response to virus / inflammatory response / immune response / innate immune response / DNA damage response / mitochondrion / nucleoplasm / identical protein binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jin, T.C. / Xiao, T. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structures of the HIN Domain:DNA Complexes Reveal Ligand Binding and Activation Mechanisms of the AIM2 Inflammasome and IFI16 Receptor. Authors: Jin, T. / Perry, A. / Jiang, J. / Smith, P. / Curry, J.A. / Unterholzner, L. / Jiang, Z. / Horvath, G. / Rathinam, V.A. / Johnstone, R.W. / Hornung, V. / Latz, E. / Bowie, A.G. / Fitzgerald, K.A. / Xiao, T.S. | ||||||
History |
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Structure visualization
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Downloads & links
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in CIF | ![]() | 24.3 KB | Display | |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3rlnC ![]() 3rloSC ![]() 3rn5C ![]() 3rnuC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 23480.465 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: unp residues 144-343 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: DNA chain | Mass: 6132.991 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Details: DNA 20-mer #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.42 Å3/Da / Density % sol: 49.21 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 8% PEG1000, 0.1 M KCl, 10 mM MgCl2, 0.1 M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 298 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 13, 2010 |
Radiation | Monochromator: Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.55→50 Å / Num. all: 18573 / Num. obs: 18538 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.16 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 25.49 |
Reflection shell | Resolution: 2.55→2.59 Å / Redundancy: 4.25 % / Rmerge(I) obs: 0.617 / Mean I/σ(I) obs: 3.11 / % possible all: 99.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: pdb entry code 3RLO Resolution: 2.55→43.765 Å / σ(F): 1.36 / Phase error: 35.14 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 30.543 Å2 / ksol: 0.325 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.55→43.765 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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