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- PDB-3rfq: Crystal structure of Pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase Moa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rfq
タイトルCrystal structure of Pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase MoaB2 from Mycobacterium marinum
要素Pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase MoaB2
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / ortholog / Mycobacterium / tuberculosis / water contaminant / cofactor iosynthesis / molybdenum cofactor / GTP / pterin
機能・相同性
機能・相同性情報


Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
: / MoaB/Mog-like domain / Molybdenum Cofactor Biosythetic Enzyme; Chain A / MoaB/Mog domain / MoaB/Mog-like domain superfamily / Probable molybdopterin binding domain / Probable molybdopterin binding domain / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase MoaB2
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium marinum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / Gardberg, A.S. / Choi, R. / Hewitt, S.N. / Napuli, A.J. / Myers, J. / Barrett, L.K. / Zhang, Y. / Ferrell, M. / Mundt, E. / Thompkins, K. / Tran, N. / Lyons-Abbott, S. / Abramov, A. / Sekar, A. / Serbzhinskiy, D. / Lorimer, D. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Stewart, L.J. / Edwards, T.E. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J.
履歴
登録2011年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年4月22日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase MoaB2
B: Pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase MoaB2
C: Pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase MoaB2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4436
ポリマ－56,1153
非ポリマー3283
水5,170287
1
A: Pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase MoaB2
B: Pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase MoaB2
C: Pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase MoaB2
ヘテロ分子

A: Pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase MoaB2
B: Pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase MoaB2
C: Pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase MoaB2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,88612
ポリマ－112,2306
非ポリマー6576
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area11730 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area32930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.640, 137.640, 73.960
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-181-

NA

21C-275-

HOH

31C-284-

HOH

41C-287-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 25 - 173 / Label seq-ID: 30 - 178

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC

-
要素

#1: タンパク質 Pterin-4-alpha-carbinolamine dehydratase MoaB2


分子量: 18704.920 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium marinum (バクテリア)
株: ATCC BAA-535/M / 遺伝子: MMAR_4526, moaB2 / プラスミド: pAVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2HEA7
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル]


分子量: 282.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H26N2O6 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.83 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: MymaA.00778.a.A1 PS00869 at 45.9 mg/mL against PACT screen condition G10 20 mM Na/K phosphate, 0.1 M BisTris Propane pH 7.5, 20% PEG 3350 with 25% ethylene glycol as cryo-protection reagent, ...詳細: MymaA.00778.a.A1 PS00869 at 45.9 mg/mL against PACT screen condition G10 20 mM Na/K phosphate, 0.1 M BisTris Propane pH 7.5, 20% PEG 3350 with 25% ethylene glycol as cryo-protection reagent, crsytal tracking ID 219070g10, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 30064 / Num. obs: 30064 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 30.055 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 10.14
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique allNum. unique obs% possible all
2.25-2.315.20.413.8397451858185882.7
2.31-2.370.3614.2712091213597.5
2.37-2.440.3384.9813178210798.6
2.44-2.520.2785.9312856205998.4
2.52-2.60.2486.612252196498.4
2.6-2.690.2167.5911915191398.5
2.69-2.790.1878.5611552185498.6
2.79-2.90.1699.1711287181898.7
2.9-3.030.1659.6110529170298.7
3.03-3.180.13911.210181165798.9
3.18-3.350.11612.999638156998.5
3.35-3.560.10814.259017148398.8
3.56-3.80.099158446141599.1
3.8-4.110.09615.817781131598.9
4.11-4.50.08617.057207120599.3
4.5-5.030.08616.86707112199
5.03-5.810.09115.85578198899.3
5.81-7.120.0915.46483684299.3
7.12-10.060.07918.46384566799.1
10.060.08218.38207839296.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 51.28 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å47.88 Å
Translation3 Å47.88 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
BOSデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3oi9

3oi9


解像度: 2.25→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / WRfactor Rfree: 0.2022 / WRfactor Rwork: 0.1686 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.8853 / SU B: 9.469 / SU ML: 0.107 / SU R Cruickshank DPI: 0.2026 / SU Rfree: 0.171 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2078 1502 5 %RANDOM
Rwork0.1727 ---
obs0.1745 29942 97.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 97.36 Å2 / Biso mean: 25.7658 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.05 Å20 Å20 Å2
2--1.36 Å20 Å2
3---0.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3277 0 21 287 3585
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0223346
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.421.9844573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1045470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.92124.132121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.50915511
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1511528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2594
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212463
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6591.52285
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1823664
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.91331061
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1084.5905
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A596MEDIUM POSITIONAL0.140.5
2B596MEDIUM POSITIONAL0.130.5
3C596MEDIUM POSITIONAL0.110.5
1A454LOOSE POSITIONAL0.45
2B454LOOSE POSITIONAL0.395
3C454LOOSE POSITIONAL0.385
1A596MEDIUM THERMAL0.752
2B596MEDIUM THERMAL0.632
3C596MEDIUM THERMAL0.852
1A454LOOSE THERMAL1.1810
2B454LOOSE THERMAL0.9110
3C454LOOSE THERMAL1.0610
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 91 -
Rwork0.242 1757 -
all-1848 -
obs--82.39 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
110.102-2.2844-1.05352.7308-0.8714.88540.16671.6585-0.2093-0.41540.08170.05530.3157-0.143-0.24840.1674-0.0341-0.00070.50060.0730.147110.5634-29.1138-8.5318
24.8321-0.1132-0.81941.1732-0.32871.2572-0.01040.35940.2915-0.1462-0.0258-0.116-0.03760.04290.03620.0489-0.02580.01220.12870.05870.045315.0952-30.0238-2.5106
32.31230.6498-0.19871.1954-0.11141.5164-0.00940.09460.206-0.01880.01140.0122-0.09230.0357-0.0020.02040.00220.01140.04080.02440.03979.9397-32.81477.6919
47.15010.9666-0.6892.00181.23214.82110.0889-0.50791.0116-0.2869-0.04860.3443-0.45510.2226-0.04030.0999-0.0454-0.00340.1684-0.13980.203519.669-25.337137.2399
53.1994-0.30920.62931.9177-0.15631.49310.0164-0.15150.20010.05410.0395-0.1272-0.13170.2344-0.05590.042-0.0362-0.02410.1042-0.03320.068122.6447-31.921331.9194
63.8092-0.6180.2711.73410.02341.1862-0.0158-0.08810.06950.09080.02680.00430.02130.0058-0.0110.0387-0.0208-0.00710.0515-0.02460.025312.2692-36.296627.7741
75.64840.71882.35543.70951.93766.6157-0.0267-0.3211-0.59080.34190.082-0.31550.13660.0159-0.05540.08710.03850.00570.05450.00690.182513.5717-67.114214.5098
82.2364-0.0503-0.04471.89260.59191.8599-0.0298-0.0157-0.08440.0430.0984-0.33190.10170.275-0.06860.02760.0287-0.01860.0492-0.02050.07215.9939-57.219415.0021
96.59551.739-4.09565.9305-1.90012.6701-0.02680.41270.3133-0.62980.22220.08810.1317-0.2731-0.19540.155-0.0177-0.03110.04030.00410.04816.2849-54.43427.7959
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A24 - 45
2X-RAY DIFFRACTION2A46 - 107
3X-RAY DIFFRACTION3A108 - 176
4X-RAY DIFFRACTION4B24 - 45
5X-RAY DIFFRACTION5B46 - 113
6X-RAY DIFFRACTION6B114 - 177
7X-RAY DIFFRACTION7C20 - 45
8X-RAY DIFFRACTION8C46 - 158
9X-RAY DIFFRACTION9C159 - 176

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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