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- PDB-3raj: Crystal structure of human CD38 in complex with the Fab fragment ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3raj
タイトルCrystal structure of human CD38 in complex with the Fab fragment of antibody HB7
要素
  • ADP-ribosyl cyclase 1
  • heavy chain of the Fab fragment of antibody HB7
  • light chain of the Fab fragment of antibody HB7
キーワードHYDROLASE/IMMUNE SYSTEM / CD38 / ADP-ribosyl cyclase / cyclic ADP-ribose / X-crystallography / Calcium signaling / agonistic antibody / HB7 / HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / Nicotinate metabolism / artery smooth muscle contraction / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ metabolic process / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / long-term synaptic depression / negative regulation of bone resorption / response to hydroperoxide ...2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / Nicotinate metabolism / artery smooth muscle contraction / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ metabolic process / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / long-term synaptic depression / negative regulation of bone resorption / response to hydroperoxide / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / B cell proliferation / response to retinoic acid / positive regulation of vasoconstriction / positive regulation of B cell proliferation / response to interleukin-1 / response to progesterone / female pregnancy / B cell receptor signaling pathway / apoptotic signaling pathway / positive regulation of insulin secretion / response to estradiol / transferase activity / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / positive regulation of cell growth / basolateral plasma membrane / nuclear membrane / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / signal transduction / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ADP Ribosyl Cyclase; Chain A, domain 1 / ADP Ribosyl Cyclase; Chain A, domain 1 / ADP-ribosyl cyclase (CD38/157) / ADP-ribosyl cyclase / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold ...ADP Ribosyl Cyclase; Chain A, domain 1 / ADP Ribosyl Cyclase; Chain A, domain 1 / ADP-ribosyl cyclase (CD38/157) / ADP-ribosyl cyclase / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.044 Å
データ登録者Zhang, H. / Lee, H.C. / Hao, Q.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Engineering a novel cytosolic form of CD38 for cyclic ADP-ribose dependent signaling
著者: Zhang, H. / Zhao, Y.J. / Hao, Q. / Lee, H.C.
履歴
登録2011年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-ribosyl cyclase 1
H: heavy chain of the Fab fragment of antibody HB7
L: light chain of the Fab fragment of antibody HB7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,6943
ポリマ－76,6943
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.664, 271.521, 136.661
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 ADP-ribosyl cyclase 1 / Cyclic ADP-ribose hydrolase 1 / cADPr hydrolase 1 / T10


分子量: 29812.738 Da / 分子数: 1 / 断片: Extracellular domain, residues 46-300 / 変異: Q49T, N100D, N164D, N209D, N219D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD38 / プラスミド: pPICZalpha / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X33 / 参照: UniProt: P28907, NAD+ glycohydrolase
#2: 抗体 heavy chain of the Fab fragment of antibody HB7


分子量: 23628.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell (発現宿主): hybridoma cell / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 light chain of the Fab fragment of antibody HB7


分子量: 23252.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell (発現宿主): hybridoma cell / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.91 % / Mosaicity: 1.003 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 3.6M sodium formate, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97908 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97908 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.044→50 Å / Num. obs: 19878 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Χ2: 2.323 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
3.05-3.164.50.44515421.09472.5
3.16-3.295.10.33517381.25382.4
3.29-3.435.50.26118521.5188.1
3.43-3.625.80.20519251.75390.5
3.62-3.845.80.15819842.06593.6
3.84-4.145.80.12620742.42896.9
4.14-4.565.70.10121312.83499.3
4.56-5.215.80.08421513.09999.8
5.21-6.575.70.08221923.09799.9
6.57-505.30.04422892.97899.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXdev_378精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YH3

1yh3


解像度: 3.044→48.157 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7539 / SU ML: 0.38 / σ(F): 0.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 1001 5.06 %
Rwork0.2049 --
obs0.2084 19773 90.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 80 Å2 / ksol: 0.323 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 219.13 Å2 / Biso mean: 98.38 Å2 / Biso min: 20.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.6805 Å2-0 Å20 Å2
2---10.4569 Å2-0 Å2
3---32.8916 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.044→48.157 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5034 0 0 0 5034
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015164
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3557015
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.087793
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006889
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.5551833
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.0438-3.20420.3721020.28591956205867
3.2042-3.40490.36221390.27742455259484
3.4049-3.66780.31031440.23972628277290
3.6678-4.03670.28231530.19252752290594
4.0367-4.62040.2751590.17812908306798
4.6204-5.81960.24851450.18822977312299
5.8196-48.1630.24751590.20143096325599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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