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- PDB-3r20: Crystal structure of cytidylate kinase from Mycobacterium smegmatis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r20
タイトルCrystal structure of cytidylate kinase from Mycobacterium smegmatis
要素Cytidylate kinase
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / cytidylate kinase / ADP / dCMP / dCDP
機能・相同性
機能・相同性情報


(d)CMP kinase / (d)CMP kinase activity / pyrimidine nucleotide metabolic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytidylate kinase / Cytidylate kinase domain / Cytidylate kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIPHOSPHATE / Cytidylate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用
ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / Gardberg, A.S. / Choi, R. / Hewitt, S.N. / Napuli, A.J. / Myers, J. / Barrett, L.K. / Zhang, Y. / Ferrell, M. / Mundt, E. / Thompkins, K. / Tran, N. / Lyons-Abbott, S. / Abramov, A. / Sekar, A. / Serbzhinskiy, D. / Lorimer, D. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Stewart, L.J. / Edwards, T.E. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J.
#1: ジャーナル: J Biomol Screen / 年: 2016
タイトル: Mycobacterium Cytidylate Kinase Appears to Be an Undruggable Target.
著者: Craig, J.K. / Risler, J.K. / Loesch, K.A. / Dong, W. / Baker, D. / Barrett, L.K. / Subramanian, S. / Samudrala, R. / Van Voorhis, W.C.
履歴
登録2011年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年4月22日Group: Database references
改定 1.32016年10月12日Group: Database references
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytidylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3285
ポリマ－23,9611
非ポリマー3684
水3,729207
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Cytidylate kinase
ヘテロ分子

A: Cytidylate kinase
ヘテロ分子

A: Cytidylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,98515
ポリマ－71,8823
非ポリマー1,10312
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area5910 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area28550 Å2
手法PISA
3
A: Cytidylate kinase
ヘテロ分子

A: Cytidylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,65710
ポリマ－47,9222
非ポリマー7358
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_676x-y+1,-y+2,-z+11
Buried area3300 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area19660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.220, 96.220, 43.150
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-378-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cytidylate kinase / CK / Cytidine monophosphate kinase


分子量: 23960.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: cmk, MSMEG_3739 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0QYQ0, UMP/CMP kinase

-
非ポリマー , 5種, 211分子

#2: 化合物 ChemComp-DPO / DIPHOSPHATE / ジホスファ-ト


分子量: 173.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O7P2
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.89 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: MysmA.00663.a.A1 PS00600 at 37.2 mg/mL against JCSG+ screen condition E2. 0.2 M NaCl, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 2 M ammonium sulfate with 25% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal ...詳細: MysmA.00663.a.A1 PS00600 at 37.2 mg/mL against JCSG+ screen condition E2. 0.2 M NaCl, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 2 M ammonium sulfate with 25% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID 215891e2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 15827 / Num. obs: 15632 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 28.667 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 21.82
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique allNum. unique obs% possible all
2-2.055.20.4163.9466921182111494.2
2.05-2.110.355.3176471101107697.7
2.11-2.170.3255.927939107998.1
2.17-2.240.2587.458016105399.2
2.24-2.310.2198.87868101298.6
2.31-2.390.18210.727976100198.8
2.39-2.480.16811.97765494899.4
2.48-2.580.13514.69764393199.4
2.58-2.70.11916.54734789699.7
2.7-2.830.10119.93725785499.8
2.83-2.980.08223.24676980499.9
2.98-3.160.06529649476499.6
3.16-3.380.04636.68619873599.7
3.38-3.650.04142.76577968599.7
3.65-40.03649.59524063099.7
4-4.470.03354.36468956799.6
4.47-5.160.03454.12417050799.8
5.16-6.330.03546.38345542998.6
6.33-8.940.02559.84288434598.6
8.940.02364.69153320297.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 53.41 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å48.11 Å
Translation3 Å48.11 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3R8C

3r8c


解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / WRfactor Rfree: 0.1796 / WRfactor Rwork: 0.1497 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / FOM work R set: 0.8616 / SU B: 8.346 / SU ML: 0.105 / SU R Cruickshank DPI: 0.1676 / SU Rfree: 0.1498 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 776 5 %RANDOM
Rwork0.1683 ---
obs0.1705 15571 98.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 64.4 Å2 / Biso mean: 24.2344 Å2 / Biso min: 7.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.94 Å2-0.47 Å20 Å2
2---0.94 Å20 Å2
3---1.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1572 0 19 207 1798
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0221601
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3411.9862182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7815216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.923.18266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.84115247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8291519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2268
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211201
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6921.51077
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.21221721
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1873524
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6474.5461
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 58 -
Rwork0.19 1054 -
all-1112 -
obs--94.08 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0594-0.34440.04193.46640.48720.43030.04010.02460.0429-0.149-0.0717-0.22480.03380.04260.03160.04910.01840.02950.06150.00820.076820.190867.557614.4201
21.0238-0.21670.00323.26560.4710.9641-0.00460.00420.0116-0.14280.0579-0.36050.05730.0012-0.05340.04350.0040.0490.007-0.00870.101623.173273.956113.5015
31.0729-0.809-0.01132.1104-1.21742.14180.05020.0766-0.0114-0.2228-0.06710.08840.0352-0.01280.01680.07950.0149-0.00990.0522-0.00950.013613.81360.97488.4516
46.19151.40141.80797.87493.54435.2295-0.0083-0.03190.0532-0.04270.2882-0.94070.21080.4361-0.280.06380.0576-0.00030.0717-0.0380.127223.062763.37232.7571
50.3947-0.31880.24591.69411.06991.3033-0.0084-0.06260.00890.0864-0.00920.05080.0398-0.080.01760.0668-0.02230.02450.08450.00070.05749.841963.786226.5575
610.9132.77017.25237.5569.303412.95020.2031-0.1747-0.26010.2025-0.19640.03930.2907-0.3059-0.00670.03810.0048-0.00710.02520.02140.170621.096746.156520.2226
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 60
2X-RAY DIFFRACTION2A61 - 110
3X-RAY DIFFRACTION3A111 - 149
4X-RAY DIFFRACTION4A150 - 171
5X-RAY DIFFRACTION5A172 - 207
6X-RAY DIFFRACTION6A208 - 221

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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