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- PDB-3qza: Joint neutron and X-ray structure of apo-D-Xylose Isomerase at pH=5.9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qza
タイトルJoint neutron and X-ray structure of apo-D-Xylose Isomerase at pH=5.9
要素Xylose isomerase
キーワードISOMERASE / joint X-ray/neutron structure / TIM barrel / xylose / cytosol
機能・相同性
機能・相同性情報


xylose isomerase / xylose isomerase activity / D-xylose metabolic process / magnesium ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Xylose isomerase, actinobacteria / Xylose isomerase / Xylose isomerase family profile. / : / Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DEUTERATED WATER / Xylose isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces rubiginosus (バクテリア)
手法中性子回折 / X線回折 / NUCLEAR REACTOR / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kovalevsky, A.Y. / Hanson, L. / Langan, P.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2011
タイトル: Identification of the Elusive Hydronium Ion Exchanging Roles with a Proton in an Enzyme at Lower pH Values.
著者: Kovalevsky, A.Y. / Hanson, B.L. / Mason, S.A. / Yoshida, T. / Fisher, S.Z. / Mustyakimov, M. / Forsyth, V.T. / Blakeley, M.P. / Keen, D.A. / Langan, P.
履歴
登録2011年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22018年4月25日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.source / _diffrn_source.type
改定 1.32018年6月6日Group: Data collection / Experimental preparation / Refinement description
カテゴリ: exptl_crystal_grow / software / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.42019年3月13日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_wavelength_list
改定 1.52023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xylose isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2852
ポリマ－43,2831
非ポリマー21
水4,756264
1
A: Xylose isomerase
ヘテロ分子

A: Xylose isomerase
ヘテロ分子

A: Xylose isomerase
ヘテロ分子

A: Xylose isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,1418
ポリマ－173,1334
非ポリマー84
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-11
crystal symmetry operation4_554x,-y,-z-11
Buried area31580 Å2
ΔGint-195 kcal/mol
Surface area47300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.908, 99.503, 102.971
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Xylose isomerase


分子量: 43283.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces rubiginosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P24300, xylose isomerase
#2: 化合物 ChemComp-D8U / deuterium(1+)


分子量: 2.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: D
#3: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O
非ポリマーの詳細THE DEUTERON ION IS COMPLEXED BY FOUR CARBOXYLIC ACIDS AND DOES NOT COVALENTLY BIND ANY OF THEM. ...THE DEUTERON ION IS COMPLEXED BY FOUR CARBOXYLIC ACIDS AND DOES NOT COVALENTLY BIND ANY OF THEM. THIS IS SIMILAR TO HYDROGEN COMPLEXATION AS REVIEWED BY CHAMBERON & MEYER, CHEM. SOC. REV., 2009, 38, 1663-1673.

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
中性子回折1
X線回折1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.76 %
結晶化温度: 280 K / 手法: batch mode / pH: 5.9
詳細: crystals grew with ammonium sulfate as a precipitant at pH of 5.9, batch crystallization, temperature 280K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12931
22931
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
NUCLEAR REACTORLANSCE PCS10.6-7.0
回転陽極RIGAKU FR-E+ DW21.5418
検出器
タイプID検出器日付
position sensitive He31AREA DETECTOR2010年9月15日
RIGAKU RAXIS IV++2IMAGE PLATE2010年6月14日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1noTOF LAUELneutron1
2graphiteSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.61
271
31.54181
反射

Entry-ID: 3QZA

解像度 (Å)Num. allNum. obs% possible obs (%)Observed criterion σ(F)Observed criterion σ(I)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-IDNet I/σ(I)
2-28.46282902829086.92.21.530.22514.5
1.7-29.86530875308799.2003.2220.07728.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
2-2.111.70.3851.30.385171.5
1.7-1.762.880.3152.60.315296.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
nCNS1.0.0精密化
d*TREKデータスケーリング
d*TREK(X-ray)データ削減
LAUENORM(Neutron)データ削減
LAUENORM(Neutron)データスケーリング
精密化

Biso max: 72.85 Å2 / Biso min: 9.03 Å2 / Rfactor obs: 0.254 / % reflection Rfree: 5 % / R Free selection details: RANDOM / Data cutoff high rms absF: 2.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: PDB ENTRY 2GUB

2gub

/ 立体化学のターゲット値: joint XN ML / 溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 39.4577 Å2 / ksol: 0.287656 e/Å3

解像度 (Å)Refine-IDRfactor RfreeRfactor Rfree errorRfactor RworkNum. reflection RfreeNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)Diffraction-IDσ(F)
2-20NEUTRON DIFFRACTION0.280.0040.2541347282902676081.412.2
1.7-20X-RAY DIFFRACTION0.2110.0050.19525074980593.622.5
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.13 Å0.16 Å
Luzzati d res high-1.7
Refine funct minimized
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONJoint X-ray/neutron ML
NEUTRON DIFFRACTIONJoint X-ray/neutron ML
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3054 0 0 264 3318
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
NEUTRON DIFFRACTIONx_bond_d0.007
NEUTRON DIFFRACTIONx_angle_deg1
NEUTRON DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d17.9
NEUTRON DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.82
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d17.9
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.82

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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