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万見
- PDB-6oqz: Crystal structure of Glucose Isomerase from Non-merohedrally twin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6oqz
タイトルCrystal structure of Glucose Isomerase from Non-merohedrally twinned crystals
要素Xylose isomerase
キーワードISOMERASE / Nonmerohedral twinning / twinned structure solution / twinned structure refinement
機能・相同性
機能・相同性情報


xylose isomerase / xylose isomerase activity / D-xylose metabolic process / magnesium ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Xylose isomerase, actinobacteria / Xylose isomerase / Xylose isomerase family profile. / Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Xylose isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces rubiginosus (バクテリア)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Sevvana, M. / Ruf, M. / Uson, I. / Sheldrick, G.M. / Herbst-Irmer, R.
資金援助 スペイン, European Union, 2件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesBIO2015-64216-P スペイン
European Union (EU)MDM2014-0435European Union
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Non-merohedral twinning: from minerals to proteins.
著者: Sevvana, M. / Ruf, M. / Uson, I. / Sheldrick, G.M. / Herbst-Irmer, R.
履歴
登録2019年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xylose isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3475
ポリマ－43,0951
非ポリマー2524
水5,116284
1
A: Xylose isomerase
ヘテロ分子

A: Xylose isomerase
ヘテロ分子

A: Xylose isomerase
ヘテロ分子

A: Xylose isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,39020
ポリマ－172,3804
非ポリマー1,00916
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area33380 Å2
ΔGint-252 kcal/mol
Surface area44990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.931, 97.935, 102.706
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-536-

HOH

21A-672-

HOH

31A-740-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Xylose isomerase


分子量: 43095.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces rubiginosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P24300, xylose isomerase
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.63 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.05 mM TrisHCl buffer pH 7.5, 0.1 M MnCl2 and 14% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER TURBO X-RAY SOURCE / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→70.88 Å / Num. obs: 61943 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 1 % / Rsym value: 0.032 / Net I/σ(I): 27.01 / Num. measured all: 125668
反射 シェル解像度: 1.6→1.62 Å / 冗長度: 1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.93 / Num. unique obs: 2184 / Rsym value: 0.274 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELX精密化
SAINTデータ削減
SADABSデータスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→70.88 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 3
詳細: NON-MEROHEDRAL TWIN REFINEMENT AGAINST HKLF4 (DETWINNED DATA)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 3101 5 %THIN SHELLS
Rwork0.19 ---
obs0.19 61943 98.5 %-
all-61943 --
原子変位パラメータBiso max: 87.69 Å2 / Biso mean: 16.5733 Å2 / Biso min: 5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→70.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3041 0 11 284 3336
Biso mean--22.92 23.56 -
残基数----386
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d1.82
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.46
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.046
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.053
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.014
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.056
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.66 Å /
Rfactor反射数
Rwork0.241 6188

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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