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万見
- PDB-3qq3: Crystal structure of swine major histocompatibility complex class... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qq3
タイトルCrystal structure of swine major histocompatibility complex class I SLA-1 0401 and identification of 2009 pandemic swine-origin influenza A H1N1 virus cytotoxic T lymphocyte epitope peptides
要素
  • 9-mer peptide from Neuraminidase
  • Beta-2-microglobulin
  • MHC class I antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / Swine MHC Class 1 / SLA-1*0401 / Epitope of Influenza virus
機能・相同性
機能・相同性情報


ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / DAP12 signaling / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Neutrophil degranulation / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity ...ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / DAP12 signaling / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Neutrophil degranulation / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / viral budding from plasma membrane / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / MHC class I protein complex / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / membrane => GO:0016020 / carbohydrate metabolic process / immune response / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular space / extracellular region / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Sialidase, Influenza viruses A/B / Glycoside hydrolase, family 34 / Neuraminidase / Sialidase superfamily / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 ...Sialidase, Influenza viruses A/B / Glycoside hydrolase, family 34 / Neuraminidase / Sialidase superfamily / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class I antigen / Beta-2-microglobulin / Neuraminidase / Neuraminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Zhang, N. / Qi, J. / Gao, F. / Pan, X. / Chen, R. / Li, Q. / Chen, Z. / Li, X. / Xia, C. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of swine major histocompatibility complex class I SLA-1 0401 and identification of 2009 pandemic swine-origin influenza A H1N1 virus cytotoxic T lymphocyte epitope peptides.
著者: Zhang, N. / Qi, J. / Feng, S. / Gao, F. / Liu, J. / Pan, X. / Chen, R. / Li, Q. / Chen, Z. / Li, X. / Xia, C. / Gao, G.F.
履歴
登録2011年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: 9-mer peptide from Neuraminidase
D: MHC class I antigen
E: Beta-2-microglobulin
F: 9-mer peptide from Neuraminidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,8836
ポリマ－88,8836
非ポリマー00
水6,179343
1
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: 9-mer peptide from Neuraminidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4413
ポリマ－44,4413
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4240 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area19000 Å2
手法PISA
2
D: MHC class I antigen
E: Beta-2-microglobulin
F: 9-mer peptide from Neuraminidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4413
ポリマ－44,4413
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4210 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area19070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.731, 37.651, 111.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.06, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 MHC class I antigen / SLA-1*0401-S-OIVNW9 Heavy Chain


分子量: 31681.988 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 22-296 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: PD1, SLA-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O19244
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / SLA-1*0401-S-OIVNW9 Light Chain / Lactollin


分子量: 11708.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: B2M / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07717
#3: タンパク質・ペプチド 9-mer peptide from Neuraminidase / Peptide of SLA-1*0401-S-OIVNW9


分子量: 1051.067 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The peptide was chemically synthesized.
由来: (合成) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
参照: UniProt: Q9WDF0, UniProt: Q9Q0U7*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% w/v polyethylene glycol 3350, 0.1M BIS-TRIS pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年6月25日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 26179 / Num. obs: 26179 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.59→28.312 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2615 1213 5.15 %RANDOM
Rwork0.1999 ---
obs0.203 23574 99.72 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 20.819 Å2 / ksol: 0.339 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3417 Å20 Å2-1.3004 Å2
2--0.1629 Å2-0 Å2
3----0.5046 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→28.312 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6250 0 0 343 6593
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056434
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8028738
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.2072328
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056884
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031156
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.5902-2.69380.34711220.2753246299
2.6938-2.81630.35421340.24942417100
2.8163-2.96460.32341220.22982469100
2.9646-3.15020.29931420.21712490100
3.1502-3.3930.25391360.20082459100
3.393-3.73380.26321280.18162496100
3.7338-4.27250.21491370.16352476100
4.2725-5.37690.18171280.152537100
5.3769-28.31410.23161640.1773255599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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