PDB-4g43: Structure of the chicken MHC class I molecule BF2*0401 complexed ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4g43

タイトル

Structure of the chicken MHC class I molecule BF2*0401 complexed to P5E

要素

8-MERIC PEPTIDE P5E
Beta-2 microglobulin
MHC class I alpha chain 2

キーワード

IMMUNE SYSTEM / MHC I complex / narrow binding groove

機能・相同性

機能・相同性情報

MHC class I protein binding, via antigen binding groove / ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / DAP12 signaling / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Neutrophil degranulation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane ...MHC class I protein binding, via antigen binding groove / ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / DAP12 signaling / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Neutrophil degranulation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron ion / transcription coregulator activity / negative regulation of forebrain neuron differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / immune response / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / regulation of DNA-templated transcription / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular space / extracellular region / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.803 Å

データ登録者

Zhang, J. / Chen, Y. / Qi, J. / Gao, F. / Liu, J. / Kaufman, J. / Xia, C. / Gao, G.F.

引用

ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2012
タイトル: Narrow Groove and Restricted Anchors of MHC Class I Molecule BF2*0401 Plus Peptide Transporter Restriction Can Explain Disease Susceptibility of B4 Chickens.
著者: Zhang, J. / Chen, Y. / Qi, J. / Gao, F. / Liu, Y. / Liu, J. / Zhou, X. / Kaufman, J. / Xia, C. / Gao, G.F.

履歴

登録	2012年7月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年11月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

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リンク

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登録構造単位

A: MHC class I alpha chain 2

B: Beta-2 microglobulin

C: 8-MERIC PEPTIDE P5E

D: MHC class I alpha chain 2

E: Beta-2 microglobulin

F: 8-MERIC PEPTIDE P5E

ヘテロ分子

88.8 kDa, 6 ポリマー
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1

A: MHC class I alpha chain 2

B: Beta-2 microglobulin

C: 8-MERIC PEPTIDE P5E

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.3 kDa, 3 ポリマー
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2

D: MHC class I alpha chain 2

E: Beta-2 microglobulin

F: 8-MERIC PEPTIDE P5E

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.5 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	166.920, 40.241, 132.622
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 120.35, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	MHC class I alpha chain 2 / MHC class I glycoprotein / MHC class I molecule 分子量: 31853.465 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 22-291 / 変異: D244E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O46790
#2: タンパク質	Beta-2 microglobulin 分子量: 11469.888 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21611
#3: タンパク質・ペプチド	8-MERIC PEPTIDE P5E 分子量: 1024.104 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in Gallus. / 由来: (合成) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: Q6J4Y8*PLUS
#4: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 606 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.23 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 5% MPD, 20% PEG 6000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年12月8日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→41.306 Å / Num. all: 92269 / Num. obs: 69202 / % possible obs: 75 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.1849 / Mean I/σ(I) obs: 7.5 / Num. unique all: 92269 / R_sym value: 0.279 / % possible all: 75

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
CNS		精密化
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.803→41.306 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.21 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2179	3498	5.05 %	RANDOM
R_work	0.1832	-	-	-
all	0.2179	92269	-	-
obs	0.1849	69202	97.47 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 40.091 Å² / k_sol: 0.422 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.3 Å²	0 Å²	0.5617 Å²
2-	-	3.5791 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.2791 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.803→41.306 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6107	0	8	606	6721

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	6297
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.975	8546
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.506	2300
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	862
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1120

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.8031-1.8278	0.3027	116	0.2245	2286	83
1.8278-1.8539	0.258	133	0.2168	2403	93
1.8539-1.8816	0.2541	123	0.1985	2486	94
1.8816-1.911	0.2277	125	0.1953	2625	96
1.911-1.9423	0.2055	123	0.1913	2539	95
1.9423-1.9758	0.2366	156	0.178	2526	96
1.9758-2.0117	0.2045	132	0.1731	2642	97
2.0117-2.0504	0.2085	143	0.1681	2542	97
2.0504-2.0923	0.2175	143	0.1738	2627	97
2.0923-2.1377	0.2188	128	0.1828	2647	98
2.1377-2.1875	0.2437	123	0.183	2610	98
2.1875-2.2422	0.223	169	0.1816	2661	99
2.2422-2.3028	0.2127	127	0.1808	2616	99
2.3028-2.3705	0.2078	161	0.1891	2677	99
2.3705-2.4471	0.25	131	0.1801	2650	99
2.4471-2.5345	0.1954	135	0.1826	2695	99
2.5345-2.636	0.2248	124	0.186	2686	100
2.636-2.7559	0.2364	147	0.1992	2672	100
2.7559-2.9012	0.2264	157	0.1925	2709	100
2.9012-3.0829	0.2088	165	0.1869	2678	100
3.0829-3.3208	0.1927	152	0.1826	2707	100
3.3208-3.6548	0.1949	156	0.1733	2714	100
3.6548-4.1832	0.1984	140	0.1653	2718	100
4.1832-5.2687	0.1938	128	0.155	2763	100
5.2687-41.3167	0.2687	161	0.225	2825	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7518	0.1587	-0.3244	0.159	0.108	0.565	0.0308	0.0541	0.0285	0.0044	-0.0245	0.0601	-0.0356	0.0329	-0.0133	0.0769	-0.0058	0.0001	0.0275	0.0107	0.0795	30.0251	-19.0563	24.7704
2	0.65	0.1346	-0.0356	0.3276	-0.2266	0.1225	-0.0239	0.0412	0.0802	-0.0185	-0.0102	0.0564	-0.0131	0.1507	-0.0061	0.0875	-0.0191	-0.0129	0.0512	0.0086	0.1093	30.5783	-12.3407	17.729
3	0.1859	-0.4256	-0.0494	0.4071	0.0259	0.3876	-0.0692	-0.0095	0.0087	0.0037	0.005	0.1008	0.1035	-0.1652	-0.0151	0.1396	-0.0563	-0.0358	0.1538	0.0141	0.1458	13.5696	-12.4666	-6.1499
4	0.1208	-0.0882	0.1369	0.0068	-0.0562	0.064	-0.0223	0.0994	-0.0551	-0.0581	0.0143	0.0125	0.0335	-0.1174	0.004	0.1651	-0.0325	0.0053	0.1281	-0.0346	0.1053	17.409	-25.7319	2.9912
5	0.0449	-0.0333	0.0159	0.0419	-0.0559	0.0621	-0.2304	-0.27	-0.1337	0.0553	0.3234	0.0821	0.0944	-0.2586	-0.0093	0.218	-0.1926	-0.0621	-0.5553	-0.3442	-0.0624	14.9072	-34.438	10.398
6	-0.0129	-0.0164	-0.0068	0.0821	-0.0174	0.069	-0.0084	0.0494	0.0262	-0.146	-0.0495	-0.0981	0.0953	0.08	-0.0064	0.1545	0.026	0.0244	0.0838	-0.0029	0.1277	22.0231	-24.3803	15.2783
7	0.0228	0.0746	-0.0304	0.032	-0.0144	0.007	-0.0426	0.0543	-0.0091	-0.0193	0.0796	-0.1264	-0.024	0.0555	-0.0047	0.166	-0.0331	-0.0042	0.0961	-0.0337	0.1221	21.8849	-29.1667	6.7438
8	0.0556	-0.0629	0.0532	0.0981	-0.0071	0.0329	-0.0697	-0.0205	-0.0412	-0.0763	0.0683	0.0124	0.0474	-0.1312	0.0117	0.1841	-0.0779	-0.0059	0.1709	-0.0562	0.1209	9.7461	-33.5678	7.7486
9	0.0067	-0.014	0.0076	0.0091	-0.0082	0.0082	0.0404	-0.1202	0.1032	-0.1304	-0.2091	0.0546	-0.0336	-0.2568	0	0.1839	-0.0408	-0.0516	0.2207	-0.0376	0.1936	9.8481	-29.4434	-0.2732
10	0.7853	-0.0097	0.2796	0.4857	0.1819	0.8118	0.0739	-0.1992	-0.0474	0.0317	-0.1189	0.0389	0.0509	-0.1333	-0.1095	0.0605	-0.0648	0.0122	0.1699	0.0293	0.0738	-29.3036	-41.9408	37.0784
11	0.0853	0.0083	-0.005	0.1245	0.0121	0.0216	0.0176	0.0416	-0.0627	0.0044	0.0277	-0.0538	-0.0063	-0.0138	0.0069	0.077	-0.0059	-0.0059	0.0944	0.0148	0.0828	-5.6218	-41.7556	31.2336
12	0.2182	-0.0498	-0.1865	0.3761	0.0715	0.4089	-0.0293	-0.0854	-0.0837	0.0368	0.035	0.0248	0.0754	0.0463	0.0011	0.0591	0.0104	0.002	0.0485	0.0175	0.0826	7.4197	-41.1794	43.4721
13	0.1268	-0.0353	0.097	0.0449	0.0711	0.064	0.0027	-0.0532	0.004	-0.0608	-0.0354	-0.051	0.0322	-0.0407	-0.0047	0.0847	-0.0098	0.0026	0.0722	0.0072	0.0893	-4.6167	-28.6558	43.2957
14	0.0059	0.0278	-0.0103	-0.0101	-0.0014	-0.0056	0.026	-0.1714	-0.0059	-0.0321	-0.04	0.0062	-0.0981	-0.1821	0	0.1219	-0.0245	-0.0019	0.1853	-0.0152	0.1581	-14.882	-24.0401	48.1748
15	0.0051	-0.0189	0.0185	0.0262	-0.0132	0.0032	0.0702	0.0167	0.0927	-0.1711	0.0603	0.0315	-0.2594	-0.0023	0	0.2316	-0.0012	0.0018	0.1403	0.0264	0.2164	-8.4983	-16.8388	41.6463
16	-0.002	0.0082	-0.0047	0.0065	-0.0067	-0.0085	-0.0111	0.0453	0.0302	-0.1578	-0.1099	-0.0632	-0.2697	-0.0385	-0	0.2505	-0.0417	0.0546	0.1993	0.03	0.1529	-18.6823	-33.551	40.0411
17	-0.0082	0.0436	-0.1015	0.0191	0.1581	0.0425	-0.0524	-0.0478	0.1136	-0.2552	-0.0082	0.0962	0.0416	-0.0817	-0.002	0.1049	-0.018	-0.0089	0.1417	0.0241	0.124	-13.1084	-31.6697	42.33
18	0.009	-0.0046	-0.0213	0.0639	0.0119	0.022	0.082	-0.2197	0.085	0.0479	-0.097	-0.0146	-0.1602	-0.1107	-0.0045	0.136	-0.0283	0.0137	0.1791	-0.0244	0.1093	-8.2044	-21.5116	51.6984
19	0.0109	-0.0344	0.0182	0.0097	0.0057	0.0255	-0.0074	-0.1724	-0.0002	0.1711	0.0466	-0.0895	0.2987	0.014	0	0.1298	0.0004	-0.0243	0.1377	0.0022	0.1244	-0.5317	-25.4391	50.131

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 1:134)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 135:193)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 194:272)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN B AND (RESSEQ 1:29)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESSEQ 30:45)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESSEQ 46:60)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESSEQ 61:70)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESSEQ 71:89)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESSEQ 90:97)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN D AND (RESSEQ 1:159)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN D AND (RESSEQ 160:193)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN D AND (RESSEQ 194:272)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN E AND (RESSEQ 1:29)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN E AND (RESSEQ 30:40)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN E AND (RESSEQ 41:50)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN E AND (RESSEQ 51:55)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN E AND (RESSEQ 56:70)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN E AND (RESSEQ 71:89)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN E AND (RESSEQ 90:97)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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