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- PDB-3u0p: Crystal structure of human CD1d-lysophosphatidylcholine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u0p
タイトルCrystal structure of human CD1d-lysophosphatidylcholine
要素
  • Antigen-presenting glycoprotein CD1d
  • Beta-2-microglobulin
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antigen presentation / Natura Killer T cell receptor / Cell surface
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / T cell selection / endogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / positive regulation of innate immune response / heterotypic cell-cell adhesion / beta-2-microglobulin binding ...lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / T cell selection / endogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / positive regulation of innate immune response / heterotypic cell-cell adhesion / beta-2-microglobulin binding / detection of bacterium / cell adhesion molecule binding / positive regulation of T cell proliferation / : / : / negative regulation of receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of protein binding / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / basolateral plasma membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / lysosome / endosome membrane / immune response / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / external side of plasma membrane / Golgi membrane / lysosomal membrane / innate immune response / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MHC-I family domain / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site ...MHC-I family domain / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HEXANE / Chem-LSC / N-BUTANE / UNDECANE / Antigen-presenting glycoprotein CD1d / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Lopez-Sagaseta, J. / Sibener, L.V. / Adams, E.J.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2012
タイトル: Lysophospholipid presentation by CD1d and recognition by a human Natural Killer T-cell receptor.
著者: Lopez-Sagaseta, J. / Sibener, L.V. / Kung, J.E. / Gumperz, J. / Adams, E.J.
履歴
登録2011年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Advisory / Refinement description
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antigen-presenting glycoprotein CD1d
B: Beta-2-microglobulin
C: Antigen-presenting glycoprotein CD1d
D: Beta-2-microglobulin
E: Antigen-presenting glycoprotein CD1d
F: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,96532
ポリマ－133,3206
非ポリマー4,64526
水2,324129
1
A: Antigen-presenting glycoprotein CD1d
B: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,57813
ポリマ－44,4402
非ポリマー2,13811
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6200 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area19960 Å2
手法PISA
2
C: Antigen-presenting glycoprotein CD1d
D: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,42514
ポリマ－44,4402
非ポリマー1,98512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4810 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area20390 Å2
手法PISA
3
E: Antigen-presenting glycoprotein CD1d
F: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9615
ポリマ－44,4402
非ポリマー5223
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2860 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area18740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.609, 127.189, 332.641
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

-
タンパク質 , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質 Antigen-presenting glycoprotein CD1d / R3G1


分子量: 32408.496 Da / 分子数: 3 / 変異: N42Q, N108Q, N163Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD1D / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P15813
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 12031.440 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P61769

-
糖 , 3種, 3分子

#3: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)][alpha-L-fucopyranose-(1- ...alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 716.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-3[DGlcpNAcb1-4][LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2-1-2/a3-b1_a4-c1_a6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 513.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-3[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2-2/a3-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 7種, 152分子

#6: 化合物 ChemComp-LSC / (4R,7R,18E)-4,7-dihydroxy-N,N,N-trimethyl-10-oxo-3,5,9-trioxa-4-phosphaheptacos-18-en-1-aminium 4-oxide / オレオイルリソホスファチジルコリン


分子量: 522.675 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H53NO7P
#7: 化合物 ChemComp-HEX / HEXANE / ヘキサン


分子量: 86.175 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14
#8: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#9: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#10: 化合物 ChemComp-UND / UNDECANE / LIPID FRAGMENT / ウンデカン


分子量: 156.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H24
#11: 化合物 ChemComp-NBU / N-BUTANE / ブタン


分子量: 58.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 180

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.45 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris-HCl, 2.0 M Ammonium Sulfate, 0.03 M glycyl-glycyl-glycine, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03322 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年8月15日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03322 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 103995 / Num. obs: 55792 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.8-2.852.40.748178.1
2.85-2.92.80.75188.4
2.9-2.963.10.645194.3
2.96-3.023.50.561198.1
3.02-3.083.70.513199.6
3.08-3.153.90.401199.9
3.15-3.2340.348199.9
3.23-3.324.10.281199.9
3.32-3.424.20.239199.9
3.42-3.534.20.201199.8
3.53-3.654.20.168199.8
3.65-3.84.20.148199.7
3.8-3.974.20.117199.6
3.97-4.184.20.103199.6
4.18-4.444.20.09199.5
4.44-4.794.20.088199.4
4.79-5.274.20.099199.1
5.27-6.034.20.083198.8
6.03-7.594.20.076198.3
7.59-5040.055197.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→46.032 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2591 2841 5.09 %
Rwork0.2126 --
obs0.2149 55781 97.25 %
all-103995 -
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.788 Å2 / ksol: 0.332 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-14.4692 Å2-0 Å2-0 Å2
2---8.704 Å20 Å2
3----5.7652 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→46.032 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8548 0 294 129 8971
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0039080
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81112308
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.6633295
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0581313
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021522
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.8440.43841090.3912000X-RAY DIFFRACTION75
2.844-2.89570.4211200.36112367X-RAY DIFFRACTION88
2.8957-2.95140.41391480.31752525X-RAY DIFFRACTION94
2.9514-3.01160.34051160.2922664X-RAY DIFFRACTION98
3.0116-3.07710.32491560.27822650X-RAY DIFFRACTION100
3.0771-3.14870.34061200.25172739X-RAY DIFFRACTION100
3.1487-3.22740.30961390.23462681X-RAY DIFFRACTION100
3.2274-3.31460.28461420.22072686X-RAY DIFFRACTION100
3.3146-3.41210.26931670.21972681X-RAY DIFFRACTION100
3.4121-3.52220.281540.22582685X-RAY DIFFRACTION100
3.5222-3.64810.28461470.22232738X-RAY DIFFRACTION100
3.6481-3.79410.26391460.19742667X-RAY DIFFRACTION100
3.7941-3.96670.21751670.17642694X-RAY DIFFRACTION100
3.9667-4.17570.2341410.17132712X-RAY DIFFRACTION100
4.1757-4.43710.17851670.15312681X-RAY DIFFRACTION99
4.4371-4.77930.19331330.14922732X-RAY DIFFRACTION99
4.7793-5.25970.23831470.17962712X-RAY DIFFRACTION99
5.2597-6.01940.24841340.22752766X-RAY DIFFRACTION99
6.0194-7.57830.32661360.2382731X-RAY DIFFRACTION98
7.5783-46.03780.2231520.22232829X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6382-0.71991.55841.9467-1.05372.9789-0.1-0.12750.24750.28910.024-0.4354-0.63770.177-0.04440.4102-0.13880.02280.34580.00620.3939-8.907651.229273.8738
20.2417-0.01110.03832.194-1.36962.0044-0.04290.1532-0.2411-0.3376-0.0518-0.2732-0.08870.32430.02910.2524-0.10210.07310.2916-0.01620.2906-6.004344.870363.8502
31.4683-0.0665-0.12232.2162-0.20491.15330.2395-0.02-0.419-0.19240.0617-0.09630.1425-0.0619-0.14650.07310.02040.13360.2657-0.05630.6447-10.555712.884776.7383
43.6123-1.9651.63934.1026-2.80425.4594-0.220.7258-0.6574-0.2380.22490.4602-0.67420.16440.17380.4321-0.1018-0.0280.252-0.07640.4114-23.280230.59473.2771
51.84821.4501-1.97521.6108-0.50714.41450.1549-0.7673-0.33361.163-0.01150.30610.45740.32750.43250.50370.10910.19290.51930.30180.3731-14.958219.893.3802
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 6:87)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 88:193)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 194:278)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND (RESSEQ 1:11)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESSEQ 12:19)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND (RESSEQ 20:30)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESSEQ 31:41)
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9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESSEQ 47:61)
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESSEQ 62:77)
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND (RESSEQ 78:90)
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN B AND (RESSEQ 91:99)
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN C AND (RESSEQ 6:32)
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN C AND (RESSEQ 33:62)
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN C AND (RESSEQ 63:87)
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN C AND (RESSEQ 88:138)
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN C AND (RESSEQ 139:176)
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN C AND (RESSEQ 177:256)
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN C AND (RESSEQ 257:279)
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN D AND (RESSEQ 0:19)
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN D AND (RESSEQ 20:51)
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN D AND (RESSEQ 52:71)
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN D AND (RESSEQ 72:90)
24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN D AND (RESSEQ 91:99)
25X-RAY DIFFRACTION25CHAIN E AND (RESSEQ 7:32)
26X-RAY DIFFRACTION26CHAIN E AND (RESSEQ 33:59)
27X-RAY DIFFRACTION27CHAIN E AND (RESSEQ 60:88)
28X-RAY DIFFRACTION28CHAIN E AND (RESSEQ 89:163)
29X-RAY DIFFRACTION29CHAIN E AND (RESSEQ 164:277)
30X-RAY DIFFRACTION30CHAIN F AND (RESSEQ 2:11)
31X-RAY DIFFRACTION31CHAIN F AND (RESSEQ 12:22)
32X-RAY DIFFRACTION32CHAIN F AND (RESSEQ 23:49)
33X-RAY DIFFRACTION33CHAIN F AND (RESSEQ 50:75)
34X-RAY DIFFRACTION34CHAIN F AND (RESSEQ 80:96)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る