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Yorodumi- PDB-3l9r: Crystal structure of bovine CD1b3 with endogenously bound ligands -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3l9r | |||||||||
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Title | Crystal structure of bovine CD1b3 with endogenously bound ligands | |||||||||
Components |
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Keywords | Immune Response / antigen presentation / cattle / CD1 / Immunoglobulin domain / MHC I | |||||||||
Function / homology | Function and homology information ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / DAP12 signaling / endogenous lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding ...ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / DAP12 signaling / endogenous lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / Neutrophil degranulation / MHC class I protein complex / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / lysosome / endosome / immune response / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / extracellular space / extracellular region Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Bos taurus (cattle) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLREP / Resolution: 2.3 Å | |||||||||
Authors | Zajonc, D.M. / Girardi, E. | |||||||||
Citation | Journal: J.Immunol. / Year: 2010 Title: Crystal structure of bovine CD1b3 with endogenously bound ligands. Authors: Girardi, E. / Wang, J. / Mac, T.T. / Versluis, C. / Bhowruth, V. / Besra, G. / Heck, A.J. / Van Rhijn, I. / Zajonc, D.M. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3l9r.cif.gz | 630 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3l9r.ent.gz | 523.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3l9r.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3l9r_validation.pdf.gz | 2.9 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3l9r_full_validation.pdf.gz | 3 MB | Display | |
Data in XML | 3l9r_validation.xml.gz | 65.3 KB | Display | |
Data in CIF | 3l9r_validation.cif.gz | 88 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/3l9r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/3l9r | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2h26S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 2 types, 8 molecules ACEGBDFH
#1: Protein | Mass: 31660.400 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 19-295 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bos taurus (cattle) / Gene: CD1B3 / Plasmid: pBACp10pH / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / Strain (production host): SF9 / References: UniProt: Q1L1H6 #2: Protein | Mass: 11653.148 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 21-118 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bos taurus (cattle) / Gene: B2M, beta-2-microglobulin / Plasmid: pBACp10pH / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / Strain (production host): SF9 / References: UniProt: P01888 |
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-Sugars , 3 types, 9 molecules
#3: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source | ||
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#4: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #5: Sugar | ChemComp-NAG / |
-Non-polymers , 5 types, 521 molecules
#6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-GOL / #8: Chemical | #9: Chemical | #10: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has protein modification | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.11 Å3/Da / Density % sol: 60.45 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 100 mM Na cacodylate pH 6.5, 2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL7-1 / Wavelength: 0.97 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 15, 2007 |
Radiation | Monochromator: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→50 Å / Num. all: 96734 / Num. obs: 96251 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 21.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.36 Å / Redundancy: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLREP Starting model: PDB ENTRY 2H26 Resolution: 2.3→45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 14.855 / SU ML: 0.162 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.266 / ESU R Free: 0.217 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 42.935 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→45 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.3→2.361 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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