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万見
- PDB-4he4: Crystal structure of the yellow fluorescent protein phiYFP (Phial... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4he4
タイトルCrystal structure of the yellow fluorescent protein phiYFP (Phialidium sp.)
要素Yellow fluorescent protein
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / phiYFP / yellow fluorescent protein / mutant variant of phiYFP / Thr-Tyr-Gly chromophore / beta-barrel / Biomarker / Thr-Tyr-Gly bicyclic chromophore
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Yellow fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Phialidium sp. SL-2003 (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Pletneva, N. / Pletnev, S. / Pletnev, V.Z.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Yellow fluorescent protein phiYFPv (Phialidium): structure and structure-based mutagenesis.
著者: Pletneva, N.V. / Pletnev, V.Z. / Souslova, E. / Chudakov, D.M. / Lukyanov, S. / Martynov, V.I. / Arhipova, S. / Artemyev, I. / Wlodawer, A. / Dauter, Z. / Pletnev, S.
履歴
登録2012年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Yellow fluorescent protein
B: Yellow fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2172
ポリマ－54,2172
非ポリマー00
水3,261181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2580 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area19800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.870, 102.870, 242.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-342-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Yellow fluorescent protein


分子量: 27108.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Phialidium sp. SL-2003 (無脊椎動物)
プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6RYS7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細AUTHOR STATES THAT THE REPORTED PROTEIN IS A MUTANT OF OF THE WILD TYPE PHIYFP. NCBI DATABASE: ...AUTHOR STATES THAT THE REPORTED PROTEIN IS A MUTANT OF OF THE WILD TYPE PHIYFP. NCBI DATABASE: ACCESSION CODE AY485333.1. THE COMPLETE SEQEUNCE IS SSGALLFHGKIPYVVEMEGNVDGHTFSIRGKGYGDASVGKVDAQFICTTGDVPVPWSTLV TTLTYGAQCFAKYGPELKDFYKSCMPEGYVQERTITFEGDGVFKTRAEVTFENGSVYNRV KLNGQGFKKDGHVLGKNLEFNFTPHCLYIWGDQANHGLKSAFKIMHEITGSKEDFIVADH TQMNTPIGGGPVHVPEYHHITYHVTLSKDVTDHRDNMSLVETVRAVDCRKTY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.16 M NaH2PO4 x 2H2O, 16% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→30 Å / Num. obs: 31372 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Χ2: 1.132 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.05-2.127.10.56230330.946198.2
2.12-2.217.60.44430920.997199.5
2.21-2.317.80.31930901.081199.9
2.31-2.437.80.24231191.1691100
2.43-2.587.80.19231371.1651100
2.58-2.787.80.14431261.2411100
2.78-3.067.80.10931381.2011100
3.06-3.57.80.08231451.1851100
3.5-4.417.70.06731931.1621100
4.41-307.40.04432991.146199.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
SERGUIデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QY3

1qy3


解像度: 2.05→28.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / WRfactor Rfree: 0.274 / WRfactor Rwork: 0.2092 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / FOM work R set: 0.8031 / SU B: 5.374 / SU ML: 0.146 / SU R Cruickshank DPI: 0.2085 / SU Rfree: 0.1895 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.211 / ESU R Free: 0.192 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2557 1581 5 %RANDOM
Rwork0.1958 ---
obs0.1989 31367 99.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 71.52 Å2 / Biso mean: 41.3494 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→28.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3650 0 0 181 3831
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0213763
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8721.9445093
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3215462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.07224.171175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.88515608
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.6161514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1540.2532
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212914
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1211.52291
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.98323691
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0931472
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6234.51401
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.101 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 113 -
Rwork0.278 2106 -
all-2219 -
obs--97.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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