[日本語] English
万見
- PDB-3pp3: Epitope characterization and crystal structure of GA101 provide i... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pp3
タイトルEpitope characterization and crystal structure of GA101 provide insights into the molecular basis for the type I / type II distinction of anti- CD20 antibodies
要素
  • GA101 Fab heavy chain
  • GA101 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody Fab-fragment Ig-domain / antibody / CD20
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.508 Å
データ登録者Hopfner, K.-P. / Lammens, A.
引用ジャーナル: Blood / 年: 2011
タイトル: Epitope characterization and crystal structure of GA101 provide insights into the molecular basis for type I/II distinction of CD20 antibodies.
著者: Niederfellner, G. / Lammens, A. / Mundigl, O. / Georges, G.J. / Schaefer, W. / Schwaiger, M. / Franke, A. / Wiechmann, K. / Jenewein, S. / Slootstra, J.W. / Timmerman, P. / Brannstrom, A. / ...著者: Niederfellner, G. / Lammens, A. / Mundigl, O. / Georges, G.J. / Schaefer, W. / Schwaiger, M. / Franke, A. / Wiechmann, K. / Jenewein, S. / Slootstra, J.W. / Timmerman, P. / Brannstrom, A. / Lindstrom, F. / Mossner, E. / Umana, P. / Hopfner, K.P. / Klein, C.
履歴
登録2010年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月27日Group: Database references
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
H: GA101 Fab heavy chain
L: GA101 Fab light chain
I: GA101 Fab heavy chain
K: GA101 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,8694
ポリマ－95,8694
非ポリマー00
水9,494527
1
H: GA101 Fab heavy chain
L: GA101 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9352
ポリマ－47,9352
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3550 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area20150 Å2
手法PISA
2
I: GA101 Fab heavy chain
K: GA101 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9352
ポリマ－47,9352
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3400 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area19920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)273.140, 38.038, 90.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.89, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: 抗体 GA101 Fab heavy chain


分子量: 23969.881 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): Chinese hamster ovary (CHO)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 GA101 Fab light chain


分子量: 23964.822 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): Chinese hamster ovary (CHO)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 527 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 24% (w/v) PEG4000, 0.15 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9724 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月27日
放射モノクロメーター: Silicon (1 1 1) channel-cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 32252 / Num. obs: 31465 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 12.42
反射 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.418 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Rsym value: 0.277 / % possible all: 93.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Exesデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1T04

1t04


解像度: 2.508→25 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2693 1998 6.36 %RANDOM
Rwork0.2059 ---
obs0.21 31432 97.56 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.581 Å2 / ksol: 0.341 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.1872 Å20 Å22.2572 Å2
2--2.0538 Å20 Å2
3---5.1334 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.508→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6673 0 0 527 7200
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036843
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6689305
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3732451
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451047
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031187
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5078-2.57040.39631250.29961850X-RAY DIFFRACTION88
2.5704-2.63990.38071410.29912062X-RAY DIFFRACTION97
2.6399-2.71750.38841410.2852073X-RAY DIFFRACTION96
2.7175-2.80520.3621390.26682055X-RAY DIFFRACTION98
2.8052-2.90530.31081430.25182106X-RAY DIFFRACTION98
2.9053-3.02160.32351410.23252082X-RAY DIFFRACTION99
3.0216-3.15890.26591460.22972145X-RAY DIFFRACTION99
3.1589-3.32530.31241410.21432092X-RAY DIFFRACTION99
3.3253-3.53330.26241450.2062125X-RAY DIFFRACTION99
3.5333-3.80550.25261460.18922161X-RAY DIFFRACTION99
3.8055-4.18750.23971450.16672133X-RAY DIFFRACTION99
4.1875-4.79130.18271450.142144X-RAY DIFFRACTION99
4.7913-6.0280.22161480.17452179X-RAY DIFFRACTION99
6.028-29.46630.22831520.20382227X-RAY DIFFRACTION97

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る