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万見
- PDB-3pgu: Phe3Glu mutant of EcFadL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pgu
タイトルPhe3Glu mutant of EcFadL
要素Long-chain fatty acid transport protein
キーワードLIPID TRANSPORT / outer membrane beta barrel / outer membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


long-chain fatty acid transporting porin activity / ligand-gated channel activity / long-chain fatty acid transport / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Outer membrane protein transport protein (OMPP1/FadL/TodX) / Outer membrane protein transport protein (OMPP1/FadL/TodX) / Outer membrane protein transport protein (OMPP1/FadL/TodX) / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / OLEIC ACID / Long-chain fatty acid transport protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Lepore, B.W. / Indic, M. / Pham, H. / Hearn, E. / Patel, D. / van den Berg, B.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: From the Cover: Ligand-gated diffusion across the bacterial outer membrane.
著者: Lepore, B.W. / Indic, M. / Pham, H. / Hearn, E.M. / Patel, D.R. / van den Berg, B.
履歴
登録2010年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年1月7日Group: Structure summary
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Long-chain fatty acid transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,72823
ポリマ－46,7491
非ポリマー5,97922
水4,432246
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.200, 65.200, 280.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-486-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Long-chain fatty acid transport protein / Outer membrane fadL protein / Outer membrane flp protein


分子量: 46748.938 Da / 分子数: 1 / 断片: mature form (UNP residues 26-446) / 変異: F28E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b2344, fadL, JW2341, ttr / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: P10384

-
非ポリマー , 6種, 268分子

#2: 化合物
ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 306.438 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル


分子量: 414.488 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O10 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.42 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 15mM tricine pH 8.5 24% w/v PEG 4000, prior to setup, protein dialyzed in Tris, NaCl pH8 C8E4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月26日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111)channel cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→44 Å / Num. all: 98214 / Num. obs: 92723 / % possible obs: 86.64 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rsym value: 0.118 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 1.5→1.79 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.461 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Rsym value: 0.497 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_572)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1T16

1t16


解像度: 1.7→42.506 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1802 3448 2.72 %
Rwork0.1675 --
obs0.1679 126635 99.7 %
all-98214 -
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.829 Å2 / ksol: 0.391 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.5517 Å2-0 Å20 Å2
2---4.5517 Å20 Å2
3---4.5084 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→42.506 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3165 0 287 246 3698
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063792
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0855084
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.721472
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084494
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004657
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.72330.22641460.22274935X-RAY DIFFRACTION100
1.7233-1.74790.22331550.21024945X-RAY DIFFRACTION100
1.7479-1.7740.19341410.18914951X-RAY DIFFRACTION100
1.774-1.80170.1871180.17854943X-RAY DIFFRACTION100
1.8017-1.83130.22081750.1784889X-RAY DIFFRACTION100
1.8313-1.86280.20351300.1694978X-RAY DIFFRACTION100
1.8628-1.89670.20681400.16464897X-RAY DIFFRACTION100
1.8967-1.93320.18761220.16224962X-RAY DIFFRACTION100
1.9332-1.97270.20111170.1534982X-RAY DIFFRACTION100
1.9727-2.01560.20491190.15624901X-RAY DIFFRACTION100
2.0156-2.06240.19381480.15854949X-RAY DIFFRACTION100
2.0624-2.1140.17711300.15054950X-RAY DIFFRACTION100
2.114-2.17120.13491240.1484980X-RAY DIFFRACTION100
2.1712-2.23510.14791290.14044929X-RAY DIFFRACTION100
2.2351-2.30720.15281360.1534945X-RAY DIFFRACTION100
2.3072-2.38960.18471530.15384890X-RAY DIFFRACTION100
2.3896-2.48530.17691530.15384939X-RAY DIFFRACTION100
2.4853-2.59840.15411420.16154898X-RAY DIFFRACTION100
2.5984-2.73540.18811630.15984888X-RAY DIFFRACTION99
2.7354-2.90670.18021230.15844937X-RAY DIFFRACTION100
2.9067-3.13110.18461460.16914921X-RAY DIFFRACTION99
3.1311-3.44610.1461280.16654928X-RAY DIFFRACTION99
3.4461-3.94440.16741460.17014896X-RAY DIFFRACTION99
3.9444-4.96830.16261430.16234877X-RAY DIFFRACTION99
4.9683-42.51930.23831210.22494877X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.25-0.1362-0.03050.10950.12960.4958-0.0003-0.00490.00680.01870.0019-0.0062-0.0193-0.0177-0.01030.063-0.0019-0.00010.10030.06960.11-24.394719.3152-33.007
20.16950.1818-0.14850.6125-0.2970.3160.05180.01010.02890.07420.02640.0183-0.0479-0.04040.05440.0597-0.00010.00390.08630.10890.0747-19.58839.7125-23.8485
30.1306-0.04920.04990.34-0.26530.29540.0399-0.0027-0.0197-0.0236-0.0055-0.01270.0794-0.01140.04270.1163-0.0074-0.02820.08720.08190.0977-21.216-5.7518-23.4121
40.04850.05990.04970.09760.14490.3430.04360.0181-0.0181-0.0541-0.0159-0.19010.15210.1269-00.09610.0279-0.00350.11760.07520.2097-16.00861.6169-35.8536
50.494-0.48740.12920.7801-0.21410.40270.03090.01260.0389-0.0413-0.0082-0.01830.0171-0.0352-0.00680.03560.00540.00070.07880.07280.1092-33.221715.9394-31.8764
64.4728-4.7151.03335.3028-1.16510.3780.17430.1743-0.2407-0.203-0.05050.23460.0844-0.0554-0.12020.1363-0.0052-0.01090.11530.03780.2059-24.2738-14.0728-27.0054
70.68810.72630.03932.0770.36790.61540.0698-0.02390.04510.1265-0.03260.0493-0.0199-0.0329-0.00950.04340.01130.01960.06050.06410.0935-32.063222.1864-24.0122
80.5770.6641-0.1332.4806-0.31320.0638-0.00350.0017-0.005-0.06020.07930.15210.0304-0.0307-0.06810.12220.0023-0.01970.12950.06120.1193-28.381311.3664-20.8797
90.53070.349-0.11861.07380.03050.27780.05330.01830.060.10870.05570.0899-0.0477-0.0546-0.00120.05570.0047-0.01490.080.07970.0839-24.272812.998-19.4984
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 1:43)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 44:99)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 100:218)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 219:266)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 267:298)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 299:321)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 322:349)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resseq 350:380)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resseq 381:425)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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