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万見
- PDB-1t1l: Crystal structure of the long-chain fatty acid transporter FadL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t1l
タイトルCrystal structure of the long-chain fatty acid transporter FadL
要素Long-chain fatty acid transport protein
キーワードLIPID TRANSPORT / beta-barrel / hatch domain
機能・相同性
機能・相同性情報


long-chain fatty acid transporting porin activity / ligand-gated channel activity / long-chain fatty acid transport / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Outer membrane protein transport protein (OMPP1/FadL/TodX) / Outer membrane protein transport protein (OMPP1/FadL/TodX) / Outer membrane protein transport protein (OMPP1/FadL/TodX) / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Long-chain fatty acid transport protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者van den Berg, B. / Black, P.N. / Clemons Jr., W.M. / Rapoport, T.A.
引用ジャーナル: Science / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of the long-chain fatty acid transporter FadL.
著者: van den Berg, B. / Black, P.N. / Clemons Jr., W.M. / Rapoport, T.A.
履歴
登録2004年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Long-chain fatty acid transport protein
B: Long-chain fatty acid transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,9934
ポリマ－93,5342
非ポリマー4592
水1,910106
1
A: Long-chain fatty acid transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9962
ポリマ－46,7671
非ポリマー2291
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Long-chain fatty acid transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9962
ポリマ－46,7671
非ポリマー2291
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)122.020, 122.020, 164.736
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Long-chain fatty acid transport protein / Outer membrane fadL protein / Outer membrane flp protein


分子量: 46766.996 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: FADL, TTR, B2344 / プラスミド: pBAD22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(DE3) / 参照: UniProt: P10384
#2: 化合物 ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド


分子量: 229.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.8 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: Ammonium Formate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 8-BM11.07, 0.97
シンクロトロンNSLS X2521.07, 1.38
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.071
20.971
31.381
反射解像度: 2.7→49.03 Å / Num. all: 39365 / Num. obs: 36854 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 32.3 Å2 / Limit h max: 39 / Limit h min: 0 / Limit k max: 39 / Limit k min: 0 / Limit l max: 60 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 149824.9 / Observed criterion F min: 0.32 / Rsym value: 0.07
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 2.7 % / Rsym value: 0.306

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.8→11.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.331 1638 5 %random
Rwork0.298 ---
all0.307 35000 --
obs0.306 32869 93.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 45.5888 Å2 / ksol: 0.294514 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 92.74 Å2 / Biso mean: 43.01 Å2 / Biso min: 18.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--19.29 Å21.59 Å20 Å2
2---19.29 Å20 Å2
3---38.58 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.52 Å0.42 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.62 Å0.44 Å
Luzzati d res high-2.8
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→11.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6504 0 32 106 6642
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg27.3
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg1.05
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.8-2.930.4422016.10.37930760.0314334327775.6
2.93-3.080.4031584.30.33735330.0324316369185.5
3.08-3.270.33620350.27738590.0244344406293.5
3.27-3.510.3032104.90.26640330.0214342424397.7
3.51-3.860.3372375.50.29440940.0224355433199.4
3.86-4.390.34521850.29341440.0234384436299.5
4.39-5.440.3191854.20.30642030.0234408438899.5
5.44-11.990.29122650.29142890.0194541451599.4
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ldao.parldao.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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