PDB-3pgr: Asp348Arg mutant of EcFadL

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3pgr

タイトル

Asp348Arg mutant of EcFadL

要素

Long-chain fatty acid transport protein

キーワード

LIPID TRANSPORT / beta barrel / outer membrane

機能・相同性

機能・相同性情報

long-chain fatty acid transporting porin activity / ligand-gated channel activity / long-chain fatty acid transport / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Lepore, B.W. / van den Berg, B. / Indic, M. / Hearn, E. / Patel, D. / Pham, H.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: From the Cover: Ligand-gated diffusion across the bacterial outer membrane.
著者: Lepore, B.W. / Indic, M. / Pham, H. / Hearn, E.M. / Patel, D.R. / van den Berg, B.

履歴

登録	2010年11月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3pgr.cif.gz	168.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3pgr.ent.gz	134.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3pgr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pg/3pgr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pg/3pgr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2r89C 2r8aC 3pf1C 3pgsC 3pguC 1t16S 1t1l S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5yjs-1 2r4o-1 2r8a-1 2r4p-2 3ue3-d 1phs-d 2r88-2 2r4p-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Long-chain fatty acid transport protein

ヘテロ分子

49.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.202, 65.202, 288.765
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Long-chain fatty acid transport protein / Outer membrane fadL protein / Outer membrane flp protein 分子量: 46797.051 Da / 分子数: 1 / 変異: D373R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b2344, fadL, JW2341, ttr / プラスミド: pB22/pBAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: P10384
#2: 化合物	ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル分子量: 306.438 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₅ / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.53 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: screen solution was 360mM NaCl, 0.1% w/v NaN3 15mM NaPi, 9.9% w/v PEG 4000 pH 7.0, protein dialyzed prior to setup in 10mM NaOAc, 50mM NaCl, 10% glycerol, 0.4% C8E4, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: screen solution was 360mM NaCl, 0.1% w/v NaN3 15mM NaPi, 9.9% w/v PEG 4000 pH 7.0, protein dialyzed prior to setup in 10mM NaOAc, 50mM NaCl, 10% glycerol, 0.4% C8E4, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

結晶

マシュー密度: 3.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.53 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: screen solution was 360mM NaCl, 0.1% w/v NaN3 15mM NaPi, 9.9% w/v PEG 4000 pH 7.0, protein dialyzed prior to setup in 10mM NaOAc, 50mM NaCl, 10% glycerol, 0.4% C8E4, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→44 Å / Num. all: 25571 / Num. obs: 25546 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.644 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: dev_572)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1T16

1t16

解像度: 2.6→41.581 Å / SU ML: 0.95 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.88 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2599	2023	10.03 %
R_work	0.2164	-	-
obs	0.2207	20178	99.82 %
all	-	25546	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 39.07 Å² / k_sol: 0.325 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-9.1421 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-9.1421 Å²	0 Å²
3-	-	-	18.2842 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→41.581 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2924	0	136	58	3118

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3208
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.09	4322
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.303	1191
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	431
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	558

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6001-2.6652	0.359	142	0.2984	1239	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6652-2.7372	0.3349	144	0.266	1270	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7372-2.8177	0.289	139	0.2373	1260	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8177-2.9087	0.2882	141	0.2221	1268	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9087-3.0126	0.2577	138	0.2376	1252	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0126-3.1332	0.2912	145	0.2176	1285	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1332-3.2757	0.2586	142	0.2035	1284	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2757-3.4483	0.2818	143	0.2043	1292	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4483-3.6643	0.2315	142	0.2086	1281	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6643-3.947	0.2342	144	0.2096	1289	X-RAY DIFFRACTION	100
3.947-4.3438	0.2372	146	0.2046	1319	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3438-4.9715	0.2348	145	0.1711	1312	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9715-6.2601	0.2485	150	0.2148	1350	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2601-41.5863	0.2821	162	0.2542	1454	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5359	-0.2415	0.2742	0.7435	-0.5261	0.8934	0.0268	0.0051	0.0327	0.0388	0.1333	0.0347	0.0559	-0.1321	-0.0626	0.1091	0.0156	-0.0102	0.3174	0.1725	0.3716	7.9447	43.5116	116.1802
2	2.6454	1.336	-1.001	4.352	0.2044	1.0932	-0.0321	0.1128	-0.3536	0.1029	-0.1265	0.2034	0.3021	-0.2345	-0.1805	0.5554	-0.1689	-0.1748	0.4824	0.1662	0.4272	8.7637	3.4732	139.7435

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and (resid 1:159 or resid 195:424)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resid 160:194

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)