[日本語] English
万見
- PDB-5udi: IFIT1 monomeric mutant (L457E/L464E) with m7Gppp-AAAA (syn and an... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5udi
タイトルIFIT1 monomeric mutant (L457E/L464E) with m7Gppp-AAAA (syn and anti conformations of cap)
要素
  • Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1
  • RNA (5'-D(*(GTA))-R(P*AP*AP*A)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN / mRNA cap / N7-Methylguanosine-triphosphate RNA / tetratricopeptide repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular transport of viral protein in host cell / cellular response to type I interferon / negative regulation of helicase activity / negative regulation of viral genome replication / cellular response to exogenous dsRNA / positive regulation of viral genome replication / antiviral innate immune response / negative regulation of protein binding / response to virus / ISG15 antiviral mechanism ...intracellular transport of viral protein in host cell / cellular response to type I interferon / negative regulation of helicase activity / negative regulation of viral genome replication / cellular response to exogenous dsRNA / positive regulation of viral genome replication / antiviral innate immune response / negative regulation of protein binding / response to virus / ISG15 antiviral mechanism / Interferon alpha/beta signaling / host cell / defense response to virus / RNA binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tetratricopeptide repeat 2 / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / RNA / Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
unidentified (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Abbas, Y.M. / Martinez-Montero, S. / Damha, M.J. / Nagar, B.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-133535 カナダ
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Structure of human IFIT1 with capped RNA reveals adaptable mRNA binding and mechanisms for sensing N1 and N2 ribose 2'-O methylations.
著者: Abbas, Y.M. / Laudenbach, B.T. / Martinez-Montero, S. / Cencic, R. / Habjan, M. / Pichlmair, A. / Damha, M.J. / Pelletier, J. / Nagar, B.
履歴
登録2016年12月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月15日Group: Database references
改定 1.22017年3月22日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42020年1月8日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: pdbx_audit_support / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1
B: RNA (5'-D(*(GTA))-R(P*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,5075
ポリマ－57,2762
非ポリマー2303
水7,098394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3180 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area22020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.715, 111.715, 93.157
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number93
Space group name H-MP4222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-754-

HOH

21A-858-

HOH

31A-888-

HOH

41A-905-

HOH

51A-923-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1 / IFIT-1 / Interferon-induced 56 kDa protein / P56


分子量: 55564.328 Da / 分子数: 1 / 変異: L457E, L464E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IFIT1, G10P1, IFI56, IFNAI1, ISG56 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09914
#2: RNA鎖 RNA (5'-D(*(GTA))-R(P*AP*AP*A)-3')


分子量: 1712.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義)
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 394 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.18 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.1 / 詳細: 27 - 32 % PEG 200, 0.1 M Tris pH 8.1, 200 mM CaCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 94 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.579→50 Å / Num. obs: 81091 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.5 % / Biso Wilson estimate: 20.51 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 33.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible allRmerge(I) obs
1.58-1.6112.41.740.7961100
1.61-1.6413.80.8511100
1.64-1.6714.30.8621100
1.67-1.714.50.8961100
1.7-1.7414.50.9211000.888
1.74-1.7814.50.93411000.765
1.78-1.8214.60.95711000.629
1.82-1.8714.60.96411000.526
1.87-1.9314.70.97711000.412
1.93-1.9914.80.98511000.333
1.99-2.0614.80.98911000.265
2.06-2.1414.80.99211000.205
2.14-2.2414.90.99511000.157
2.24-2.3614.90.99711000.117
2.36-2.5114.90.99811000.093
2.51-2.714.90.99811000.089
2.7-2.9714.80.99811000.086
2.97-3.414.80.99911000.055
3.4-4.2914.60.99911000.038
4.29-5013.90.999199.80.039

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2142精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
Cootモデル構築
PHASER位相決定
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.58→40.123 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1778 3998 4.93 %
Rwork0.1574 --
obs0.1584 81034 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 140.76 Å2 / Biso mean: 34.2395 Å2 / Biso min: 13.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.58→40.123 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3760 117 26 394 4297
Biso mean--53.56 34.79 -
残基数----464
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0174128
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5795614
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077598
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011700
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7512550
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 29 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.5792-1.59780.27641460.250426202766
1.5978-1.61730.23511180.239726172735
1.6173-1.63780.28811390.229426222761
1.6378-1.65930.22481590.212525692728
1.6593-1.68210.23811290.216126282757
1.6821-1.70610.26181230.196726312754
1.7061-1.73160.20891470.190326332780
1.7316-1.75860.17781200.178226372757
1.7586-1.78750.17661420.175725822724
1.7875-1.81830.19111410.178926462787
1.8183-1.85130.19421200.165926392759
1.8513-1.8870.19231260.163226502776
1.887-1.92550.21381480.162426192767
1.9255-1.96730.17351260.153926532779
1.9673-2.01310.18071460.153226042750
2.0131-2.06340.18271510.155226382789
2.0634-2.11920.18891310.152526512782
2.1192-2.18160.17241350.147726542789
2.1816-2.2520.18271410.138726252766
2.252-2.33250.16151310.140626792810
2.3325-2.42580.1731200.136126822802
2.4258-2.53620.17951270.140726612788
2.5362-2.66990.15951430.148726792822
2.6699-2.83720.19851290.158426812810
2.8372-3.05620.20121510.164126762827
3.0562-3.36360.16431560.16826782834
3.3636-3.84990.15981390.150627362875
3.8499-4.84920.13741530.129827552908
4.8492-40.13580.1861610.169328913052
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.17940.37270.00460.3169-0.17520.31050.02330.06860.0432-0.0487-0.034-0.05610.00910.0951-00.17110.006-0.01240.2037-0.00230.211245.409618.3381-160.601
20.48930.18530.12050.46140.01510.2333-0.0672-0.01210.1887-0.02610.00860.0649-0.1382-0.086100.21160.0023-0.01180.1834-0.00830.255942.902628.5326-155.6182
30.41920.26760.14170.4940.06090.69890.0019-0.0312-0.00850.06060.0092-0.00650.0484-0.0288-00.17240.02040.00220.15830.00590.164330.16786.117-153.2006
40.1733-0.0956-0.10180.088-0.01420.070.03230.0763-0.04730.018-0.05650.12430.1499-0.0124-00.2591-0.0224-0.02240.1901-0.03080.205421.3357-7.376-176.2285
50.0487-0.0907-0.06650.1343-0.0410.1642-0.18780.22030.1089-0.07110.13530.12-0.0156-0.0447-00.2185-0.03220.00040.2299-0.01590.170724.033-1.8383-181.9524
60.0831-0.12910.06040.0924-0.00950.0263-0.05890.08360.0961-0.03660.0597-0.05290.12810.106500.22840.0213-0.00190.2162-0.02450.181338.7196-5.1457-177.7884
70.2905-0.1053-0.00920.2756-0.18440.1086-0.00720.0796-0.0830.08220.0556-0.00960.26030.13450.0050.29390.085-0.01860.2568-0.05490.246242.8145-16.759-173.4019
80.13760.20720.23480.484-0.13741.22880.3288-0.1936-0.371-0.12060.0630.25650.2601-0.30190.33970.35080.0035-0.13650.1957-0.05780.414945.7329-32.816-170.1991
9-0.0032-0.00020.00830.0016-0.00470.0202-0.027-0.1766-0.03340.14610.0550.01840.20820.151100.241-0.00990.00590.2007-0.00840.198332.2296-4.3235-165.4195
100.0011-0.00650.00410.00020.00880.0044-0.03370.03610.03890.11070.0518-0.08680.0288-0.06330.00010.18420.0028-0.00010.16640.00530.193334.17258.384-159.7695
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 8 through 45 )A8 - 45
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 46 through 127 )A46 - 127
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 128 through 284 )A128 - 284
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 285 through 311 )A285 - 311
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 312 through 335 )A312 - 335
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 336 through 373 )A336 - 373
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 374 through 412 )A374 - 412
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 413 through 467 )A413 - 467
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 2 through 4 )B2 - 4
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and resid ' 1 'B1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る