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- PDB-3nir: Crystal structure of small protein crambin at 0.48 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nir
タイトルCrystal structure of small protein crambin at 0.48 A resolution
要素Crambin
キーワードPLANT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Thionin-like / Thionin / Thionin-like superfamily / Plant thionin / Plant thionins signature. / Crambin / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Crambe hispanica (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / ISOMORPHOUS TO PDB ENTRY 1EJG / 解像度: 0.48 Å
データ登録者Schmidt, A. / Teeter, M. / Weckert, E. / Lamzin, V.S.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of small protein crambin at 0.48 A resolution
著者: Schmidt, A. / Teeter, M. / Weckert, E. / Lamzin, V.S.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: Accurate protein crystallography at ultra-high resolution: valence electron distribution in crambin.
著者: Jelsch, C. / Teeter, M.M. / Lamzin, V.S. / Pichon-Pesme, V. / Blessing, R.H. / Lecomte, C.
履歴
登録2010年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22016年3月2日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.52018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.type
改定 1.62023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Crambin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,9235
ポリマ－4,7381
非ポリマー1844
水1,76598
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)22.329, 18.471, 40.769
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.55, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Crambin


分子量: 4738.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Crambe hispanica (植物) / 株: SUBSP. ABYSSINICA / 参照: UniProt: P01542
#2: 化合物
ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
11.7730.67
2
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 60% ethanol in water, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPETRA II, DESYPETRA110.5498
シンクロトロンPETRA II, DESYPETRA120.5636
検出器
タイプID検出器日付
MAR CCD 165 mm1CCD2001年7月5日
MAR CCD 165 mm2CCD2002年2月25日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1diamond (111) - germanium (220)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2diamond (111) - germanium (220)SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.54981
20.56361
反射解像度: 0.48→20 Å / Num. all: 156860 / Num. obs: 156860 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 2.14 Å2 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 0.48→0.49 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345データ収集
MOPRO精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: ISOMORPHOUS TO PDB ENTRY 1EJG
開始モデル: PDB entry 1EJG

1ejg


解像度: 0.48→20 Å / Isotropic thermal model: overall / 交差検証法: RFREE INITIALLY, FINAL STAGES NONE / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: INITIAL REFINEMENT WITH REFMAC THEN SHELX, THEN MOPRO FOR MULTIPOLE REFINEMENT. ONLY DURING REFMAC CROSS VALIDATION WITH RFREE. IN THE LAST STAGES OF REFINEMENT THE SUM OF OCCUPANCIES FOR THE ...詳細: INITIAL REFINEMENT WITH REFMAC THEN SHELX, THEN MOPRO FOR MULTIPOLE REFINEMENT. ONLY DURING REFMAC CROSS VALIDATION WITH RFREE. IN THE LAST STAGES OF REFINEMENT THE SUM OF OCCUPANCIES FOR THE MULTIPLE CONFORMERS WAS NOT CONSTRAINED TO 1.00 AND ONLY WEAK STEREOCHEMICAL RESTRAINTS WERE APPLIED. ALTHOUGH OVERALL SUCH REFINEMENT OF THE MULTIPLE CONFORMERS WENT FINE, THERE WAS SOME INSTABILITY - FOR EXAMPLE THE REFINEMENT OF THE TEMPERATURE FACTORS FOR CA AND C ATOMS OF THE THIRD CONFORMER OF TYR A 29 DID NOT CONVERGE AND WERE TRUNCATED TO THE VALUE OF 50. BULK SOLVENT MODELING METHOD USED:BULK SOLVENT ENVELOPE METHOD FC(MOL)+FC(BULK)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rwork0.127 ---
obs0.127 156860 97 %-
all-156860 --
Rfree---random
原子変位パラメータBiso mean: 4.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.48→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数341 0 12 98 451

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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