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- PDB-3llr: Crystal structure of the PWWP domain of Human DNA (cytosine-5-)-m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3llr
タイトルCrystal structure of the PWWP domain of Human DNA (cytosine-5-)-methyltransferase 3 alpha
要素DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
キーワードTRANSFERASE / DNA methyltransferase / methylysine binding / Structural Genomics Consortium / SGC / Alternative promoter usage / Chromatin regulator / DNA-binding / Metal-binding / Methyltransferase / Nucleus / Phosphoprotein / Repressor / S-adenosyl-L-methionine / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


transposable element silencing by piRNA-mediated DNA methylation / positive regulation of cellular response to hypoxia / protein-cysteine methyltransferase activity / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / cellular response to bisphenol A / unmethylated CpG binding / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / autosome genomic imprinting / SUMOylation of DNA methylation proteins ...transposable element silencing by piRNA-mediated DNA methylation / positive regulation of cellular response to hypoxia / protein-cysteine methyltransferase activity / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / cellular response to bisphenol A / unmethylated CpG binding / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / autosome genomic imprinting / SUMOylation of DNA methylation proteins / XY body / oocyte development / response to vitamin A / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / response to ionizing radiation / hepatocyte apoptotic process / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / lncRNA binding / chromosome, centromeric region / cellular response to ethanol / catalytic complex / heterochromatin / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / DNA methylation / post-embryonic development / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / response to cocaine / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / cellular response to amino acid stimulus / euchromatin / response to lead ion / response to toxic substance / nuclear matrix / RMTs methylate histone arginines / neuron differentiation / transcription corepressor activity / response to estradiol / methylation / spermatogenesis / cellular response to hypoxia / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PWWP, helical domain / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 / DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A, ADD domain / : / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase, N-terminal / DNMT3, cysteine rich ADD domain / : / DNMT3, cysteine rich ADD domain, GATA1-like zinc finger / DNMT3, ADD PHD zinc finger / ADD domain ...PWWP, helical domain / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 / DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A, ADD domain / : / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase, N-terminal / DNMT3, cysteine rich ADD domain / : / DNMT3, cysteine rich ADD domain, GATA1-like zinc finger / DNMT3, ADD PHD zinc finger / ADD domain / ADD domain profile. / : / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. / C-5 cytosine methyltransferase / C-5 cytosine-specific DNA methylase / SH3 type barrels. - #140 / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / SH3 type barrels. / Roll / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Qiu, W. / Dombrovski, L. / Ni, S. / Weigelt, J. / Boutra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Wu, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Structural and histone binding ability characterizations of human PWWP domains.
著者: Wu, H. / Zeng, H. / Lam, R. / Tempel, W. / Amaya, M.F. / Xu, C. / Dombrovski, L. / Qiu, W. / Wang, Y. / Min, J.
履歴
登録2010年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年3月28日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
B: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
C: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
D: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
E: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,44511
ポリマ－86,3035
非ポリマー1,1426
水6,521362
1
A: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4702
ポリマ－17,2611
非ポリマー2091
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5663
ポリマ－17,2611
非ポリマー3052
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4702
ポリマ－17,2611
非ポリマー2091
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4702
ポリマ－17,2611
非ポリマー2091
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4702
ポリマ－17,2611
非ポリマー2091
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.110, 83.990, 74.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.48, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A / Dnmt3a / DNA methyltransferase HsaIIIA / DNA MTase HsaIIIA / M.HsaIIIA


分子量: 17260.500 Da / 分子数: 5 / 断片: PWWP domain (UNP residues 275-427) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DNMT3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9Y6K1, DNA (cytosine-5-)-methyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER


分子量: 209.240 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 28% PEG 3,350, 0.1 M ammonium sulfate, 0.1M BisTris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→60 Å / Num. all: 36937 / Num. obs: 36565 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.76 % / Rsym value: 0.0747 / Net I/σ(I): 12.35
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 3.77 % / Mean I/σ(I) obs: 4.16 / Num. unique all: 4407 / Rsym value: 0.2559 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxDCデータ収集
BALBES位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KHC

1khc


解像度: 2.3→50.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 6.372 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.36 / ESU R Free: 0.245 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25597 1819 5 %RANDOM
Rwork0.2161 ---
obs0.21811 34711 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.912 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5340 0 75 362 5777
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0225632
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9541.9397617
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8975675
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg23.73822.241241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.22415895
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.2391540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2733
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0214310
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3791.53340
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.70625328
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.68132292
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.1694.52282
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 121 -
Rwork0.243 2523 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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