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- PDB-3ley: 2F5 Epitope scaffold elicited anti-HIV-1 monoclonal antibody 6a7 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ley
タイトル2F5 Epitope scaffold elicited anti-HIV-1 monoclonal antibody 6a7 in complex with HIV-1 GP41
要素
  • 6a7 Antibody Heavy Chain
  • 6a7 Antibody Light Chain
  • Envelope glycoprotein gp41
キーワードIMMUNE SYSTEM / HIV-1 / GP-41 / MONOCLONAL ANTIBODY / 2F5 / SCAFFOLD / EPITOPE / TRANSPLANT / GRAFT / RE-ELCITATION / Envelope protein / VACCINE DESIGN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral envelope / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Ofek, G. / Guenaga, F.J. / Schief, W.R. / Skinner, J. / Baker, D. / Wyatt, R. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Elicitation of structure-specific antibodies by epitope scaffolds.
著者: Ofek, G. / Guenaga, F.J. / Schief, W.R. / Skinner, J. / Baker, D. / Wyatt, R. / Kwong, P.D.
履歴
登録2010年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: 6a7 Antibody Heavy Chain
L: 6a7 Antibody Light Chain
P: Envelope glycoprotein gp41
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2736
ポリマ－49,0773
非ポリマー1963
水5,963331
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4990 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area19650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.249, 80.160, 72.139
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.07, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 6a7 Antibody Heavy Chain


分子量: 23891.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: hybridoma / 細胞株: myeloma cell line FO / 株: BALB/c
#2: 抗体 6a7 Antibody Light Chain


分子量: 24198.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: hybridoma / 細胞株: myeloma cell line FO / 株: BALB/c
#3: タンパク質・ペプチド Envelope glycoprotein gp41


分子量: 986.165 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: HIV-1 gp41 peptide
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: Q9IJQ0
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 331 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 31.5 % PEG 1000, 0.2 M Zn(CH3COO)2, 0.1 M CH3COONA PH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年4月2日
放射モノクロメーター: SI (220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→50 Å / Num. obs: 26922 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): 5 / Biso Wilson estimate: 29.3 Å2 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 31.5
反射 シェル解像度: 1.98→2.05 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Rsym value: 0.342 / % possible all: 86.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.99→27.1 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 1.2 / σ(F): 0.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.215 1916 7.38 %
Rwork0.177 --
obs0.18 25977 92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.67 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 41.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.708 Å20 Å25.834 Å2
2--0.711 Å2-0 Å2
3----8.419 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→27.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3402 0 3 331 3736
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043491
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7684756
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0311215
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051542
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003598
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.988-2.0380.311890.2231125X-RAY DIFFRACTION60
2.038-2.0930.2581230.1991547X-RAY DIFFRACTION84
2.093-2.1550.2691270.1961678X-RAY DIFFRACTION90
2.155-2.2240.2571420.2041703X-RAY DIFFRACTION92
2.224-2.3040.3141330.2031721X-RAY DIFFRACTION93
2.304-2.3960.2481450.1971773X-RAY DIFFRACTION95
2.396-2.5050.2931460.2011769X-RAY DIFFRACTION95
2.505-2.6370.2531340.2051771X-RAY DIFFRACTION95
2.637-2.8020.2531410.2021801X-RAY DIFFRACTION96
2.802-3.0180.2461470.1971839X-RAY DIFFRACTION98
3.018-3.3210.191470.1711819X-RAY DIFFRACTION98
3.321-3.8010.2191460.1541825X-RAY DIFFRACTION98
3.801-4.7840.1561470.1381838X-RAY DIFFRACTION98
4.784-27.0980.181490.1731852X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.464-0.5831-2.03580.94350.0682.1133-0.17580.2695-0.14410.45360.01090.1885-0.2362-0.57150.21590.3340.0663-0.01740.3294-0.06280.20856.897-21.07273.8943
21.75520.1544-1.37521.7150.85512.4446-0.08770.176-0.1769-0.0211-0.0457-0.0455-0.03180.13060.12530.18660.0757-0.01940.2225-0.02810.160314.1935-19.91726.3434
32.9695-1.7733-1.8652.0271.95443.68640.1121-0.19160.4271-0.26990.073-0.0795-0.2044-0.0988-0.08590.3545-0.03380.06870.2664-0.0010.3382-10.8774-15.971838.801
41.7010.2218-0.58341.95020.11163.817-0.07710.0758-0.0143-0.05520.08770.17270.2411-0.5177-0.01590.1588-0.0017-0.03930.25910.03510.1592-7.6121-18.184230.578
52.67990.1339-1.07191.09330.95172.4630.4534-0.0570.4009-0.2256-0.03620.0137-0.59370.0266-0.41470.5041-0.04740.16170.2124-0.00850.275918.68942.186612.3026
61.64520.15-1.74610.6355-0.39063.34160.2205-0.02760.2115-0.07660.07930.0819-0.26310.1191-0.26930.23450.004-0.00610.1466-0.04690.17997.3563-8.48627.3458
71.6940.018-1.85771.50191.74932.27130.0569-0.41960.1974-0.03290.1219-0.02960.04040.4519-0.17630.13530.0298-0.0410.2736-0.01910.19144.5769-11.708340.1609
80.6578-0.8061-0.78980.12730.47651.9841-0.1801-0.40460.03980.25270.2906-0.02840.18780.7346-0.07040.31820.05160.0070.4012-0.01420.1814-1.8486-16.538651.3723
90.4364-0.09730.1441-0.0066-0.11120.1656-0.150.30610.1169-0.4850.4830.4176-0.4887-0.483-0.330.54620.07210.04550.53430.06280.3318.6053-4.4647-4.9447
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN H AND RESID 1:32
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN H AND RESID 33:121
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN H AND RESID 122:139
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN H AND RESID 140:220
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN L AND RESID 1:82
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN L AND RESID 83:141
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN L AND RESID 142:188
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN L AND RESID 189:219
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN P AND RESID 659:668

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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