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- PDB-3lex: 2F5 Epitope scaffold elicited anti-HIV-1 monoclonal antibody 11F1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lex
タイトル2F5 Epitope scaffold elicited anti-HIV-1 monoclonal antibody 11F10 in complex with HIV-1 GP41
要素
  • 11f10 Antibody Heavy Chain
  • 11f10 Antibody Light Chain
  • Envelope glycoprotein gp41
キーワードIMMUNE SYSTEM / HIV-1 / GP-41 / MONOCLONAL ANTIBODY / 2F5 / SCAFFOLD / EPITOPE / TRANSPLANT / GRAFT / RE-ELCITATION / Envelope protein / VACCINE DESIGN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Ofek, G. / Guenaga, F.J. / Schief, W.R. / Skinner, J. / Baker, D. / Wyatt, R. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Elicitation of structure-specific antibodies by epitope scaffolds.
著者: Ofek, G. / Guenaga, F.J. / Schief, W.R. / Skinner, J. / Baker, D. / Wyatt, R. / Kwong, P.D.
履歴
登録2010年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_sheet.number_strands
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: 11f10 Antibody Heavy Chain
L: 11f10 Antibody Light Chain
P: Envelope glycoprotein gp41
A: 11f10 Antibody Heavy Chain
B: 11f10 Antibody Light Chain
C: Envelope glycoprotein gp41


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,3346
ポリマ－98,3346
非ポリマー00
水11,313628
1
H: 11f10 Antibody Heavy Chain
L: 11f10 Antibody Light Chain
P: Envelope glycoprotein gp41


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1673
ポリマ－49,1673
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4880 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area18830 Å2
手法PISA
2
A: 11f10 Antibody Heavy Chain
B: 11f10 Antibody Light Chain
C: Envelope glycoprotein gp41


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1673
ポリマ－49,1673
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4850 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area18870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.543, 70.962, 78.265
Angle α, β, γ (deg.)90.08, 90.02, 90.29
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: 抗体 11f10 Antibody Heavy Chain


分子量: 23916.674 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: hybridoma / 細胞株: myeloma cell line FO / 株: BALB/c
#2: 抗体 11f10 Antibody Light Chain


分子量: 24264.043 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: hybridoma / 細胞株: myeloma cell line FO / 株: BALB/c
#3: タンパク質・ペプチド Envelope glycoprotein gp41


分子量: 986.165 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: HIV-1 gp41 peptide
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: Q9IJQ0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 628 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 16% PEG 4000, 0.08 M CH3COONA, 0.04 M, TRIS PH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月2日
放射モノクロメーター: SI (220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→25.9 Å / Num. obs: 49925 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(I): 5 / Biso Wilson estimate: 19.46 Å2 / Rsym value: 0.038 / Net I/σ(I): 33
反射 シェル解像度: 1.97→2.04 Å / Mean I/σ(I) obs: 12.9 / Rsym value: 0.092 / % possible all: 94.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LEY

3ley


解像度: 1.97→25.9 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 1.16 / σ(F): 0.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.198 1992 4.03 %
Rwork0.165 --
obs0.166 49480 93.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.85 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 26.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.486 Å21.457 Å2-2.512 Å2
2---10.321 Å20.631 Å2
3----1.165 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→25.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6783 0 0 628 7411
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096967
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8929496
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1742419
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061074
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051195
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.965-2.0140.2491260.1853168X-RAY DIFFRACTION86
2.014-2.0690.2351430.1733431X-RAY DIFFRACTION94
2.069-2.1290.2251450.1763416X-RAY DIFFRACTION94
2.129-2.1980.2471420.1663434X-RAY DIFFRACTION95
2.198-2.2770.2521350.1833429X-RAY DIFFRACTION95
2.277-2.3680.2251460.1813473X-RAY DIFFRACTION95
2.368-2.4750.2381470.1843486X-RAY DIFFRACTION95
2.475-2.6060.2561450.1773433X-RAY DIFFRACTION95
2.606-2.7690.2071400.183414X-RAY DIFFRACTION94
2.769-2.9820.2221470.1733413X-RAY DIFFRACTION95
2.982-3.2820.191400.1623399X-RAY DIFFRACTION93
3.282-3.7560.1651390.1453362X-RAY DIFFRACTION92
3.756-4.7270.1471450.1343327X-RAY DIFFRACTION92
4.727-25.9030.1541520.1673303X-RAY DIFFRACTION91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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