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- PDB-3kym: Crystal structure of Li33 IgG2 di-Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kym
タイトルCrystal structure of Li33 IgG2 di-Fab
要素
  • Heavy Chain Li33 IgG2
  • Light Chain Li33 IgG2
キーワードIMMUNE SYSTEM / IgG2 monoclonal anti-Lingo
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Silvian, L.F. / Pepinsky, R.B. / Walus, L.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2010
タイトル: Improving the solubility of anti-LINGO-1 monoclonal antibody Li33 by isotype switching and targeted mutagenesis.
著者: Pepinsky, R.B. / Silvian, L. / Berkowitz, S.A. / Farrington, G. / Lugovskoy, A. / Walus, L. / Eldredge, J. / Capili, A. / Mi, S. / Graff, C. / Garber, E.
履歴
登録2009年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Light Chain Li33 IgG2
B: Heavy Chain Li33 IgG2
C: Light Chain Li33 IgG2
D: Heavy Chain Li33 IgG2
E: Light Chain Li33 IgG2
F: Heavy Chain Li33 IgG2
G: Light Chain Li33 IgG2
H: Heavy Chain Li33 IgG2
I: Light Chain Li33 IgG2
J: Heavy Chain Li33 IgG2
K: Light Chain Li33 IgG2
L: Heavy Chain Li33 IgG2
M: Light Chain Li33 IgG2
N: Heavy Chain Li33 IgG2
O: Light Chain Li33 IgG2
P: Heavy Chain Li33 IgG2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)383,29216
ポリマ－383,29216
非ポリマー00
水00
1
A: Light Chain Li33 IgG2
B: Heavy Chain Li33 IgG2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9112
ポリマ－47,9112
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3370 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area20250 Å2
手法PISA
2
C: Light Chain Li33 IgG2
D: Heavy Chain Li33 IgG2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9112
ポリマ－47,9112
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3400 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area20500 Å2
手法PISA
3
E: Light Chain Li33 IgG2
F: Heavy Chain Li33 IgG2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9112
ポリマ－47,9112
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3450 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area20350 Å2
手法PISA
4
G: Light Chain Li33 IgG2
H: Heavy Chain Li33 IgG2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9112
ポリマ－47,9112
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3370 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area20160 Å2
手法PISA
5
I: Light Chain Li33 IgG2
J: Heavy Chain Li33 IgG2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9112
ポリマ－47,9112
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3500 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area20560 Å2
手法PISA
6
K: Light Chain Li33 IgG2
L: Heavy Chain Li33 IgG2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9112
ポリマ－47,9112
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3390 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area20800 Å2
手法PISA
7
M: Light Chain Li33 IgG2
N: Heavy Chain Li33 IgG2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9112
ポリマ－47,9112
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3310 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area20590 Å2
手法PISA
8
O: Light Chain Li33 IgG2
P: Heavy Chain Li33 IgG2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9112
ポリマ－47,9112
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3490 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area20910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.669, 109.545, 118.433
Angle α, β, γ (deg.)61.46, 79.29, 87.59
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: 抗体
Light Chain Li33 IgG2


分子量: 23421.965 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体
Heavy Chain Li33 IgG2


分子量: 24489.480 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 12% PEG3350, 0.1M phosphate citrate pH 4, 0.2M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9797 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.62→50 Å / Num. all: 124078 / Num. obs: 122107 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 2.62→2.69 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.502 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3GIZ

3giz


解像度: 2.62→19.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.831 / SU B: 20.606 / SU ML: 0.428 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.758 / ESU R Free: 0.448 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.33904 5749 5 %RANDOM
Rwork0.25944 ---
obs0.26686 109595 97.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.108 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20.02 Å20.01 Å2
2---0.01 Å2-0.02 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.62→19.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26358 0 0 0 26358
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02227026
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6151.94936782
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.98153432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.85223.9291097
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.564154265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.77115134
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.24081
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02120500
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6261.517132
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.167227658
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.30639894
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2544.59124
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.62→2.688 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.57 361 -
Rwork0.558 7066 -
obs--85.53 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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