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- PDB-3ik4: CRYSTAL STRUCTURE OF mandelate racemase/muconate lactonizing prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ik4
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF mandelate racemase/muconate lactonizing protein from Herpetosiphon aurantiacus
要素Mandelate racemase/muconate lactonizing protein
キーワードISOMERASE / STRUCTURAL GENOMICS / ENOLASE / EPIMERASE / PSI-2 / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK SGX RESEARCH CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


racemase and epimerase activity / racemase and epimerase activity, acting on amino acids and derivatives / 異性化酵素; ラセマーゼ・エピメラーゼ（光学異性の転換）; アミノ酸類に作用 / peptide metabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Dipeptide epimerase / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal ...Dipeptide epimerase / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Aromatic dipeptide epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Patskovsky, Y. / Toro, R. / Dickey, M. / Iizuka, M. / Sauder, J.M. / Gerlt, J.A. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Homology models guide discovery of diverse enzyme specificities among dipeptide epimerases in the enolase superfamily.
著者: Lukk, T. / Sakai, A. / Kalyanaraman, C. / Brown, S.D. / Imker, H.J. / Song, L. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Toro, R. / Hillerich, B. / Seidel, R. / Patskovsky, Y. / Vetting, M.W. / Nair, ...著者: Lukk, T. / Sakai, A. / Kalyanaraman, C. / Brown, S.D. / Imker, H.J. / Song, L. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Toro, R. / Hillerich, B. / Seidel, R. / Patskovsky, Y. / Vetting, M.W. / Nair, S.K. / Babbitt, P.C. / Almo, S.C. / Gerlt, J.A. / Jacobson, M.P.
履歴
登録2009年8月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22012年3月21日Group: Database references
改定 1.32012年5月23日Group: Database references
改定 1.42018年11月21日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.52021年2月10日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / pdbx_struct_conn_angle ...audit_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id ..._audit_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mandelate racemase/muconate lactonizing protein
B: Mandelate racemase/muconate lactonizing protein
C: Mandelate racemase/muconate lactonizing protein
D: Mandelate racemase/muconate lactonizing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,19410
ポリマ－151,8544
非ポリマー3416
水4,270237
1
A: Mandelate racemase/muconate lactonizing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0032
ポリマ－37,9631
非ポリマー391
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mandelate racemase/muconate lactonizing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0953
ポリマ－37,9631
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Mandelate racemase/muconate lactonizing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0953
ポリマ－37,9631
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Mandelate racemase/muconate lactonizing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0032
ポリマ－37,9631
非ポリマー391
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Mandelate racemase/muconate lactonizing protein
B: Mandelate racemase/muconate lactonizing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,0975
ポリマ－75,9272
非ポリマー1703
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3340 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area24950 Å2
手法PISA
6
C: Mandelate racemase/muconate lactonizing protein
ヘテロ分子

D: Mandelate racemase/muconate lactonizing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,0975
ポリマ－75,9272
非ポリマー1703
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y+1/2,-z+11
Buried area3310 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area25010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.026, 93.344, 85.914
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Mandelate racemase/muconate lactonizing protein


分子量: 37963.426 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779 (バクテリア)
遺伝子: Haur_1114 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A9B055
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.26 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 150MM POTASSIUM BROMIDE, PH 7.5, 30% PEG2000 MME, 10% GLYCEROL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.081
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月23日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.081 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→50 Å / Num. obs: 75228 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 43.053 Å2 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.07→2.14 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / % possible all: 91.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER1.2位相決定
REFMAC5.3.0034精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JPM

1jpm


解像度: 2.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 20.061 / SU ML: 0.247 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.29 / ESU R Free: 0.229 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27531 2147 3 %RANDOM
Rwork0.21676 ---
obs0.21855 68809 99.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.917 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.51 Å20 Å2-1.49 Å2
2---1.73 Å20 Å2
3---3.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10201 0 16 237 10454
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02210481
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2531.9614232
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.46751427
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.66824.3400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.049151680
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3691556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.21679
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.027845
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1460.34819
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2910.57039
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1590.5759
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1190.3133
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1380.514
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.3642.56979
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.058411041
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it10.31533514
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it12.8445.53177
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.412 133 -
Rwork0.333 4742 -
obs--93.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.71530.01380.27193.3723-1.20961.3290.2147-0.0731-0.1544-0.1751-0.1392-0.34180.33790.1514-0.0755-0.15690.06090.0785-0.1784-0.0252-0.35230.49719.0786.141
22.2399-1.03210.21612.5764-0.13681.4160.24520.0756-0.0716-0.52580.02450.48810.1077-0.2132-0.2698-0.1643-0.0304-0.0306-0.17680.0857-0.1469-31.71832.019-4.243
35.2805-0.94130.58212.25980.0092.46490.45881.1238-0.2102-0.6104-0.38510.14950.25780.1096-0.07380.09880.1628-0.06270.1132-0.0253-0.1581-16.48856.11134.592
42.0470.00471.4013.34740.58951.97110.0067-0.33710.4953-0.0367-0.22670.7205-0.0993-0.530.2199-0.0077-0.019-0.01870.1225-0.18570.2543-47.44518.93229.098
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 358
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 357
3X-RAY DIFFRACTION3C0 - 357
4X-RAY DIFFRACTION4D0 - 356

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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