PDB-3hmw: Crystal structure of ustekinumab FAB

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hmw

タイトル

Crystal structure of ustekinumab FAB

要素

USTEKINUMAB FAB HEAVY CHAIN
USTEKINUMAB FAB LIGHT CHAIN

キーワード

IMMUNE SYSTEM / USTEKINUMAB / CNTO1275 / IL-12 / IL-23 / ANTIBODY / FAB / MONOCLONAL ANTIBODY

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / :

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Luo, J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural basis for the dual recognition of IL-12 and IL-23 by ustekinumab.
著者: Luo, J. / Wu, S.J. / Lacy, E.R. / Orlovsky, Y. / Baker, A. / Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Heavner, G.A. / Richter, H.T. / Benson, J.

履歴

登録	2009年5月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2015年7月22日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hmw.cif.gz	176.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hmw.ent.gz	147 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hmw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3hmw_validation.pdf.gz	438.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3hmw_full_validation.pdf.gz	448.2 KB	表示
XML形式データ	3hmw_validation.xml.gz	19.3 KB	表示
CIF形式データ	3hmw_validation.cif.gz	26.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/3hmw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/3hmw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3hmxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5mu0-4 2aj3-2 1lo4-d 6u3z-1 4imk-1 5jor-2 1ct8-3 6dwa-1 3c5s-2 5b4m-1 1nd0-4 1nak-1 5mv4-1 5mu0-1 6pds-2 3ejz-3 5k9j-d 6xtg-d 3i75-d 3i9g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: USTEKINUMAB FAB LIGHT CHAIN

H: USTEKINUMAB FAB HEAVY CHAIN

ヘテロ分子

48.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	139.310, 139.310, 114.580
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	L-215- CD
2	1	L-216- CD
3	1	L-229- HOH
4	1	L-231- HOH

#1: 抗体	USTEKINUMAB FAB LIGHT CHAIN 分子量: 23474.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: PAPAIN DIGESTED FROM mAb / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト)
#2: 抗体	USTEKINUMAB FAB HEAVY CHAIN 分子量: 24361.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: PAPAIN DIGESTED FROM mAb / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.34 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→69.65 Å / Num. all: 13596 / Num. obs: 13596 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 40 % / B_iso Wilson estimate: 58.35 Å² / R_merge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 25.5
反射シェル	解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 38.5 % / R_merge(I) obs: 0.361 / Mean I/σ(I) obs: 9 / Num. unique all: 1318 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
StructureStudio		データ収集
d*TREK		データ削減
d*TREK		データスケーリング
CNX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3→34.827 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.88 / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.287	673	5.05 %
R_work	0.228	-	-
obs	0.231	13324	97.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 44.577 Å² / k_sol: 0.342 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 137.31 Å² / B_iso mean: 52.532 Å² / B_iso min: 3.27 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.765 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.765 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.579 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→34.827 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3299	0	2	125	3426

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3383
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.757	4594
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	512
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	584
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.723	1192

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3-3.232	0.418	143	0.31	2466	2609	98
3.232-3.556	0.383	140	0.276	2451	2591	97
3.556-4.07	0.289	112	0.222	2507	2619	98
4.07-5.126	0.219	131	0.174	2521	2652	97
5.126-34.83	0.227	147	0.219	2706	2853	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5666	-1.1814	-0.0187	0.6024	-0.8267	2.041	-0.0042	-0.1708	-0.3141	0.0826	-0.0801	0.2669	-0.1305	0.1151	0.0762	0.3084	-0.067	-0.0253	0.2285	0.0303	0.3512	65.6786	-18.2636	3.522
2	1.3482	0.8176	0.2501	3.2713	-1.0043	1.456	-0.0465	-0.2339	0.1538	-0.1679	0.0984	-0.5275	0.0532	0.0471	-0.0527	0.2748	0.0143	-0.0413	0.3003	-0.0568	0.4812	103.2411	-13.585	1.2215
3	1.9299	0.0607	-0.3686	-0.27	-1.3689	3.0503	-0.0465	0.0245	-0.0186	0.1911	-0.0442	-0.0262	-0.4094	-0.2084	0.0976	0.3875	0.0429	-0.0676	0.2624	-0.0341	0.3842	65.6015	-10.3771	-17.1215
4	2.9033	-0.0017	0.732	2.5305	-1.929	1.2709	-0.0505	0.2665	0.0084	-0.4969	0.0517	-0.029	0.2359	0.0908	-0.0181	0.6377	-0.1186	0.001	0.3326	-0.0113	0.3618	97.1037	-18.1626	-12.9985

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain L and resid 1:109)	L	1 - 109
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain L and resid 110:214)	L	110 - 214
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain H and resid 1:119)	H	1 - 119
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain H and resid 120:223)	H	120 - 223

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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