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万見
- PDB-3gi8: Crystal Structure of ApcT K158A Transporter Bound to 7F11 Monoclo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gi8
タイトルCrystal Structure of ApcT K158A Transporter Bound to 7F11 Monoclonal Fab Fragment
要素
  • 7F11 Anti-ApcT Monoclonal Fab Heavy Chain
  • 7F11 Anti-ApcT Monoclonal Fab Light Chain
  • Uncharacterized protein MJ0609
キーワードTRANSPORT PROTEIN / membrane protein / transporter / antibody / Cell membrane / Membrane / Transmembrane / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York Consortium on Membrane Protein Structure / NYCOMPS
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane transporter activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Amino acid/polyamine transporter I / Amino acid/polyamine transporter I / : / Amino acid/polyamine transporter I / Amino acid permease / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein MJ0609
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Shaffer, P.L. / Goehring, A.S. / Shankaranarayanan, A. / Gouaux, E. / New York Consortium on Membrane Protein Structure (NYCOMPS)
引用ジャーナル: Science / 年: 2009
タイトル: Structure and mechanism of a na+-independent amino Acid transporter.
著者: Shaffer, P.L. / Goehring, A. / Shankaranarayanan, A. / Gouaux, E.
履歴
登録2009年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Uncharacterized protein MJ0609
L: 7F11 Anti-ApcT Monoclonal Fab Light Chain
H: 7F11 Anti-ApcT Monoclonal Fab Heavy Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,5423
ポリマ－96,5423
非ポリマー00
水3,675204
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5430 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area35590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.039, 111.188, 115.674
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.92, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein MJ0609


分子量: 48272.117 Da / 分子数: 1 / 変異: K158A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: MJ0609 / プラスミド: pET25b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: Q58026
#2: 抗体 7F11 Anti-ApcT Monoclonal Fab Light Chain


分子量: 24284.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Murine Hybridoma / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 7F11 Anti-ApcT Monoclonal Fab Heavy Chain


分子量: 23984.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Murine Hybridoma / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5
詳細: 0.1M sodium acetate, 0.1M ammonium dihydrogen phosphate, 40-44% PEG 400, pH 5.0, Microbatch, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月24日
放射モノクロメーター: Liquid Nitrogen cooled Dual Crystal/Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→50 Å / Num. obs: 36142 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 2.59→2.69 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.335 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: ApcT - Fab complex

解像度: 2.59→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.867 / SU B: 12.891 / SU ML: 0.282 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.685 / ESU R Free: 0.364 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30685 1803 5 %RANDOM
Rwork0.25362 ---
obs0.25629 34311 99.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 56.772 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.01 Å20 Å22.08 Å2
2--0.11 Å20 Å2
3---2.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6720 0 0 204 6924
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0226892
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9351.9559380
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2225871
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.59523.944251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.569151107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8021516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.21087
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.025094
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1730.23211
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.24843
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.110.2351
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1680.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1870.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3361.54444
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.60927040
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.46632817
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.7734.52340
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.59→2.658 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 125 -
Rwork0.319 2431 -
obs--95.69 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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