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- PDB-3tt1: Crystal Structure of LeuT in the outward-open conformation in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tt1
タイトルCrystal Structure of LeuT in the outward-open conformation in complex with Fab
要素
  • (mouse monoclonal 1gG2a Fab fragment, ...) x 2
  • Leucine transporter LeuT
キーワードTRANSPORT PROTEIN / LeuT fold / transporter / plasma membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


sodium ion transmembrane transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sodium:neurotransmitter symporter / Sodium:neurotransmitter symporter superfamily / Sodium:neurotransmitter symporter family / Sodium:neurotransmitter symporter family profile. / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Na(+):neurotransmitter symporter (Snf family)
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.099 Å
データ登録者Krishnamurthy, H. / Gouaux, E.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: X-ray structures of LeuT in substrate-free outward-open and apo inward-open states.
著者: Krishnamurthy, H. / Gouaux, E.
履歴
登録2011年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年1月18日Group: Database references
改定 1.22012年1月25日Group: Database references
改定 1.32012年2月1日Group: Database references
改定 1.42020年7月29日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leucine transporter LeuT
B: Leucine transporter LeuT
L: mouse monoclonal 1gG2a Fab fragment, heavy chain
H: mouse monoclonal 1gG2a Fab fragment, kappa light chain
M: mouse monoclonal 1gG2a Fab fragment, heavy chain
I: mouse monoclonal 1gG2a Fab fragment, kappa light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,61415
ポリマ－210,9806
非ポリマー1,6349
水50428
1
A: Leucine transporter LeuT
M: mouse monoclonal 1gG2a Fab fragment, heavy chain
I: mouse monoclonal 1gG2a Fab fragment, kappa light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,4618
ポリマ－105,4903
非ポリマー9715
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Leucine transporter LeuT
L: mouse monoclonal 1gG2a Fab fragment, heavy chain
H: mouse monoclonal 1gG2a Fab fragment, kappa light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,1537
ポリマ－105,4903
非ポリマー6634
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)102.859, 162.761, 210.081
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 6:129 or resseq 135:308 or resseq 310:471 or resseq 480:507 )
211chain B and (resseq 6:129 or resseq 135:308 or resseq 310:471 or resseq 480:507 )
112chain L and (resseq 21:215 )
212chain M and (resseq 21:215 )
113chain H and (resseq 20:135 or resseq 143:154 or resseq 162:219 )
213chain I and (resseq 20:135 or resseq 143:154 or resseq 162:219 )

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

-
抗体 , 2種, 4分子 LMHI

#2: 抗体 mouse monoclonal 1gG2a Fab fragment, heavy chain


分子量: 23911.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 mouse monoclonal 1gG2a Fab fragment, kappa light chain


分子量: 23575.381 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 7分子 AB

#1: タンパク質 Leucine transporter LeuT


分子量: 58003.336 Da / 分子数: 2 / 変異: Y108F, K288A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: snf, aq_2077 / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: O67854
#5: 糖
ChemComp-SOG / octyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside / 2-HYDROXYMETHYL-6-OCTYLSULFANYL-TETRAHYDRO-PYRAN-3,4,5-TRIOL / 1-S-OCTYL-BETA-D-THIOGLUCOSIDE / octyl 1-thio-beta-D-glucoside / octyl 1-thio-D-glucoside / octyl 1-thio-glucoside / オクチル1-チオ-β-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 308.434 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O5S / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 2種, 32分子

#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.49 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 40 mM Tris-HCl, 23-26% PEG550 MME, 50-100 mM sodium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: single crystal Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.099→50 Å / Num. all: 64779 / Num. obs: 57718 / % possible obs: 89.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 3.099→3.21 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.561 / Mean I/σ(I) obs: 1.92 / Num. unique all: 5864 / % possible all: 92

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3F3A

3f3a


解像度: 3.099→40.169 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2396 2948 5.11 %RANDOM
Rwork0.2192 ---
obs0.2203 57680 89.09 %-
all-0 --
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 28.982 Å2 / ksol: 0.288 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.1878 Å20 Å2-0 Å2
2--7.6738 Å2-0 Å2
3----2.486 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.099→40.169 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14178 0 68 28 14274
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00814661
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94419984
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.6445005
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0542268
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0022482
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A3762X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B3762X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.008
21L1515X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22M1515X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
31H1419X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32I1419X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.009
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.099-3.15030.33221350.32572561X-RAY DIFFRACTION89
3.1503-3.20460.36711490.30732703X-RAY DIFFRACTION92
3.2046-3.26280.33431230.29252642X-RAY DIFFRACTION92
3.2628-3.32550.30391390.2892669X-RAY DIFFRACTION92
3.3255-3.39340.32391600.27262631X-RAY DIFFRACTION92
3.3934-3.46710.30291430.25792599X-RAY DIFFRACTION91
3.4671-3.54770.27381440.24592690X-RAY DIFFRACTION91
3.5477-3.63640.23621550.23212595X-RAY DIFFRACTION91
3.6364-3.73470.28661420.22742612X-RAY DIFFRACTION91
3.7347-3.84450.21971510.22722637X-RAY DIFFRACTION90
3.8445-3.96840.27091330.21522626X-RAY DIFFRACTION90
3.9684-4.11010.21731420.20542598X-RAY DIFFRACTION90
4.1101-4.27450.20511500.20662600X-RAY DIFFRACTION89
4.2745-4.46880.23051270.18422610X-RAY DIFFRACTION89
4.4688-4.70410.18921170.17592601X-RAY DIFFRACTION88
4.7041-4.99830.1921430.17582574X-RAY DIFFRACTION88
4.9983-5.38340.19541500.18182552X-RAY DIFFRACTION87
5.3834-5.92360.24031270.22042567X-RAY DIFFRACTION87
5.9236-6.77720.25441110.23242596X-RAY DIFFRACTION86
6.7772-8.52520.21461520.19822534X-RAY DIFFRACTION85
8.5252-40.17260.23251550.22252535X-RAY DIFFRACTION81
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.14330.14620.25161.51220.14341.38710.0106-0.2396-0.05840.1929-0.07520.263-0.0847-0.2934-0.0020.26580.0365-0.00030.3637-0.0360.3207-71.682833.601110.2436
22.1456-0.0972-0.53951.18860.12332.20090.03010.50590.2418-0.3448-0.10180.2379-0.2748-0.5768-0.00530.48270.1426-0.04580.5799-0.14130.5257-74.784128.7768-38.3005
31.9361-0.8019-1.25981.79110.99161.65970.066-0.29470.22120.13850.05760.07380.05440.27160.00020.6034-0.04080.04830.5727-0.18750.4783-29.829712.9909-43.0863
41.098-0.53860.36540.71480.11230.2342-0.1717-0.52690.06830.20850.225-0.3755-0.01460.288100.6110.0310.05050.7529-0.18280.8104-4.73630.5465-54.3015
51.3995-0.71211.18571.3259-1.15711.83210.32030.275-0.2452-0.3729-0.17640.18850.30940.151300.7631-0.0163-0.15410.58430.04070.5501-40.5278-2.280215.2034
60.4448-0.2704-0.10990.59030.37070.22750.42450.2977-0.3847-0.4499-0.25190.00860.27160.1810.00010.91550.2143-0.13810.7586-0.02610.8367-19.1702-20.36926.4751
71.24150.0223-0.05692.31260.35921.2335-0.2490.0149-0.29270.1124-0.07050.13020.15230.1214-00.607-0.05740.1040.502-0.11630.5285-34.3317-3.2742-51.7768
80.78030.2766-0.57250.94450.57511.1012-0.5259-1.434-1.2380.55540.5196-0.40260.25320.21360.00040.89380.29980.10630.9580.23721.0436-5.467-15.5739-47.4483
91.5127-0.0676-0.21081.11590.2521.1133-0.040.31230.23550.0359-0.095-0.17990.24130.180500.5246-0.0099-0.06140.49450.13460.4991-26.69778.295722.9785
100.69780.39740.33361.0801-0.77561.25170.29240.9151-0.0528-0.8868-0.1527-0.76270.37250.53730.00120.92720.34940.18831.07670.07910.7565-4.7465-14.127818.685
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 5:507)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resid 6:507)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain H and resid 20:142)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain H and resid 143:238)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain I and resid 20:142)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain I and resid 143:238)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain L and resid 21:131)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain L and resid 132:235)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain M and resid 21:131)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain M and resid 132:235)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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