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Yorodumi- PDB-3tt1: Crystal Structure of LeuT in the outward-open conformation in com... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3tt1 | ||||||
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Title | Crystal Structure of LeuT in the outward-open conformation in complex with Fab | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSPORT PROTEIN / LeuT fold / transporter / plasma membrane | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Aquifex aeolicus (bacteria) Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.099 Å | ||||||
Authors | Krishnamurthy, H. / Gouaux, E. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2012 Title: X-ray structures of LeuT in substrate-free outward-open and apo inward-open states. Authors: Krishnamurthy, H. / Gouaux, E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3tt1.cif.gz | 713.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3tt1.ent.gz | 590.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3tt1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/3tt1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/3tt1 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3tt3C 3tu0C 3f3aS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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-Components
-Antibody , 2 types, 4 molecules LMHI
#2: Antibody | Mass: 23911.133 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Production host: Mus musculus (house mouse) #3: Antibody | Mass: 23575.381 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Production host: Mus musculus (house mouse) |
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-Protein / Sugars , 2 types, 7 molecules AB
#1: Protein | Mass: 58003.336 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: Y108F, K288A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Aquifex aeolicus (bacteria) / Gene: snf, aq_2077 / Plasmid: pET16b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): C41 / References: UniProt: O67854 #5: Sugar | ChemComp-SOG / |
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-Non-polymers , 2 types, 32 molecules
#4: Chemical | ChemComp-NA / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.17 Å3/Da / Density % sol: 70.49 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 40 mM Tris-HCl, 23-26% PEG550 MME, 50-100 mM sodium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.97918 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD |
Radiation | Monochromator: single crystal Si(220) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.099→50 Å / Num. all: 64779 / Num. obs: 57718 / % possible obs: 89.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 11.9 |
Reflection shell | Resolution: 3.099→3.21 Å / Redundancy: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.561 / Mean I/σ(I) obs: 1.92 / Num. unique all: 5864 / % possible all: 92 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3F3A Resolution: 3.099→40.169 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.35 / Phase error: 24.28 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.83 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 28.982 Å2 / ksol: 0.288 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 81 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.099→40.169 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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