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Yorodumi- PDB-3tt3: Crystal Structure of LeuT in the inward-open conformation in comp... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3tt3 | ||||||
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Title | Crystal Structure of LeuT in the inward-open conformation in complex with Fab | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSPORT PROTEIN / LeuT fold / transporter / plasma membrane | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Aquifex aeolicus (bacteria) Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.22 Å | ||||||
Authors | Krishnamurthy, H. / Gouaux, E. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2012 Title: X-ray structures of LeuT in substrate-free outward-open and apo inward-open states. Authors: Krishnamurthy, H. / Gouaux, E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3tt3.cif.gz | 381.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3tt3.ent.gz | 315.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3tt3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/3tt3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/3tt3 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3tt1C 3tu0C 1ejoS 1q9q 2a65S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 57909.273 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: Y268A, K288A, T354V, S355A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Aquifex aeolicus (bacteria) / Gene: snf, aq_2077 / Plasmid: pET16b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): C41 / References: UniProt: O67854 |
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#2: Antibody | Mass: 24208.594 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Production host: Mus musculus (house mouse) |
#3: Antibody | Mass: 23985.928 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Production host: Mus musculus (house mouse) |
#4: Sugar | ChemComp-SOG / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.36 Å3/Da / Density % sol: 63.41 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.6 Details: 100 mM HEPES, 0.1 M magnesium nitrate, 12-14% PEG1500, 1.5% w/v trimethylamine-N-oxide, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.97915 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD |
Radiation | Monochromator: single crystal Si(220) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97915 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.22→50 Å / Num. all: 23475 / Num. obs: 23381 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 99.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 17.78 |
Reflection shell | Resolution: 3.22→3.35 Å / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRIES 2A65, 1Q9Q, 1EJO Resolution: 3.22→35.576 Å / SU ML: 0.47 / σ(F): 0 / Phase error: 37.77 / Stereochemistry target values: ML Details: SIDE CHAIN ATOMS HAVE BEEN MODELED ONLY WHERE ELECTRON DENSITY IS AVAILABLE.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.83 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 55.588 Å2 / ksol: 0.287 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.22→35.576 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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