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万見
- PDB-7jv9: Human CD73 (ecto 5'-nucleotidase) in complex with compound 12 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jv9
タイトルHuman CD73 (ecto 5'-nucleotidase) in complex with compound 12
要素5'-nucleotidase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / 5'-NUCLEOTIDASE / HYDROLASE / PHOSPHATASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


thymidylate 5'-phosphatase / : / ADP catabolic process / 5'-deoxynucleotidase / 5'-deoxynucleotidase activity / 7-methylguanosine nucleotidase / adenosine biosynthetic process / inhibition of non-skeletal tissue mineralization / Pyrimidine catabolism / AMP catabolic process ...thymidylate 5'-phosphatase / : / ADP catabolic process / 5'-deoxynucleotidase / 5'-deoxynucleotidase activity / 7-methylguanosine nucleotidase / adenosine biosynthetic process / inhibition of non-skeletal tissue mineralization / Pyrimidine catabolism / AMP catabolic process / : / IMP-specific 5'-nucleotidase / : / Nicotinate metabolism / Purine catabolism / 5'-nucleotidase / 5'-nucleotidase activity / leukocyte cell-cell adhesion / DNA metabolic process / response to ATP / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / ATP metabolic process / calcium ion homeostasis / negative regulation of inflammatory response / external side of plasma membrane / nucleotide binding / cell surface / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
5'-nucleotidase signature 1. / 5'-nucleotidase; domain 2 / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase, conserved site / 5'-nucleotidase signature 2. / 5'-Nucleotidase, C-terminal / 5'-nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase/apyrase / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain superfamily / Metallo-dependent phosphatases ...5'-nucleotidase signature 1. / 5'-nucleotidase; domain 2 / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase, conserved site / 5'-nucleotidase signature 2. / 5'-Nucleotidase, C-terminal / 5'-nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase/apyrase / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain superfamily / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Chem-VPG / 5'-nucleotidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Gibbons, P. / Du, X.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Orally Bioavailable Small-Molecule CD73 Inhibitor (OP-5244) Reverses Immunosuppression through Blockade of Adenosine Production.
著者: Du, X. / Moore, J. / Blank, B.R. / Eksterowicz, J. / Sutimantanapi, D. / Yuen, N. / Metzger, T. / Chan, B. / Huang, T. / Chen, X. / Chen, Y. / Duong, F. / Kong, W. / Chang, J.H. / Sun, J. / ...著者: Du, X. / Moore, J. / Blank, B.R. / Eksterowicz, J. / Sutimantanapi, D. / Yuen, N. / Metzger, T. / Chan, B. / Huang, T. / Chen, X. / Chen, Y. / Duong, F. / Kong, W. / Chang, J.H. / Sun, J. / Zavorotinskaya, T. / Ye, Q. / Junttila, M.R. / Ndubaku, C. / Friedman, L.S. / Fantin, V.R. / Sun, D.
履歴
登録2020年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-nucleotidase
B: 5'-nucleotidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,62514
ポリマ－116,6112
非ポリマー2,01512
水99155
1
A: 5'-nucleotidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3137
ポリマ－58,3051
非ポリマー1,0076
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 5'-nucleotidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3137
ポリマ－58,3051
非ポリマー1,0076
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)231.933, 93.794, 54.922
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _ / Auth seq-ID: 25 - 549 / Label seq-ID: 1 - 525

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 5'-nucleotidase / 5'-NT / Ecto-5'-nucleotidase


分子量: 58305.348 Da / 分子数: 2 / 変異: N53D, N333D, N403D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NT5E, NT5, NTE / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P21589, 5'-nucleotidase
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 65分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-VPG / 6-chloro-N-[(2-chlorophenyl)methyl]-1-[5-O-(phosphonomethyl)-beta-D-ribofuranosyl]-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine


分子量: 520.260 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H20Cl2N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.39 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.25
詳細: 12.50 %w/v PEG 1500, 0.10M SPG (Succinic Acid, Sodium Dihydrogen Phosphate and Glycine) pH=4.25

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→115.97 Å / Num. obs: 31804 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 55.575 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rrim(I) all: 0.095 / Rsym value: 0.08 / Χ2: 1.144 / Net I/σ(I): 10.06
反射 シェル解像度: 2.7→2.95 Å / 冗長度: 3.3 % / Num. unique obs: 7483 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.518 / Rsym value: 0.439 / % possible all: 96.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6TVE

6tve


解像度: 2.7→115.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 33.488 / SU ML: 0.322 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.398 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2789 762 2.4 %RANDOM
Rwork0.2092 ---
obs0.2108 31041 93.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 149.35 Å2 / Biso mean: 57.627 Å2 / Biso min: 20.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.26 Å2-0 Å2-0 Å2
2--2.15 Å20 Å2
3----2.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→115.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8194 0 110 55 8359
Biso mean--68.03 37.73 -
残基数----1050
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0198332
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.027785
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.381.97311307
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.197317859
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.16351048
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.64824.674353
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.246151332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9541536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.21276
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0219460
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.021846
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 32109 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.04 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.521 61 -
Rwork0.449 2326 -
all-2387 -
obs--95.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5440.5985-0.68862.9343-0.80083.1967-0.1097-0.17440.14940.06840.0311-0.06980.1260.36820.07860.02910.02350.01790.0611-0.01950.089913.501-24.829-7.802
25.1001-0.91591.6872.7026-0.83845.6670.218-0.80230.15240.25070.0413-0.02220.6032-0.3-0.25940.1223-0.0837-0.05540.3131-0.03320.204146.005-26.543-4.631
33.2607-0.33440.21021.8587-0.10044.585-0.0720.10140.0722-0.11050.01010.05740.2691-0.38320.0620.0266-0.0275-0.01510.03730.0070.111897.955-26.056-19.89
44.81940.52770.80472.3519-0.08813.76280.17550.73510.2998-0.3126-0.08130.01040.39220.3205-0.09430.12010.1338-0.0440.31620.03740.211565.734-26.476-23.228
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A25 - 333
2X-RAY DIFFRACTION2A334 - 549
3X-RAY DIFFRACTION3B25 - 333
4X-RAY DIFFRACTION4B334 - 549

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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