+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3utt | ||||||
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Title | 1E6-A*0201-ALWGPDPAAA Complex, Triclinic | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / Major Histocompatibility Complex / Human Leukocyte antigen / Type I Diabetes / T cell Receptor | ||||||
Function / homology | Function and homology information negative regulation of NAD(P)H oxidase activity / negative regulation of glycogen catabolic process / regulation of cellular amino acid metabolic process / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / negative regulation of fatty acid metabolic process / Insulin processing / negative regulation of feeding behavior / regulation of protein secretion ...negative regulation of NAD(P)H oxidase activity / negative regulation of glycogen catabolic process / regulation of cellular amino acid metabolic process / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / negative regulation of fatty acid metabolic process / Insulin processing / negative regulation of feeding behavior / regulation of protein secretion / positive regulation of peptide hormone secretion / Regulation of gene expression in beta cells / positive regulation of respiratory burst / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / positive regulation of dendritic spine maintenance / alpha-beta T cell activation / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / negative regulation of acute inflammatory response / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / Golgi medial cisterna / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / negative regulation of protein secretion / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / fatty acid homeostasis / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / positive regulation of glycogen biosynthetic process / positive regulation of lipid biosynthetic process / Signal attenuation / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / negative regulation of gluconeogenesis / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / endoplasmic reticulum exit site / regulation of protein localization to plasma membrane / beta-2-microglobulin binding / COPI-mediated anterograde transport / negative regulation of lipid catabolic process / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / TAP binding / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / transport vesicle / positive regulation of protein autophosphorylation / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / Insulin receptor recycling / insulin-like growth factor receptor binding / NPAS4 regulates expression of target genes / positive regulation of protein metabolic process / neuron projection maintenance / detection of bacterium / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of brown fat cell differentiation / activation of protein kinase B activity / T cell receptor binding / positive regulation of glycolytic process / Insulin receptor signalling cascade / positive regulation of mitotic nuclear division / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / early endosome lumen / positive regulation of receptor binding / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / Regulation of insulin secretion / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / positive regulation of long-term synaptic potentiation / endosome lumen / positive regulation of cytokine production / acute-phase response / positive regulation of protein secretion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / regulation of transmembrane transporter activity / positive regulation of cell differentiation / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / positive regulation of glucose import / negative regulation of proteolysis / regulation of synaptic plasticity / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / wound healing / negative regulation of forebrain neuron differentiation / insulin receptor binding / ER to Golgi transport vesicle membrane / response to molecule of bacterial origin / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / negative regulation of protein catabolic process / MHC class I peptide loading complex / positive regulation of neuron projection development / hormone activity / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6 Å | ||||||
Authors | Rizkallah, P.J. / Cole, D.K. / Sewell, A.K. / Bulek, A.M. / Rossjohn, J. / Gras, S. | ||||||
Citation | Journal: Nat.Immunol. / Year: 2012 Title: Structural basis for the killing of human beta cells by CD8(+) T cells in type 1 diabetes. Authors: Bulek, A.M. / Cole, D.K. / Skowera, A. / Dolton, G. / Gras, S. / Madura, F. / Fuller, A. / Miles, J.J. / Gostick, E. / Price, D.A. / Drijfhout, J.W. / Knight, R.R. / Huang, G.C. / Lissin, N. ...Authors: Bulek, A.M. / Cole, D.K. / Skowera, A. / Dolton, G. / Gras, S. / Madura, F. / Fuller, A. / Miles, J.J. / Gostick, E. / Price, D.A. / Drijfhout, J.W. / Knight, R.R. / Huang, G.C. / Lissin, N. / Molloy, P.E. / Wooldridge, L. / Jakobsen, B.K. / Rossjohn, J. / Peakman, M. / Rizkallah, P.J. / Sewell, A.K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3utt.cif.gz | 682.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3utt.ent.gz | 581.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3utt.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ut/3utt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ut/3utt | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 4 types, 8 molecules AFBGDIEJ
#1: Protein | Mass: 31854.203 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 25-299 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: HLA-A, HLAA / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta DE3 / References: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS #2: Protein | Mass: 11879.356 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 21-119 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta DE3 / References: UniProt: P61769 #4: Protein | Mass: 22386.768 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta DE3 #5: Protein | Mass: 27911.346 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta DE3 |
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-Protein/peptide / Non-polymers , 2 types, 153 molecules CH
#3: Protein/peptide | Mass: 968.063 Da / Num. of mol.: 2 Fragment: Pre-pro-insulin Derived Peptide (UNP residues 15-24) Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Homo sapiens (human) / References: UniProt: P01308 #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.55 Å3/Da / Density % sol: 51.8 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion / pH: 6.5 Details: 20% w/v PEG3350, 0.2 M sodium citrate, 0.1 M Bis-tris propane, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.9778 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 25, 2011 / Details: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9778 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.579→47.925 Å / Num. all: 61204 / Num. obs: 61204 / % possible obs: 97.2 % / Redundancy: 2.2 % / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 6.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6→29.336 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.44 / SU ML: 0.39 / σ(F): 0.01 / Phase error: 31.2 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 30.396 Å2 / ksol: 0.329 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 271.66 Å2 / Biso mean: 61.3677 Å2 / Biso min: 6.6 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→29.336 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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