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- PDB-5hyj: 1E6 TCR in Complex with HLA-A02 carrying AQWGPDPAAA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hyj
タイトル1E6 TCR in Complex with HLA-A02 carrying AQWGPDPAAA
要素
  • (Human T-cell Receptor, Class I, ...) x 2
  • ALA-GLN-TRP-GLY-PRO-ASP-PRO-ALA-ALA-ALA
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / IMMUNO / HLA-A02 / 1E6-TCR / Cross-reactivity
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of memory T cell activation / negative regulation of NAD(P)H oxidase activity / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / T cell receptor complex / negative regulation of glycogen catabolic process ...positive regulation of memory T cell activation / negative regulation of NAD(P)H oxidase activity / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / T cell receptor complex / negative regulation of glycogen catabolic process / CD8 receptor binding / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / negative regulation of fatty acid metabolic process / Signaling by Insulin receptor / negative regulation of feeding behavior / IRS activation / Insulin processing / regulation of protein secretion / positive regulation of peptide hormone secretion / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / positive regulation of respiratory burst / Regulation of gene expression in beta cells / negative regulation of acute inflammatory response / endoplasmic reticulum exit site / positive regulation of protein autophosphorylation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / alpha-beta T cell activation / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / positive regulation of dendritic spine maintenance / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / negative regulation of protein secretion / negative regulation of gluconeogenesis / positive regulation of glycogen biosynthetic process / Signal attenuation / fatty acid homeostasis / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / negative regulation of lipid catabolic process / detection of bacterium / T cell receptor binding / regulation of protein localization to plasma membrane / positive regulation of lipid biosynthetic process / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / activation of protein kinase B activity / COPI-mediated anterograde transport / transport vesicle / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / Insulin receptor recycling / insulin-like growth factor receptor binding / positive regulation of brown fat cell differentiation / NPAS4 regulates expression of target genes / neuron projection maintenance / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / positive regulation of mitotic nuclear division / Insulin receptor signalling cascade / regulation of transmembrane transporter activity / : / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / positive regulation of glycolytic process / positive regulation of long-term synaptic potentiation / positive regulation of cytokine production / endosome lumen / acute-phase response / cellular response to iron ion / positive regulation of D-glucose import / positive regulation of protein secretion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / positive regulation of cell differentiation / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Regulation of insulin secretion / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / insulin receptor binding / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / wound healing / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / negative regulation of protein catabolic process / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I
類似検索 - 分子機能
: / : / Insulin / Insulin family / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like superfamily ...: / : / Insulin / Insulin family / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like superfamily / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Immunoglobulin V-Type / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-set domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T cell receptor alpha variable 12-3 / T cell receptor beta variable 12-4 / Insulin / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Rizkallah, P.J. / Bulek, A.M. / Cole, D.K. / Sewell, A.K.
引用ジャーナル: J.Clin.Invest. / 年: 2016
タイトル: A "hotspot" for autoimmune T cells in type 1 diabetes.
著者: Stadinski, B.D. / Obst, R. / Huseby, E.S.
履歴
登録2016年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月25日Group: Database references
改定 1.22016年6月8日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: ALA-GLN-TRP-GLY-PRO-ASP-PRO-ALA-ALA-ALA
D: Human T-cell Receptor, Class I, Light alpha Chain
E: Human T-cell Receptor, Class I, Heavy beta Chain
F: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
G: Beta-2-microglobulin
H: ALA-GLN-TRP-GLY-PRO-ASP-PRO-ALA-ALA-ALA
I: Human T-cell Receptor, Class I, Light alpha Chain
J: Human T-cell Receptor, Class I, Heavy beta Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,06410
ポリマ－189,06410
非ポリマー00
水1,47782
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: ALA-GLN-TRP-GLY-PRO-ASP-PRO-ALA-ALA-ALA
D: Human T-cell Receptor, Class I, Light alpha Chain
E: Human T-cell Receptor, Class I, Heavy beta Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,5325
ポリマ－94,5325
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
G: Beta-2-microglobulin
H: ALA-GLN-TRP-GLY-PRO-ASP-PRO-ALA-ALA-ALA
I: Human T-cell Receptor, Class I, Light alpha Chain
J: Human T-cell Receptor, Class I, Heavy beta Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,5325
ポリマ－94,5325
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.440, 97.310, 121.370
Angle α, β, γ (deg.)97.290, 97.660, 92.730
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21F
12B
22G
13D
23I
14E
24J

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYPROPROAA1 - 2761 - 276
21GLYGLYPROPROFF1 - 2761 - 276
12METMETMETMETBB0 - 991 - 100
22METMETMETMETGG0 - 991 - 100
13LYSLYSPROPRODD2 - 1941 - 193
23LYSLYSPROPROII2 - 1941 - 193
14ASPASPASPASPEE1 - 2461 - 246
24ASPASPASPASPJJ1 - 2461 - 246

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 AFBG

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain / MHC class I antigen A*2


分子量: 31951.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769

-
Human T-cell Receptor, Class I, ... , 2種, 4分子 DIEJ

#4: タンパク質 Human T-cell Receptor, Class I, Light alpha Chain


分子量: 21692.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B4J271*PLUS
#5: タンパク質 Human T-cell Receptor, Class I, Heavy beta Chain


分子量: 28026.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B4J2E0*PLUS

-
タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 84分子 CH

#3: タンパク質・ペプチド ALA-GLN-TRP-GLY-PRO-ASP-PRO-ALA-ALA-ALA


分子量: 983.034 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Occurs in humans / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01308*PLUS
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.56 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M sodium citrate, 0.1M BIS TRIS propane pH6.5, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91731 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91731 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.06→38.63 Å / Num. obs: 34039 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 3.06→3.14 Å / Rmerge(I) obs: 0.27

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3UTQ, 3UTP

3utq

3utp


解像度: 3.06→38.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.821 / SU B: 67.35 / SU ML: 0.552 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.594
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2935 1726 5.1 %RANDOM
Rwork0.2117 ---
obs0.2159 32310 97.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 187.1 Å2 / Biso mean: 72.831 Å2 / Biso min: 21.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.01 Å2-0.1 Å25.69 Å2
2--1.14 Å23.09 Å2
3----4.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.06→38.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13310 0 0 82 13392
Biso mean---44.37 -
残基数----1650
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.01913686
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0212332
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0241.9318574
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.507328418
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.39551640
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.17723.704702
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.968152220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.85415102
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.21922
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02115616
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.023354
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9793.5636590
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9753.5616589
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4195.3348220
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A300300.11
12F300300.11
21B114440.1
22G114440.1
31D192200.14
32I192200.14
41E277800.1
42J277800.1
LS精密化 シェル解像度: 3.063→3.142 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 130 -
Rwork0.275 2413 -
all-2543 -
obs--97.55 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.889-1.3946-0.33814.20760.5562.04990.0082-0.1627-0.0033-0.18690.018-0.2857-0.03720.1834-0.02610.22940.0046-0.0860.158-0.11960.184626.8812-47.336391.3907
24.74410.36052.6224.1663-2.7728.17590.2192-0.4433-0.0810.4926-0.0986-0.37620.7544-0.0051-0.12070.6909-0.0188-0.14150.3772-0.26630.280920.8744-54.0802126.0839
37.26311.3945-4.08072.7206-1.96054.3845-0.3073-0.0938-0.4995-0.11720.0136-0.23630.3119-0.00370.29370.3566-0.0233-0.12180.1833-0.12440.215116.3763-66.3524107.4447
42.35742.081-3.38296.8103-4.87916.9650.1105-0.07370.16890.4573-0.1054-0.0788-0.41410.3878-0.0050.33880.0262-0.08890.1958-0.15820.27526.7447-24.666767.3247
56.39915.14480.84026.03180.43443.36390.07160.29870.8366-0.48710.16920.588-0.3712-0.3489-0.24080.61260.1862-0.04010.5895-0.05620.581223.8536-16.573434.4379
67.7670.17654.22112.8598-0.15456.74360.06950.121-0.40840.019-0.0243-0.0938-0.0151-0.0329-0.04520.0771-0.04220.04110.1453-0.17340.221520.8826-45.594862.6737
78.50144.1108-4.69684.3554-2.43645.6185-0.26760.50160.449-0.25730.40090.54840.1054-0.6628-0.13320.2270.0445-0.14030.3769-0.15270.215523.8201-33.391435.1737
83.0140.96520.65573.03610.59431.81640.0490.0899-0.2386-0.04850.0188-0.10110.32290.1758-0.06780.07450.0601-0.0390.105-0.11480.149828.480921.234744.5745
98.6942-1.7228-4.34271.6025-1.55217.76940.81540.62830.7473-0.486-0.271-0.1408-0.52120.2829-0.54440.7371-0.06520.09510.3522-0.21490.342832.167128.020310.0936
102.6749-0.68613.43182.468-1.18837.1148-0.2380.01920.0619-0.06270.0834-0.0371-0.409-0.39580.15460.12870.0343-0.06840.1672-0.12540.14622.414240.299826.373
111.0748-1.60072.92088.5919-4.15827.95030.020.0778-0.00170.1562-0.0077-0.10990.11840.2026-0.01240.3766-0.0518-0.04920.1912-0.17340.189524.9136-1.286868.2342
124.8659-0.7177-1.08295.058-0.31975.4511-0.3106-0.3112-0.53210.07630.0810.54110.1552-0.27440.22961.2053-0.0627-0.09390.6554-0.1420.784915.1007-10.392399.2167
137.44980.3044-3.24314.2412-1.56656.82550.08820.10280.56220.37580.090.3267-0.2539-0.6629-0.17810.36770.0447-0.12090.1742-0.11050.22615.798618.642271.1447
145.9233-2.54692.39933.9877-1.26583.99730.08660.0222-0.35370.00370.10430.36720.564-0.1606-0.19090.6834-0.0890.0820.5108-0.29070.225412.86246.083998.5686
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 180
2X-RAY DIFFRACTION1C1 - 10
3X-RAY DIFFRACTION2A181 - 276
4X-RAY DIFFRACTION3B0 - 99
5X-RAY DIFFRACTION4D3 - 110
6X-RAY DIFFRACTION5D115 - 200
7X-RAY DIFFRACTION6E1 - 110
8X-RAY DIFFRACTION7E115 - 241
9X-RAY DIFFRACTION8F1 - 180
10X-RAY DIFFRACTION8H1 - 10
11X-RAY DIFFRACTION9F181 - 276
12X-RAY DIFFRACTION10G0 - 99
13X-RAY DIFFRACTION11I3 - 110
14X-RAY DIFFRACTION12I115 - 200
15X-RAY DIFFRACTION13J1 - 110
16X-RAY DIFFRACTION14J115 - 241

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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