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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3g91 | ||||||
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タイトル | 1.2 Angstrom structure of the exonuclease III homologue Mth0212 | ||||||
![]() | Exodeoxyribonuclease | ||||||
![]() | HYDROLASE / double-strand specific 3'-5' exonuclease / AP endonuclease / 2'-desoxyuridine endonuclease | ||||||
機能・相同性 | ![]() double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / exodeoxyribonuclease III / phosphoric diester hydrolase activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / base-excision repair / endonuclease activity / DNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lakomek, K. / Dickmanns, A. / Ficner, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure Analysis of DNA Uridine Endonuclease Mth212 Bound to DNA 著者: Lakomek, K. / Dickmanns, A. / Ciirdaeva, E. / Schomacher, L. / Ficner, R. #1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2006 タイトル: The Methanothermobacter thermautotrophicus ExoIII homologue Mth212 is a DNA uridine endonuclease 著者: Georg, J. / Schomacher, L. / Chong, J.P.J. / Majernik, A.I. / Raabe, M. / Urlaub, H. / Muller, S. / Ciirdaeva, E. / Kramer, W. / Fritz, H.-J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 153.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 117.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 461.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 474.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3fziSC ![]() 3g00C ![]() 3g0aC ![]() 3g0rC ![]() 3g1kC ![]() 3g2cC ![]() 3g2dC ![]() 3g38C ![]() 3g3cC ![]() 3g3yC ![]() 3g4tC ![]() 3g8vC ![]() 3ga6C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 31372.549 Da / 分子数: 1 / 変異: T2A, K116A / 由来タイプ: 組換発現 詳細: strain used for expression lacks the gene ung coding for a uracil DNA glycosylase 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: Delta H (DSM 1053) / 遺伝子: mth0212, MTH212, MTH_212 / プラスミド: pET_B_001-mth212 (K116A) / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 438分子 ![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
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#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#5: 化合物 | ChemComp-PEG / |
#6: 化合物 | ChemComp-PG4 / |
#7: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: reservoir solution: 20% (v/v) MPD, 40mM MgAc, 50mM sodium cacodylate pH 6.0; protein solution: 180mM KCl, 10mM KH2PO4/K2HPO4 pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91841 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.23→18 Å / Num. obs: 73200 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 15.044 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.029 / Net I/σ(I): 28.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.23→1.27 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.131 / Mean I/σ(I) obs: 9 / Num. measured obs: 23038 / Num. unique all: 6790 / Num. unique obs: 6297 / % possible all: 92.7 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3FZI 解像度: 1.23→9.99 Å / Num. parameters: 24979 / Num. restraintsaints: 32073 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER / 詳細: anisotropic factor was used in refinement
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原子変位パラメータ | Biso max: 153.29 Å2 / Biso mean: 20.046 Å2 / Biso min: 3.27 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 29 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 2606.71 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.23→9.99 Å
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拘束条件 |
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