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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fzi | ||||||
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タイトル | 1.9 Angstrom structure of the thermophilic exonuclease III homologue Mth0212 | ||||||
![]() | Exodeoxyribonuclease | ||||||
![]() | HYDROLASE / alpha/beta-sandwich / double-strand specific 3'-5' exonuclease / AP endonuclease / 2'-deoxyuridine endonuclease | ||||||
機能・相同性 | ![]() double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / exodeoxyribonuclease III / phosphoric diester hydrolase activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / base-excision repair / endonuclease activity / DNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lakomek, K. / Dickmanns, A. / Ficner, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure Analysis of DNA Uridine Endonuclease Mth212 Bound to DNA 著者: Lakomek, K. / Dickmanns, A. / Ciirdaeva, E. / Schomacher, L. / Ficner, R. #1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2006 タイトル: The Methanothermobacter thermautotrophicus ExoIII homologue Mth212 is a DNA uridine endonuclease 著者: Georg, J. / Schomacher, L. / Chong, J.P.J. / Majernik, A.I. / Raabe, M. / Urlaub, H. / Muller, S. / Ciirdaeva, E. / Kramer, W. / Fritz, H.-J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 75.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 54.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 431.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 434.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3g00C ![]() 3g0aC ![]() 3g0rC ![]() 3g1kC ![]() 3g2cC ![]() 3g2dC ![]() 3g38C ![]() 3g3cC ![]() 3g3yC ![]() 3g4tC ![]() 3g8vC ![]() 3g91C ![]() 3ga6C ![]() 1de9S C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31430.650 Da / 分子数: 1 / 変異: T2A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: lacking the gene "ung" 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: Delta H (DSM 1053) / 遺伝子: mth0212, MTH212, MTH_212 / プラスミド: pET_B_001-mth212 (WT) / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.13 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: reservoir: 20 % PEG 1500, 100mM HEPES pH 7.5; protein solution: 600mM NaCl, 20mM HEPES-KOH pH 7.6, 2mM DTT, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月28日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.8015 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 22592 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Χ2: 1.044 / Net I/σ(I): 36.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1DE9 解像度: 1.9→48.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / WRfactor Rfree: 0.248 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.99 / FOM work R set: 0.772 / SU B: 4.696 / SU ML: 0.137 / SU R Cruickshank DPI: 0.176 / SU Rfree: 0.173 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 61.79 Å2 / Biso mean: 28.644 Å2 / Biso min: 13.59 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→48.51 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.899→1.948 Å / Total num. of bins used: 20
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