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- PDB-2voa: Structure of an AP Endonuclease from Archaeoglobus fulgidus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2voa
タイトルStructure of an AP Endonuclease from Archaeoglobus fulgidus
要素
  • 5'-D(*CP*GP*GP*CP*TP*AP*CP*CP*GP*CP)-3'
  • 5'-D(*GP*CP*GP*GP*TP*AP*GP*CP*CP*GP)-3'
  • EXODEOXYRIBONUCLEASE III
キーワードLYASE / EXOIII / AP ENDONUCLEASE / ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS
機能・相同性
機能・相同性情報


double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / endonuclease activity / DNA repair / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Exodeoxyribonuclease III-like / AP endonuclease 1, binding site / AP endonucleases family 1 signature 1. / AP endonuclease 1 / AP endonucleases family 1 profile. / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily ...Exodeoxyribonuclease III-like / AP endonuclease 1, binding site / AP endonucleases family 1 signature 1. / AP endonuclease 1 / AP endonucleases family 1 profile. / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Exodeoxyribonuclease III (XthA)
類似検索 - 構成要素
生物種ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Kuettner, E.B. / Schmiedel, R. / Greiner-Stoffele, T. / Strater, N.
引用
ジャーナル: DNA Repair / 年: 2009
タイトル: Structure and Function of the Abasic Site Specificity Pocket of an Ap Endonuclease from Archaeoglobus Fulgidus.
著者: Schmiedel, R. / Kuettner, E.B. / Keim, A. / Strater, N. / Greiner-Stoffele, T.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2006
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Characterization of Two Thermostable DNA Nucleases
著者: Kuettner, E.B. / Pfeifer, S. / Keim, A. / Greiner-Stoffele, T. / Strater, N.
履歴
登録2008年2月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_biol / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval ..._exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42019年5月29日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.52021年9月1日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_sheet_hbond / struct_conf / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id / _struct_sheet.id / _struct_sheet_order.sheet_id / _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.beg_label_comp_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_comp_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_comp_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id / _struct_sheet_range.sheet_id
改定 1.62023年12月13日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EXODEOXYRIBONUCLEASE III
B: EXODEOXYRIBONUCLEASE III
C: 5'-D(*GP*CP*GP*GP*TP*AP*GP*CP*CP*GP)-3'
D: 5'-D(*CP*GP*GP*CP*TP*AP*CP*CP*GP*CP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,7124
ポリマ－65,7124
非ポリマー00
水3,963220
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3440 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area24600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.786, 60.817, 72.349
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.22, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 EXODEOXYRIBONUCLEASE III / AF_EXO / XTHA


分子量: 29810.215 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌) / 解説: DSM4304 / プラスミド: PET28 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ORIGAMI B(DE3)-RIL
参照: UniProt: O29675, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*GP*GP*TP*AP*GP*CP*CP*GP)-3'


分子量: 3086.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*GP*CP*TP*AP*CP*CP*GP*CP)-3'


分子量: 3005.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, VAL 217 TO GLY ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, VAL 217 TO GLY
配列の詳細V217G

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.67 % / 解説: NONE
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: HANGING-DROP METHOD AT 292 K WITH 1 MICROLITER OF RESERVOIR AND PROTEIN SOLUTION EACH. TRIS-HCL PH 8.5. PROTEIN: 17 MG/ML AF_EXO, 0.53 MM DS-DNA, 9 MM MES-NAOH PH 6, 0.28 M NACL.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9537
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月10日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI-111 CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 64871 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 29.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 24.5
反射 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AKO

1ako


解像度: 1.7→29.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 4.57 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DISORDERED 5'-END PHOSPHATES OF DNA WERE NOT MODELED. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 1314 2 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.198 63550 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.56 Å20 Å20.17 Å2
2---1.32 Å20 Å2
3---1.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4204 404 0 220 4828
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0224787
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3982.076570
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9585516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.46923.146213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.1215762
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1441537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2704
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023533
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.22033
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.23230
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0950.2258
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1620.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1150.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6751.52651
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.04324207
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.74132556
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6734.52363
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.466 100
Rwork0.378 4639
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.35390.4192-0.32351.4669-0.12181.60460.0999-0.09290.0460.0666-0.0282-0.0033-0.01610.049-0.0717-0.1416-0.0147-0.007-0.1525-0.0069-0.12532.3288-0.396214.5146
21.9263-0.08520.64263.40860.7542.3797-0.0439-0.19420.14830.25980.0572-0.04290.08890.0297-0.0133-0.1130.02870.0211-0.0716-0.0004-0.0529-0.055-2.6433-20.2867
32.41360.72442.69032.73333.77896.50810.2441-0.5903-0.35670.5286-0.16360.12920.618-0.5516-0.08050.0973-0.0766-0.03520.10520.04010.054140.6327-3.295740.9635
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 257
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 257
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 10
4X-RAY DIFFRACTION3D1 - 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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