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- PDB-2we6: Crystal Structure of Plasmodium falciparum Ubiquitin Carboxyl- te... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2we6
タイトルCrystal Structure of Plasmodium falciparum Ubiquitin Carboxyl- terminal Hydrolase 3 (UCHL3)
要素UBIQUITIN CARBOXYL-TERMINAL HYDROLASE L3
キーワードHYDROLASE / CYSTEIN PROTEINASE / DENEDDYLATING ENZYME / UBIQUITIN ISOPEPTIDASE / DEUBIQUITINATING ENZYME / PEPTIDASE_C12 / UCH-L SUPERFAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / UCH proteinases / Neddylation / deNEDDylase activity / protein deneddylation / protein deubiquitination / ubiquitin ligase complex / ubiquitin binding / protein catabolic process / ubiquitin-dependent protein catabolic process ...Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / UCH proteinases / Neddylation / deNEDDylase activity / protein deneddylation / protein deubiquitination / ubiquitin ligase complex / ubiquitin binding / protein catabolic process / ubiquitin-dependent protein catabolic process / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase, domain 1 / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase, domain 2 / Peptidase C12, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase superfamily / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase, family 1 / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase (UCH) catalytic domain profile. / Peptidase C12, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1 / Dna Ligase; domain 1 / Papain-like cysteine peptidase superfamily / 2-Layer Sandwich ...Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase, domain 1 / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase, domain 2 / Peptidase C12, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase superfamily / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase, family 1 / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase (UCH) catalytic domain profile. / Peptidase C12, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1 / Dna Ligase; domain 1 / Papain-like cysteine peptidase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase UCHL3
類似検索 - 構成要素
生物種PLASMODIUM FALCIPARUM (マラリア病原虫)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Weihofen, W.A. / Artavanis-Tsakonas, K. / Gaudet, R. / Ploegh, H.L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Characterization and Structural Studies of the Plasmodium Falciparum Ubiquitin and Nedd8 Hydrolase Uchl3.
著者: Artavanis-Tsakonas, K. / Weihofen, W.A. / Antos, J.M. / Coleman, B.I. / Comeaux, C.A. / Duraisingh, M.T. / Gaudet, R. / Ploegh, H.L.
履歴
登録2009年3月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UBIQUITIN CARBOXYL-TERMINAL HYDROLASE L3
B: UBIQUITIN CARBOXYL-TERMINAL HYDROLASE L3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8612
ポリマ－53,8612
非ポリマー00
水2,216123
1
A: UBIQUITIN CARBOXYL-TERMINAL HYDROLASE L3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9301
ポリマ－26,9301
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: UBIQUITIN CARBOXYL-TERMINAL HYDROLASE L3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9301
ポリマ－26,9301
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)168.343, 44.979, 99.534
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 121.79, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 UBIQUITIN CARBOXYL-TERMINAL HYDROLASE L3 / UCHL3 / UCH-L3 / UBIQUITIN THIOLESTERASE


分子量: 26930.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PLASMODIUM FALCIPARUM (マラリア病原虫)
株: CLONE 3D7 / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8IKM8*PLUS, ubiquitinyl hydrolase 1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細CDNA OF PLASMODIUM FALCIPARUM UCHL3 WAS GENERATED AS DESCRIBED IN FRICKEL ET AL., CELL. MICROBIOL. ...CDNA OF PLASMODIUM FALCIPARUM UCHL3 WAS GENERATED AS DESCRIBED IN FRICKEL ET AL., CELL. MICROBIOL. 2007, 9, 1601-10. SEQUENCE DIFFERS FROM THE UCHL3 SEQUENCE ANNOTATED IN THE PLASMODIUM DATABASE (PLASMODB ENTRY PF14- 0576).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 % / 解説: NONE
結晶化pH: 9
詳細: 100 MM BICINE PH 9.0, 300 MM MGCL2, 25% PEG 2000, 15% GLYCEROL

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5417
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年9月20日 / 詳細: OSMIC MIRRORS
放射モノクロメーター: OSMIC MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5417 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→30 Å / Num. obs: 24494 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.42→2.46 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.4.0066精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WDT

2wdt


解像度: 2.42→28.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 15.849 / SU ML: 0.185 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.327 / ESU R Free: 0.239 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 1-4, 59-74 AND 229-232 OF CHAIN A ARE DISORDERED. RESIDUES 1-3, 59-75 AND 228-232 OF CHAIN B ARE DISORDERED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 1024 4.2 %RANDOM
Rwork0.218 ---
obs0.219 23466 99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: SIMPLE SCALING
原子変位パラメータBiso mean: 35.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.32 Å20 Å20.25 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.42→28.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3394 0 0 123 3517
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0223470
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022332
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.281.954693
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87235712
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0285411
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.21425.767189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.715611
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9891510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2509
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023853
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02685
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4041.52067
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.74423357
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.18131403
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.844.51336
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.42→2.48 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 72 -
Rwork0.302 1642 -
obs--94.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
113.81470.447-4.70782.30434.22719.9802-0.0563-1.3387-0.01190.5873-0.2631-0.47480.9830.83340.31940.01430.0435-0.1660.18570.0132-0.05612.202-22.774-32.988
21.3097-2.4026-2.569713.9612-1.51029.0969-0.175-0.14730.2065-0.0291-0.1228-0.9812-1.15090.6760.2977-0.1533-0.0363-0.04430.0154-0.0516-0.043210.836-16.356-47.383
34.3354-0.51220.04627.16640.88912.33460.0393-0.09820.6146-0.020.07260.0621-0.25830.075-0.1119-0.1320.008-0.0914-0.12860.0268-0.0836-0.162-11.176-46.794
46.4521-1.7429-1.60393.1535-1.28444.3176-0.0759-0.4142-0.48120.2010.20480.23190.18390.019-0.129-0.13260.0457-0.069-0.25330-0.1018-2.63-19.856-38.367
56.0132-0.5514-3.34750.818-1.91669.8510.0277-0.2597-0.7902-0.1120.09550.59820.5671-0.4401-0.1232-0.08340.0189-0.058-0.21470.07840.1249-6.503-29.914-40.987
612.6637-6.5365-2.43553.88094.138416.8407-0.2526-0.74170.14580.44370.6740.1910.5368-0.0303-0.42140.0105-0.0095-0.0079-0.08730.13590.0461-3.609-26.719-29.544
715.12490.514-2.96242.26161.06593.7972-0.2218-0.7861-1.29110.2679-0.0715-0.12850.62720.760.2933-0.04240.0928-0.0699-0.04330.0706-0.00867.665-29.644-37.397
89.8831.795111.11415.8258-0.180713.3782-0.6926-0.45410.050.305-0.1867-0.3784-1.17090.13940.8793-0.04340.105-0.07380.25750.13430.088519.804-18.57-35.636
91.7891-1.5504-1.91838.1538-2.56744.6839-0.18-0.27780.50890.21290.0682-0.0007-0.13270.05890.1118-0.08940.0525-0.0767-0.2258-0.0317-0.0614-4.086-10.414-38.508
105.4216-2.66870.21456.5701-0.8615.8113-0.1344-0.46820.6630.64430.2726-0.0905-0.8842-0.2603-0.1382-0.08480.0327-0.0753-0.2031-0.02170.0902-6.662-4.365-39.754
115.7351-3.6855-4.266512.3185-0.48754.22190.5041-0.35861.32531.0648-0.1546-1.9182-0.57141.9197-0.34950.5025-0.0507-0.20020.4777-0.19940.59226.1932.355-34.741
126.8752.96431.036717.18515.893810.23060.19510.19640.4580.68310.217-0.912-0.1740.9451-0.4121-0.11230.0458-0.0043-0.13150.1-0.01984.522-8.577-46.933
1312.5079-2.14053.42350.96412.105513.05460.2724-0.10260.60440.5302-0.2732-0.4159-0.75871.41950.0008-0.05830.0387-0.07760.0854-0.029-0.053427.767-22.045-60.702
1414.4996-3.9632-2.558110.35963.61631.36860.0372-0.4603-1.10250.6196-0.154-0.04480.83380.14090.11680.03820.0381-0.05580.01060-0.165813.39-28.095-57.471
152.3640.52960.91128.61412.48395.13360.071-0.2084-0.24090.07020.03910.25220.6966-0.0036-0.1101-0.0644-0.0371-0.1338-0.14960.0137-0.120910.243-33.296-67.568
166.36341.3787-0.52914.16811.91816.4493-0.14240.28330.3686-0.27640.09470.0018-0.1110.18210.0476-0.0749-0.0192-0.1158-0.2742-0.0091-0.186118.019-24.94-73.116
177.19120.8062-5.5122.79123.386710.1629-0.07220.52170.8357-0.56920.04580.3194-0.7887-0.07350.02640.0954-0.0512-0.16-0.21060.0518-0.05414.423-14.784-76.128
1813.1041-4.1594-5.68367.22115.738912.00580.25450.28380.5185-0.32390.1569-0.3189-0.19870.6493-0.41140.018-0.0917-0.0317-0.01860.0531-0.062526.29-18.283-76.875
190.23740.39551.37556.2727-3.380313.70270.0263-0.63830.3717-0.3243-0.0926-0.2743-1.10840.96280.0663-0.0517-0.0802-0.1092-0.0302-0.0436-0.050522.251-15.152-63.626
2012.4983-2.64483.64876.2206-3.12142.0402-0.0008-0.1578-1.34460.46470.016-0.62630.1610.2033-0.01520.067-0.1411-0.1540.2977-0.03090.022127.387-26.365-52.222
218.47574.85022.17077.90356.10526.09530.35660.1702-0.1446-0.0419-0.0821-0.17340.72980.2398-0.2745-0.02930.0004-0.0766-0.2644-0.0073-0.104917.381-34.228-74.427
224.97621.84370.63386.58940.8244.0110.46330.4633-1.0318-0.1830.0298-0.41280.75580.4141-0.49320.160.0139-0.189-0.1732-0.0667-0.038315.333-40.406-76.415
2312.8984-4.1703-0.47297.22663.396312.7484-0.0811-1.1238-0.5330.6102-0.4654-0.81711.65441.14660.54650.53270.1012-0.09770.267-0.01480.496924.031-47.35-66.668
2415.7238-5.7050.92439.1088-1.26165.1165-0.1375-0.9642-0.77070.16780.3919-0.21870.37560.0764-0.2544-0.006-0.096-0.0295-0.0692-0.02-0.038311.99-36.196-63.883
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 9
2X-RAY DIFFRACTION2A10 - 16
3X-RAY DIFFRACTION3A17 - 80
4X-RAY DIFFRACTION4A81 - 108
5X-RAY DIFFRACTION5A109 - 128
6X-RAY DIFFRACTION6A129 - 135
7X-RAY DIFFRACTION7A136 - 147
8X-RAY DIFFRACTION8A148 - 161
9X-RAY DIFFRACTION9A162 - 180
10X-RAY DIFFRACTION10A181 - 206
11X-RAY DIFFRACTION11A207 - 216
12X-RAY DIFFRACTION12A217 - 226
13X-RAY DIFFRACTION13B5 - 9
14X-RAY DIFFRACTION14B10 - 16
15X-RAY DIFFRACTION15B17 - 80
16X-RAY DIFFRACTION16B81 - 108
17X-RAY DIFFRACTION17B109 - 128
18X-RAY DIFFRACTION18B129 - 135
19X-RAY DIFFRACTION19B136 - 147
20X-RAY DIFFRACTION20B148 - 161
21X-RAY DIFFRACTION21B162 - 180
22X-RAY DIFFRACTION22B181 - 206
23X-RAY DIFFRACTION23B207 - 216
24X-RAY DIFFRACTION24B217 - 226

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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