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- PDB-5inn: Mouse Tdp2 D358N protein, apo state with increased disorder among... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5inn
タイトルMouse Tdp2 D358N protein, apo state with increased disorder amongst variable DNA-binding grasp conformations
要素Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2
キーワードHYDROLASE / dna repair / endonuclease/exonuclease/phosphatase (EEP) domain
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosyl-RNA phosphodiesterase activity / 5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / phosphoric diester hydrolase activity / aggresome / neuron development / PML body / double-strand break repair / single-stranded DNA binding ...tyrosyl-RNA phosphodiesterase activity / 5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / phosphoric diester hydrolase activity / aggresome / neuron development / PML body / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / manganese ion binding / endonuclease activity / nucleolus / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Schellenberg, M.J. / Appel, C.D. / Williams, R.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)1Z01ES102765 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / : 2016
タイトル: Reversal of DNA damage induced Topoisomerase 2 DNA-protein crosslinks by Tdp2.
著者: Schellenberg, M.J. / Perera, L. / Strom, C.N. / Waters, C.A. / Monian, B. / Appel, C.D. / Vilas, C.K. / Williams, J.G. / Ramsden, D.A. / Williams, R.S.
履歴
登録2016年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月18日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support ...citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.pdbx_keywords
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2
B: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2
C: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2
D: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2
E: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,06812
ポリマ-144,5215
非ポリマー5477
2,666148
1
A: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0923
ポリマ-28,9041
非ポリマー1882
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9402
ポリマ-28,9041
非ポリマー351
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0363
ポリマ-28,9041
非ポリマー1322
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0002
ポリマ-28,9041
非ポリマー961
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0002
ポリマ-28,9041
非ポリマー961
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.440, 114.880, 115.450
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2 / Tyr-DNA phosphodiesterase 2 / 5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase / 5'-Tyr-DNA phosphodiesterase / ...Tyr-DNA phosphodiesterase 2 / 5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase / 5'-Tyr-DNA phosphodiesterase / TRAF and TNF receptor-associated protein


分子量: 28904.246 Da / 分子数: 5 / 断片: unp residues 118-370 / 変異: D358N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tdp2, Ttrap / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9JJX7, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.83 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 14-18% PEG3350, 100mM HEPES, 200mM lithium sulfate, 10mM magnesium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 30546 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 45.96 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.129 / Χ2: 0.971 / Net I/av σ(I): 10.556 / Net I/σ(I): 6.2 / Num. measured all: 127542
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.8-2.93.40.459193
2.9-3.0240.379197.8
3.02-3.154.30.277197.9
3.15-3.324.30.192197.7
3.32-3.534.30.14197.3
3.53-3.84.30.108196.9
3.8-4.184.30.083196.2
4.18-4.794.30.07195.4
4.79-6.034.30.079194.1
6.03-504.20.052190.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
DENZOデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GZ1
解像度: 2.8→49.393 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2555 1543 5.17 %
Rwork0.2128 --
obs0.2151 29851 49.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 175.71 Å2 / Biso mean: 52.9844 Å2 / Biso min: 5.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→49.393 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9386 0 28 148 9562
Biso mean--83.97 28.33 -
残基数----1182
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0029647
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.57713045
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0271444
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021661
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.9283555
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8003-2.89070.34631160.30231960207638
2.8907-2.9940.3761260.28172500262648
2.994-3.11390.31251400.26972657279751
3.1139-3.25560.27461420.24322657279951
3.2556-3.42720.29311270.24052672279951
3.4272-3.64180.27521430.21582650279351
3.6418-3.92290.25171470.19412635278251
3.9229-4.31750.23031360.18522642277851
4.3175-4.94170.18461440.1562642278651
4.9417-6.22410.23191570.20322616277351
6.2241-49.40090.25861650.22182677284252
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.1011-0.82480.45116.25990.37384.440.22090.0657-0.0384-0.4988-0.1842-0.5022-0.17180.4804-0.01040.2423-0.07280.00190.27230.04810.267657.5698-29.8425-3.7974
23.45760.12950.85588.1267-0.44384.0470.0887-0.26050.04290.5059-0.08390.0677-0.12990.1621-0.01990.1606-0.0378-0.02250.28970.0280.220449.7396-32.85336.9987
38.84721.02490.68455.1888-2.29196.75070.0892-0.0801-0.53290.30510.31550.35820.5451-0.3308-0.25030.247-0.0635-0.07830.24580.06430.365141.317-43.66124.685
46.9705-0.47991.19554.7757-2.75764.86130.17260.8771-0.6625-0.98820.09540.1941.1566-0.0037-0.29360.5781-0.0207-0.22850.3692-0.04870.475744.4572-43.2247-9.2717
52.37720.467-1.6144.2399-1.04477.48890.2238-0.34880.4056-0.08880.55050.5686-0.2307-0.9697-0.57530.3765-0.0697-0.17030.43560.14250.432937.1829-33.7083-4.9109
68.3506-1.48430.00085.3108-0.84893.69-0.10541.3754-0.7084-1.0101-0.2358-0.05990.33390.07660.1960.4653-0.0650.06240.2996-0.05740.322553.6878-33.8176-11.202
76.00890.62910.08266.5233-1.09294.58440.0683-0.72770.1260.6317-0.1106-0.3522-0.15260.2467-0.00650.25330.0146-0.03540.2712-0.04780.218259.2921-6.167-18.3635
83.41560.76940.20114.40880.60344.2004-0.00940.1136-0.0104-0.38760.00610.2220.31960.12440.04130.1920.03850.0110.26630.03940.188348.8925-14.0093-29.8165
94.53861.7823-1.83246.0540.63847.1395-0.10760.6912-0.829-0.8948-0.639-0.72151.47371.02490.48140.44380.0240.1480.4460.05910.303258.468-17.8876-32.5636
107.1304-0.3321.19075.7435-1.62626.7667-0.02520.1868-0.1358-0.041-0.3143-0.3983-0.10921.05280.43220.2416-0.0263-0.00310.252-0.00840.385365.492-9.9342-28.7698
114.83882.19881.94316.66551.79096.00090.3083-0.3662-0.42081.0801-0.2798-0.2282-0.19870.1925-0.94620.5494-0.20470.1621-0.0243-0.31060.419422.6219-0.8662-7.4674
125.60391.944-0.78434.7504-0.35612.58040.0761-0.258-0.29190.1884-0.0219-0.19930.07170.0562-0.04070.23210.00970.05010.2219-0.00290.320329.2432-4.3285-11.6974
136.97921.8647-0.09134.8759-0.00562.17010.04520.2291.2847-0.1538-0.01040.2891-0.2391-0.3305-0.00750.23470.03270.050.36780.06850.486922.48689.5435-21.1644
147.07290.2041.96256.82250.90833.3017-0.23990.01030.31240.68360.24070.25050.1620.37670.01330.26030.04620.10890.28740.05130.550815.96840.0047-14.3501
155.72380.24752.53886.2119-0.78431.6854-0.257-0.7573-0.98361.1191-0.51590.72480.14340.25130.64320.3873-0.16540.03890.33060.12670.40839.253821.81383.0137
162.9192-0.09260.6474.8407-0.4830.1821-0.4204-0.3677-0.26580.99270.14390.32331.0212-0.46430.27680.6377-0.2080.17220.4333-0.07170.392536.717517.69513.9606
171.2659-3.3515-2.91099.37477.3087.0549-0.7383-0.6333-1.11831.3262-0.49581.64271.6976-0.3431.08151.0531-0.02220.26750.53040.0910.759838.917113.176411.1717
183.8306-0.6333-2.26994.02981.38624.2044-0.202-0.97280.09060.67610.6531-0.54450.79220.7207-0.30720.54460.2295-0.13920.6121-0.0430.342850.919422.38279.2138
191.88091.6198-0.4163.1789-2.39392.4571-0.176-0.7610.45410.62150.3686-1.1582-0.11261.2011-0.09420.3360.0779-0.10780.7605-0.25060.543257.653528.61473.6236
209.4747-6.5517-6.39187.2475.28568.49260.99370.11181.3665-0.6103-0.0496-1.584-1.19031.0935-0.8520.5233-0.1667-0.02560.699-0.14550.695454.112236.1434-3.1574
215.37732.5429-0.76527.0190.92968.09560.13820.11840.408-0.06280.03060.3271-0.39980.101-0.12120.3043-0.0068-0.04530.2844-0.02670.271446.018827.9372-7.6713
225.18352.409-0.33712.0799-0.27323.51580.19540.77450.19840.3029-0.72760.83870.2602-1.38150.63690.441-0.1230.02990.5527-0.23630.495235.704622.6002-2.6282
230.7525-0.94-1.25354.8573-1.57864.9920.1032-0.9955-0.48480.36-0.1212-0.77560.07170.1754-0.07270.3411-0.0231-0.12810.50290.09040.362864.786-16.195437.5783
244.80410.5580.53947.2668-0.40353.9686-0.0930.3961-0.0399-0.37810.0817-0.370.44440.14530.05240.3045-0.01610.01390.2844-0.01170.210764.4398-11.810722.5818
255.02630.52361.15526.5771.89647.1763-0.61040.27841.0647-0.70840.39080.3913-0.5669-0.57220.20890.2491-0.0177-0.09830.37560.02090.475454.6283-3.74920.8162
261.96230.84050.31923.48950.76520.82580.0146-0.9980.4653-0.09910.20540.1632-0.5464-0.53410.08150.02380.066-0.02511.1021-0.18130.713846.0693-4.889930.002
270.4450.6252-0.60433.83240.00455.22050.3832-2.19441.16781.2327-1.30860.9117-0.4912-0.78150.44830.5913-0.33390.12170.9594-0.50010.829356.32790.713836.3559
282.558-0.5067-1.72955.2011-1.15191.8914-0.1894-0.80070.20130.5669-0.04730.6075-0.0609-0.82990.04320.3041-0.08720.03710.5686-0.03040.294853.7215-11.245734.7439
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 122 through 174 )A122 - 174
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 175 through 243 )A175 - 243
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 244 through 283 )A244 - 283
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 284 through 325 )A284 - 325
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 326 through 345 )A326 - 345
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 346 through 369 )A346 - 369
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 122 through 190 )B122 - 190
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 191 through 303 )B191 - 303
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 304 through 336 )B304 - 336
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 337 through 369 )B337 - 369
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 122 through 138 )C122 - 138
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 139 through 240 )C139 - 240
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 241 through 325 )C241 - 325
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 326 through 369 )C326 - 369
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 122 through 138 )D122 - 138
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 139 through 164 )D139 - 164
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 165 through 182 )D165 - 182
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 183 through 243 )D183 - 243
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 244 through 272 )D244 - 272
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 273 through 292 )D273 - 292
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 293 through 345 )D293 - 345
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 346 through 369 )D346 - 369
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 122 through 174 )E122 - 174
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 175 through 260 )E175 - 260
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 261 through 289 )E261 - 289
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 290 through 303 )E290 - 303
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 304 through 325 )E304 - 325
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 326 through 369 )E326 - 369

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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