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- PDB-3eyu: PFA1 Fab fragment complexed with Ror2(518-525) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eyu
タイトルPFA1 Fab fragment complexed with Ror2(518-525)
要素
  • If kappa light chain
  • PFA1 Fab Heavy Chain
  • ROR2(518-525) peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab / amyloid / alzheimer's / protein-peptide complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
If kappa light chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Gardberg, A.S. / Dealwis, C.G.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Structures of Abeta-related peptide--monoclonal antibody complexes.
著者: Gardberg, A. / Dice, L. / Pridgen, K. / Ko, J. / Patterson, P. / Ou, S. / Wetzel, R. / Dealwis, C.
履歴
登録2008年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22013年6月19日Group: Database references
改定 1.32017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: If kappa light chain
H: PFA1 Fab Heavy Chain
Q: ROR2(518-525) peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4903
ポリマ－49,4903
非ポリマー00
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4840 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area19750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.632, 42.632, 58.729
Angle α, β, γ (deg.)96.090, 93.580, 91.710
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: 抗体 If kappa light chain / PFA1 Fab Light Chain


分子量: 24203.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Hybridoma culture / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Igk-C / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株 (発現宿主): BALB C / 参照: UniProt: A2NHM3
#2: 抗体 PFA1 Fab Heavy Chain


分子量: 24210.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Hybridoma culture / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株 (発現宿主): BALB C
#3: タンパク質・ペプチド ROR2(518-525) peptide


分子量: 1076.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide is chemically synthesized. It is identical to fragment from Homo sapiens receptor-related neurotrophic tyrosine kinase (ROR2).
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% w/v PEG3350, 0.2 M LiCl, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.71→21.29 Å / Num. obs: 9216 / % possible obs: 84.79 %
反射 シェル解像度: 2.709→2.778 Å / % possible all: 45.48

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化解像度: 2.71→21.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 32.157 / SU ML: 0.307 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.451 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 436 4.7 %RANDOM
Rwork0.177 ---
obs0.18 8780 84.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 46.41 Å2 / Biso mean: 32.305 Å2 / Biso min: 12.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.19 Å2-0.31 Å2-0.11 Å2
2---0.24 Å2-0.15 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.71→21.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3398 0 0 23 3421
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0223485
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2461.9524751
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5345439
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.9623.788132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.85915544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3651515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2541
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022611
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.21448
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.22311
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.2118
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2060.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2580.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3371.52250
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.59823584
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.85931418
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.3924.51167
LS精密化 シェル解像度: 2.709→2.778 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 24 -
Rwork0.23 343 -
all-367 -
obs--45.48 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.6015-1.23280.09343.07770.3431.46710.0694-0.06870.0023-0.0709-0.11870.0267-0.07350.01250.04930.00350.0174-0.0191-0.0080.0359-0.02489.6184-13.7942-33.1152
21.40980.47852.33583.05433.05466.0889-0.0210.1365-0.01040.07480.1223-0.0013-0.19050.2915-0.10130.0179-0.04540.0315-0.01940.02670.01232.09386.1602-3.7058
32.07940.5252-0.05131.3972-0.62782.22930.0097-0.12120.0490.1120.0350.05210.0329-0.1105-0.0447-0.0065-0.0073-0.01660.03610.0037-0.012721.1308-26.6414-19.5725
42.2394-0.96321.02413.29860.40842.4159-0.0048-0.004-0.00980.4123-0.16510.1913-0.08-0.01540.16990.0935-0.07830.0444-0.03510.02260.0304-2.5226-7.09894.0211
531.5039-12.368122.45684.8556-8.816316.0077-0.68750.3320.3922-1.8527-0.22650.3645-0.05140.71690.9140.22330.03340.01620.1121-0.0218-0.018827.0888-25.1002-36.2019
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1L1 - 112
2X-RAY DIFFRACTION2L113 - 219
3X-RAY DIFFRACTION3H1 - 120
4X-RAY DIFFRACTION4H121 - 225
5X-RAY DIFFRACTION5Q3 - 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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