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- PDB-3cwf: Crystal structure of PAS domain of two-component sensor histidine... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cwf
タイトルCrystal structure of PAS domain of two-component sensor histidine kinase
要素Alkaline phosphatase synthesis sensor protein phoR
キーワードTRANSFERASE / Bacillus subtilis / PAS domain / Alkaline phosphatase synthesis sensor protein phoR / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Kinase / Membrane / Phosphate transport / Phosphoprotein / Transmembrane / Transport / Two-component regulatory system
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine phosphotransfer kinase activity / phosphate ion transport / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / phosphorelay signal transduction system / membrane raft / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
PhoR, single Cache-like domain / Single Cache-like / : / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / PAS domain / Histidine kinase domain ...PhoR, single Cache-like domain / Single Cache-like / : / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / PAS domain / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Beta-Lactamase / PAS fold / PAS fold / PAS domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alkaline phosphatase synthesis sensor protein PhoR
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Chang, C. / Tesar, C. / Gu, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2010
タイトル: Extracytoplasmic PAS-like domains are common in signal transduction proteins.
著者: Chang, C. / Tesar, C. / Gu, M. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Pokkuluri, P.R. / Szurmant, H. / Schiffer, M.
履歴
登録2008年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description ...Advisory / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alkaline phosphatase synthesis sensor protein phoR
B: Alkaline phosphatase synthesis sensor protein phoR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4436
ポリマ－25,8422
非ポリマー6014
水2,684149
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Alkaline phosphatase synthesis sensor protein phoR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2213
ポリマ－12,9211
非ポリマー3002
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Alkaline phosphatase synthesis sensor protein phoR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2213
ポリマ－12,9211
非ポリマー3002
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.503, 67.632, 77.695
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Alkaline phosphatase synthesis sensor protein phoR


分子量: 12921.089 Da / 分子数: 2 / 断片: PAS domain: Residues 32-150 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
生物種: Bacillus subtilis / 株: 168 / 遺伝子: phoR, BSU29100 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) derivative / 参照: UniProt: P23545, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.41 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M Lithium sulfate, 0.1M HEPES, 25% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-BM11.28239
シンクロトロンAPS 19-BM20.91948, 0.91979, 0.91272
検出器
タイプID検出器日付
CUSTOM-MADE1CCD2007年11月30日
CUSTOM-MADE2CCD2007年12月18日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Double crystalMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.282391
20.919481
30.919791
40.912721
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 15416 / Num. obs: 15369 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 42.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 21.53
反射 シェル解像度: 2.2→2.22 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.522 / Mean I/σ(I) obs: 1.85 / Num. unique all: 370 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→33.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 10.729 / SU ML: 0.142 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.216 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2442 762 5 %RANDOM
Rwork0.19421 ---
obs0.19676 14546 99.54 %-
all-15308 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.012 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0.79 Å20 Å2
3----0.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→33.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1583 0 38 149 1770
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0211664
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4881.9912238
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.085220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.45926.52269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.28615292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.898155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2254
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021205
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.2732
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2920.21141
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1680.2126
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2440.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.170.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8491.51096
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.47521688
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2193621
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3954.5549
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.378 55 -
Rwork0.228 1018 -
obs-1073 97.1 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.6265-3.58180.31737.7335-0.1257.53990.03570.28080.0176-0.0120.0257-0.73920.4220.944-0.0614-0.06070.03190.0532-0.0642-0.047-0.059621.472938.691563.2516
29.9449-8.68750.361118.1789-2.37344.56860.07640.3011-0.4935-0.4235-0.32710.6010.3474-0.58920.2508-0.0486-0.06970.00210.083-0.1849-0.10556.901135.581559.3337
37.3285-0.8399-0.46364.20721.05674.8663-0.09270.0791-0.0292-0.2630.1375-0.12740.0256-0.0649-0.0449-0.11460.00010.0027-0.096-0.0407-0.188912.205944.060566.2621
48.75644.0711-1.01155.1357-0.20061.73040.0363-0.41840.10310.2476-0.0321-0.19710.1010.1403-0.0042-0.07460.0056-0.0174-0.0315-0.0132-0.086713.956546.065373.4082
57.68713.8589-4.94569.2828-2.55396.5060.03760.07270.54570.1288-0.0180.6572-0.079-0.4332-0.0197-0.12870.04950.0057-0.0915-0.0734-0.120518.616530.880650.6445
69.2982-0.2409-8.23287.184-4.486515.54750.0049-0.53940.48360.70080.2207-0.9183-1.08050.437-0.2255-0.0358-0.0349-0.0691-0.0952-0.16470.032633.31935.307954.3627
77.7353-1.08370.03064.14271.8234.71920.0061-0.02990.1073-0.0553-0.0485-0.108-0.14150.01040.0423-0.09840.02840.0018-0.1928-0.0382-0.129728.924928.247845.748
811.81961.78473.87182.4070.77042.96540.2713-0.0254-0.41230.0654-0.0305-0.13960.3226-0.0454-0.2408-0.13970.01190.0107-0.1174-0.0116-0.110527.715920.858543.8533
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A33 - 58
2X-RAY DIFFRACTION2A59 - 75
3X-RAY DIFFRACTION3A76 - 92
4X-RAY DIFFRACTION3A118 - 141
5X-RAY DIFFRACTION4A93 - 116
6X-RAY DIFFRACTION5B33 - 58
7X-RAY DIFFRACTION6B59 - 75
8X-RAY DIFFRACTION7B76 - 92
9X-RAY DIFFRACTION7B118 - 141
10X-RAY DIFFRACTION8B93 - 116

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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