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- PDB-4ye1: A cytochrome c plus calixarene structure - alternative ligand bin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ye1
タイトルA cytochrome c plus calixarene structure - alternative ligand binding mode
要素Cytochrome c iso-1
キーワードELECTRON TRANSPORT / protein surface recognition / lysine binding
機能・相同性
機能・相同性情報


Release of apoptotic factors from the mitochondria / Pyroptosis / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Respiratory electron transport / cardiolipin binding / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity / heme binding ...Release of apoptotic factors from the mitochondria / Pyroptosis / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Respiratory electron transport / cardiolipin binding / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity / heme binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IA/ IB / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Chem-T3Y / Cytochrome c isoform 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.39 Å
データ登録者Mallon, M.M. / McGovern, R.E. / McCarty, A.A. / Crowley, P.B.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A cytochrome c-calixarene structure
著者: Mallon, M.M. / McGovern, R.E. / McCarty, A.A. / Crowley, P.B.
履歴
登録2015年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年1月10日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_ligand_distance / _pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_macromolecule_distance / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c iso-1
B: Cytochrome c iso-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6558
ポリマ－24,0922
非ポリマー3,5636
水7,602422
1
A: Cytochrome c iso-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4093
ポリマ－12,0461
非ポリマー1,3632
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cytochrome c iso-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2465
ポリマ－12,0461
非ポリマー2,2004
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.850, 56.070, 108.040
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome c iso-1


分子量: 12045.755 Da / 分子数: 2 / 変異: R13E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
遺伝子: CYC1, YJR048W, J1653 / プラスミド: pBTR1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P00044
#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-T3Y / 25,26,27,28-tetrahydroxypentacyclo[19.3.1.1~3,7~.1~9,13~.1~15,19~]octacosa-1(25),3(28),4,6,9(27),10,12,15(26),16,18,21,23-dodecaene-5,11,17,23-tetrasulfonic acid / 5,11,17,23-tetra-sulphonato-calix[4]arene-25,26,27,28-tetrol / カリックス[4]アレ-ン-p-スルホン酸


分子量: 744.741 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H24O16S4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 422 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.42 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 18 % PEG 8000, 50 mM NaCl, 100 mM MgCl2, 50 mM sodium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月1日
放射モノクロメーター: horizontally side diffracting Silicon 111 crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.392→108 Å / Num. all: 44554 / Num. obs: 44554 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.095 / Rsym value: 0.088 / Net I/av σ(I): 6.527 / Net I/σ(I): 14.6 / Num. measured all: 321450
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.39-1.477.10.4181.84551163950.1680.4184.6100
1.47-1.567.20.292.64407560860.1160.296.4100
1.56-1.667.30.2093.64148857050.0830.2098.4100
1.66-1.87.30.1553888853380.060.1511100
1.8-1.977.30.10573586749160.0410.10514.9100
1.97-2.27.30.06910.43264444780.0270.06920.2100
2.2-2.547.30.06510.42908240000.0260.06522.7100
2.54-3.117.20.0728.62447533860.0290.07226.6100
3.11-4.47.10.05311.31905726830.0210.05332100
4.4-26.3546.60.03815.31036315670.0160.03830.399.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å26.36 Å
Translation2.5 Å26.36 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TYI

3tyi


解像度: 1.39→26.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 1.636 / SU ML: 0.03 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.055 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1597 2245 5 %RANDOM
Rwork0.1303 ---
obs0.1318 42297 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 339.31 Å2 / Biso mean: 10.634 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.44 Å20 Å2-0 Å2
2---0.14 Å2-0 Å2
3---0.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.39→26.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1690 0 236 422 2348
Biso mean--8.85 31.25 -
残基数----216
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0192124
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.021944
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3191.9512943
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.162.9524537
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1855252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.74525.580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.07315380
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg28.47154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2281
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022363
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0130.02469
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7540.718907
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.750.716906
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9211.0791139
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr14.31934068
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free30.968571
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded17.85454338
LS精密化 シェル解像度: 1.392→1.428 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.208 179 -
Rwork0.172 3073 -
all-3252 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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