PDB-4rxi: Structure of C-terminal domain of uncharacterized protein from Le...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rxi

タイトル

Structure of C-terminal domain of uncharacterized protein from Legionella pneumophila

要素

hypothetical protein lpg0944

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / MCSG / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

: / RavJ, Peptidase domain / Domain of unknown function DUF5617 / Domain of unknown function (DUF5617) / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Cuff, M. / Nocek, B. / Evdokimova, E. / Egorova, O. / Joachimiak, A. / Ensminger, A. / Savchenko, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: Mol Syst Biol / 年: 2016
タイトル: Diverse mechanisms of metaeffector activity in an intracellular bacterial pathogen, Legionella pneumophila.
著者: Urbanus, M.L. / Quaile, A.T. / Stogios, P.J. / Morar, M. / Rao, C. / Di Leo, R. / Evdokimova, E. / Lam, M. / Oatway, C. / Cuff, M.E. / Osipiuk, J. / Michalska, K. / Nocek, B.P. / Taipale, M. ...

履歴

登録	2014年12月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年5月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年1月4日	Group: Database references
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rxi.cif.gz	115.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rxi.ent.gz	90.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rxi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rx/4rxi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rx/4rxi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4hfvC 4rxvC 4xa9C 5dggC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3diw-1 6bs9-4 3qio-d 6x1n-d 6uae-1 5yio-d 3a6v-2 2kpl-d 3a6v-1 6d5b-7 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-apc108062

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: hypothetical protein lpg0944

B: hypothetical protein lpg0944

37.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: hypothetical protein lpg0944

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: hypothetical protein lpg0944

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.353, 60.715, 57.524
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.61, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	hypothetical protein lpg0944 分子量: 18938.182 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 230-391 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア) 遺伝子: lpg0944 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q5ZWY9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.41 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.6M NH4Sulfate, 0.1M NaCl, 0.1M Hepes pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月12日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→38.5 Å / Num. all: 22850 / Num. obs: 22413 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 35
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / % possible all: 95.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
ARP/wARP		モデル構築
CCP4		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: dev_1834)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定
CCP4		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→38.491 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.36 / σ(I): 2 / 位相誤差: 19.53 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1832	1700	5.2 %	RANDOM
R_work	0.1558	-	-	-
all	0.16	2	-	-
obs	0.1573	19905	89.92 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→38.491 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1919	0	0	198	2117

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2009
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.965	2727
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.664	723
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	291
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	348

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9553	0.2076	52	0.1718	1044	X-RAY DIFFRACTION	29
1.9553-2.0184	0.1963	73	0.1652	1361	X-RAY DIFFRACTION	39
2.0184-2.0906	0.189	101	0.1591	1686	X-RAY DIFFRACTION	48
2.0906-2.1743	0.152	139	0.1506	2009	X-RAY DIFFRACTION	57
2.1743-2.2732	0.2037	157	0.1568	2307	X-RAY DIFFRACTION	67
2.2732-2.393	0.2118	127	0.1598	2745	X-RAY DIFFRACTION	76
2.393-2.5429	0.2261	146	0.1642	2950	X-RAY DIFFRACTION	83
2.5429-2.7392	0.1987	167	0.1658	3242	X-RAY DIFFRACTION	91
2.7392-3.0148	0.2108	156	0.1611	3421	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0148-3.4508	0.1851	172	0.1569	3484	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4508-4.3467	0.1523	215	0.1351	3426	X-RAY DIFFRACTION	97
4.3467-38.499	0.1788	195	0.1617	3289	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7799	2.0189	-0.0698	4.1216	-1.101	1.6081	0.2278	0.2056	-0.1328	-0.2386	-0.333	-0.444	0.0534	0.3097	-0.0392	0.1168	0.0271	0.0556	0.1857	0.0046	0.1682	18.295	31.9981	51.8075
2	1.2739	-0.2459	-0.4249	2.3213	0.2006	1.9138	-0.1946	0.2816	0.3229	-0.6635	0.0884	-0.2284	-0.463	0.2451	0.0394	0.1902	-0.0546	0.0009	0.1731	0.071	0.1977	15.7681	45.1664	50.9451
3	5.4858	2.626	-3.2147	3.2493	-3.3303	3.5096	-0.2839	0.8085	-0.3645	-1.0766	0.295	-0.2671	0.5151	0.2773	0.066	0.52	-0.0623	0.0665	0.2978	-0.0046	0.1424	11.7959	28.0799	44.8625
4	0.7289	-0.3686	0.6263	4.4328	0.2951	2.1513	-0.0472	0.0127	0.0416	0.3139	0.0288	0.1535	-0.0795	-0.0284	0.034	0.0939	0.0021	0.005	0.1014	0.0108	0.1288	10.6567	38.4596	60.0035
5	1.1771	0.3874	-0.3598	1.7437	-0.4366	2.2793	0.1622	-0.0961	-0.1345	0.4075	-0.2687	-0.6255	0.2237	0.3882	0.1458	0.1602	-0.0417	-0.0625	0.2416	0.0252	0.2462	20.1423	34.1378	62.3594
6	1.8852	0.9512	0.7156	2.9543	1.1442	2.1241	-0.0488	0.1154	0.1815	0.1882	0.1414	0.423	-0.1916	-0.3862	0.0025	0.1407	0.0535	0.0174	0.2056	0.042	0.1674	11.3596	45.7879	80.3469
7	1.1093	-0.4041	0.078	2.8234	0.0452	1.8453	-0.2618	0.1806	-0.1153	-0.1784	0.2822	0.3548	0.5899	-0.4101	-0.0072	0.2064	-0.0924	-0.0175	0.1761	0.0044	0.1637	12.968	30.3959	77.6258
8	3.1744	3.8228	1.2262	5.4978	2.6951	2.29	0.2026	0.3968	0.3539	-0.0547	0.0179	0.2551	-0.6773	-0.023	-0.0743	0.365	-0.0365	-0.0287	0.2027	0.0009	0.134	17.4048	46.7589	71.991
9	0.3889	0.1611	0.0453	7.4802	-2.3104	1.6128	-0.013	-0.0704	0.0043	0.4129	0.0194	-0.4803	-0.0518	0.2451	-0.035	0.2268	-0.0052	-0.0581	0.1202	-0.0107	0.1677	22.6151	41.3219	85.3931
10	1.4911	0.1174	-0.1337	2.7781	-0.1537	1.201	0.047	-0.1464	-0.0737	0.5247	0.0635	0.5086	0.2235	-0.2739	-0.0461	0.3804	-0.0131	0.0736	0.2062	0.0204	0.0869	12.6474	36.4524	90.9877
11	1.588	1.6293	1.2871	1.8203	0.5324	5.1107	-0.0159	-0.4715	-0.2525	0.42	-0.3906	0.6839	-0.0679	-0.9082	0.0127	0.2237	-0.0918	0.0772	0.4477	-0.0083	0.4746	2.9848	35.1569	83.965

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 251 through 276 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 277 through 306 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 307 through 315 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 316 through 348 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 349 through 371 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 251 through 272 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 273 through 306 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 307 through 315 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 316 through 333 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 334 through 363 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 364 through 371 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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