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- PDB-4rxi: Structure of C-terminal domain of uncharacterized protein from Le... -
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Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4rxi | ||||||
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Title | Structure of C-terminal domain of uncharacterized protein from Legionella pneumophila | ||||||
![]() | hypothetical protein lpg0944 | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / MCSG / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics | ||||||
Function / homology | Domain of unknown function DUF5617 / Domain of unknown function (DUF5617) / DUF5617 domain-containing protein![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cuff, M. / Nocek, B. / Evdokimova, E. / Egorova, O. / Joachimiak, A. / Ensminger, A. / Savchenko, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() Title: Diverse mechanisms of metaeffector activity in an intracellular bacterial pathogen, Legionella pneumophila. Authors: Urbanus, M.L. / Quaile, A.T. / Stogios, P.J. / Morar, M. / Rao, C. / Di Leo, R. / Evdokimova, E. / Lam, M. / Oatway, C. / Cuff, M.E. / Osipiuk, J. / Michalska, K. / Nocek, B.P. / Taipale, M. ...Authors: Urbanus, M.L. / Quaile, A.T. / Stogios, P.J. / Morar, M. / Rao, C. / Di Leo, R. / Evdokimova, E. / Lam, M. / Oatway, C. / Cuff, M.E. / Osipiuk, J. / Michalska, K. / Nocek, B.P. / Taipale, M. / Savchenko, A. / Ensminger, A.W. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 92.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 424.1 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 425 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 12.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 17.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4hfvC ![]() 4rxvC ![]() 4xa9C ![]() 5dggC C: citing same article ( |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 18938.182 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 230-391 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: lpg0944 / Production host: ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.93 Å3/Da / Density % sol: 36.41 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 1.6M NH4Sulfate, 0.1M NaCl, 0.1M Hepes pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Mar 12, 2012 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9794 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→38.5 Å / Num. all: 22850 / Num. obs: 22413 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 35 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.93 Å / % possible all: 95.4 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→38.491 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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