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Yorodumi- PDB-4xa9: Crystal structure of the complex between the N-terminal domain of... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4xa9 | |||||||||
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Title | Crystal structure of the complex between the N-terminal domain of RavJ and LegL1 from Legionella pneumophila str. Philadelphia | |||||||||
Components |
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Keywords | Structural genomics / Unknown Function / infection / effector / papain-like cysteine protease family / leucine-rich-repeat / complex / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | |||||||||
Function / homology | Domain of unknown function DUF5617 / Domain of unknown function (DUF5617) / Leucine Rich repeat / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Gala protein type 1, 3 or 4 / DUF5617 domain-containing protein Function and homology information | |||||||||
Biological species | Legionella pneumophila subsp. pneumophila (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2 Å | |||||||||
Authors | Stogios, P.J. / Cuff, M.E. / Nocek, B. / Evdokimova, E. / Di Leo, R. / Yim, V. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Mol. Syst. Biol. / Year: 2016 Title: Diverse mechanisms of metaeffector activity in an intracellular bacterial pathogen, Legionella pneumophila. Authors: Urbanus, M.L. / Quaile, A.T. / Stogios, P.J. / Morar, M. / Rao, C. / Di Leo, R. / Evdokimova, E. / Lam, M. / Oatway, C. / Cuff, M.E. / Osipiuk, J. / Michalska, K. / Nocek, B.P. / Taipale, M. ...Authors: Urbanus, M.L. / Quaile, A.T. / Stogios, P.J. / Morar, M. / Rao, C. / Di Leo, R. / Evdokimova, E. / Lam, M. / Oatway, C. / Cuff, M.E. / Osipiuk, J. / Michalska, K. / Nocek, B.P. / Taipale, M. / Savchenko, A. / Ensminger, A.W. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4xa9.cif.gz | 1.5 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4xa9.ent.gz | 1.3 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4xa9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4xa9_validation.pdf.gz | 522.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4xa9_full_validation.pdf.gz | 530.8 KB | Display | |
Data in XML | 4xa9_validation.xml.gz | 172.2 KB | Display | |
Data in CIF | 4xa9_validation.cif.gz | 260 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/4xa9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/4xa9 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4hfvC 4rxiC 4rxvC 5dggC C: citing same article (ref.) |
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-Links
-Assembly
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 32378.555 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (bacteria) Strain: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / Gene: legL1, lpg0945 / Plasmid: p15Tv lic / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q5ZWY8 #2: Protein | Mass: 25760.525 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (bacteria) Strain: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / Gene: lpg0944 / Plasmid: p15Tv lic / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q5ZWY9 #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.13 Å3/Da / Density % sol: 42.27 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 0.1 M NaCl, 100 mM Tris pH 8.5 and 26% (w/v) PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97924 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 7, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97924 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→30 Å / Num. obs: 258259 / % possible obs: 97.8 % / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 21.14 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.03 Å / Redundancy: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.208 / Mean I/σ(I) obs: 4.82 / % possible all: 94.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2→29.943 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 19.71 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→29.943 Å
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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