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Yorodumi- PDB-4ipv: Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa (strain: PAO1) type I... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ipv | ||||||
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Title | Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa (strain: PAO1) type IV minor pilin FimU in space group P65 | ||||||
Components | FimU protein | ||||||
Keywords | CELL ADHESION / Minor pilin / Membrane associated | ||||||
Function / homology | Function and homology information type IV pilus / type IV pilus assembly / type IV pilus-dependent motility / pilus assembly / protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.4 Å | ||||||
Authors | Nguyen, Y. / Sugiman-Marangos, S.N. / Bell, S. / Junop, M.S. / Burrows, L.L. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Minor pilin FimU controls P. aeruginosa type IV pilus extension/retraction dynamics independently of other minor components Authors: Nguyen, Y. / Sugiman-Marangos, S.N. / Bell, S. / Harvey, H. / Giltner, C.L. / Junop, M.S. / Burrows, L.L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4ipv.cif.gz | 115.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4ipv.ent.gz | 89.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ipv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4ipv_validation.pdf.gz | 421.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4ipv_full_validation.pdf.gz | 422 KB | Display | |
Data in XML | 4ipv_validation.xml.gz | 16.9 KB | Display | |
Data in CIF | 4ipv_validation.cif.gz | 26.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/4ipv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/4ipv | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4ipuS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 14690.546 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: unp residues 37-168 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (bacteria) / Strain: PAO1 / Gene: fimU / Plasmid: pET151-D-Topo / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Origami / References: UniProt: Q59652, UniProt: G3XCZ0*PLUS #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.22 Å3/Da / Density % sol: 44.58 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M Tris-HCl, 25% (w/v) PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X29A / Wavelength: 1.1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jun 24, 2012 / Details: Mirrors |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.4→50 Å / Num. all: 49829 / Num. obs: 49829 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 15.4 % / Biso Wilson estimate: 12.94 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 53.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.4→1.42 Å / Redundancy: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.354 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / Num. unique all: 2305 / % possible all: 93.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 4IPU Resolution: 1.4→35.236 Å / SU ML: 0.1 / σ(F): 0 / Phase error: 19.33 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 24.35 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.4→35.236 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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