PDB-2vzp: Atomic Resolution Structure of the C-terminal CBM35 from Amycolat...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vzp

タイトル

Atomic Resolution Structure of the C-terminal CBM35 from Amycolatopsis orientalis exo-chitosanase CsxA

要素

EXO-BETA-D-GLUCOSAMINIDASE

キーワード

HYDROLASE / CBM / FAMILY 35 / CSXA / GLUCURONIC ACID

機能・相同性

機能・相同性情報

exo-1,4-beta-D-glucosaminidase / exo-1,4-beta-D-glucosaminidase activity / chitin catabolic process / polysaccharide catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

AMYCOLATOPSIS ORIENTALIS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.05 Å

データ登録者

Lammerts van Bueren, A. / Boraston, A.B.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Evidence that Family 35 Carbohydrate Binding Modules Display Conserved Specificity But Divergent Function.
著者: Montanier, C. / Van Bueren, A.L. / Dumon, C. / Flint, J.E. / Correia, M.A. / Prates, J.A. / Firbank, S.J. / Lewis, R.J. / Grondin, G.G. / Ghinet, M.G. / Gloster, T.M. / Herve, C. / Knox, J.P. ...

履歴

登録	2008年8月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月7日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vzp.cif.gz	129.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vzp.ent.gz	102.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vzp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2vzp_validation.pdf.gz	458.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2vzp_full_validation.pdf.gz	465.9 KB	表示
XML形式データ	2vzp_validation.xml.gz	18.8 KB	表示
CIF形式データ	2vzp_validation.cif.gz	28.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/2vzp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/2vzp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2vzqC 2vzrC 2w1wC 2w3jC 2w46C 2w47C 2w87C 2vzo 2vzs 2vzt 2vzu 2vzv C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2vzq-2 2vzr-1 2vzr-2 1nz6-1 2x1q-2 2vzq-1 3nxb-1 5xj3-11 3c0d-7 2p5p-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (3) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (3)

登録構造単位

A: EXO-BETA-D-GLUCOSAMINIDASE

B: EXO-BETA-D-GLUCOSAMINIDASE

ヘテロ分子

26.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: EXO-BETA-D-GLUCOSAMINIDASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: EXO-BETA-D-GLUCOSAMINIDASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.573, 57.022, 81.699
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	EXO-BETA-D-GLUCOSAMINIDASE / AOCBM35 分子量: 13027.171 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 906-1032 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) AMYCOLATOPSIS ORIENTALIS (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q56F26
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 484 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.55 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 113 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.9
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.05→15 Å / Num. obs: 117896 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 13.3
反射シェル	解像度: 1.05→1.11 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.05→81.65 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.971 / SU B: 0.596 / SU ML: 0.014 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.023 / ESU R Free: 0.024 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.149	5894	5 %	RANDOM
R_work	0.127	-	-	-
obs	0.129	111888	98.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 6.14 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.31 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.05→81.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1834	0	20	484	2338

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	2037
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1270
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.93	1.926	2827
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.142	3	3156
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.885	5	302
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.183	24.865	74
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.858	15	290
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.905	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.192	0.2	343
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2382
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	403
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.279	0.2	362
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.241	0.2	1411
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1014
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.097	0.2	1124
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.203	0.2	303
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.113	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.274	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.255	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.904	1.5	1357
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.733	2	2198
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.212	3	781
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.088	4.5	607
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.05→1.08 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.224	429
R_work	0.213	8073

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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