PDB-3cle: HIV neutralizing monoclonal antibody YZ23

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3cle

タイトル

HIV neutralizing monoclonal antibody YZ23

要素

Fab heavy chain
Fab light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / HIV-1 / monoclonal antibody

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Jin, L. / Paul, S. / Symersky, J.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: HIV neutralizing monoclonal antibody YZ23
著者: Nishiama, Y. / Planque, S. / Mitsuda, Y. / Taguchi, H. / Jin, L. / Symersky, J. / Boivin, S. / Salas, M. / Hanson, C. / Paul, S.

履歴

登録	2008年3月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年3月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3cle.cif.gz	94.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3cle.ent.gz	71.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3cle.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3cle_validation.pdf.gz	436.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3cle_full_validation.pdf.gz	445.1 KB	表示
XML形式データ	3cle_validation.xml.gz	17.8 KB	表示
CIF形式データ	3cle_validation.cif.gz	24.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/3cle ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/3cle	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3clfC 1kn2S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3clf-d 2v7h-2 5wtg-1 3wii-1 6mee-1 2adg-d 4d9l-1 5xli-2 1hil-2 1kno-3 6dzn-d 2ai0-2 3qpq-4 4xh2-5 5vh3-2 6ugs-1 1ngz-d 1dbm-d 4tuj-1 1baf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: Fab light chain

H: Fab heavy chain

47.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.290, 62.919, 135.172
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	Fab light chain 分子量: 23678.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: hybridoma
#2: 抗体	Fab heavy chain 分子量: 23473.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: hybridoma
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.84 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 16% PEG6000, 0.1 M HEPES, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.24 Å
検出器	タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.24 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→38.5 Å / Num. all: 16453 / Num. obs: 15906 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 30 Å² / R_sym value: 0.09 / Net I/σ(I): 11.5
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / R_sym value: 0.11 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
CNS	精密化
d*TREK	データ削減
d*TREK	データスケーリング
CNS	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1KN2

1kn2

解像度: 2.5→10 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.272	760	-	random
R_work	0.225	-	-	-
obs	0.225	15337	97.4 %	-
all	-	15753	-	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3284	0	0	70	3354

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.0054
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.22

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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