[日本語] English
- PDB-3cfe: Crystal structure of purple-fluorescent antibody EP2-25C10 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cfe
タイトルCrystal structure of purple-fluorescent antibody EP2-25C10
要素
  • PURPLE-FLUORESCENT ANTIBODY EP2-25C10-IGG2B HEAVY CHAIN
  • PURPLE-FLUORESCENT ANTIBODY EP2-25C10-KAPPA LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / IMMUNOGLOBULIN / PURPLE-FLUORESCENT ANTIBODY / HAPTEN COMPLEX
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / PHASER / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Debler, E.W. / Heine, A. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Science / : 2008
タイトル: Deeply inverted electron-hole recombination in a luminescent antibody-stilbene complex.
著者: Debler, E.W. / Kaufmann, G.F. / Meijler, M.M. / Heine, A. / Mee, J.M. / Pljevaljcic, G. / Di Bilio, A.J. / Schultz, P.G. / Millar, D.P. / Janda, K.D. / Wilson, I.A. / Gray, H.B. / Lerner, R.A.
履歴
登録2008年3月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
L: PURPLE-FLUORESCENT ANTIBODY EP2-25C10-KAPPA LIGHT CHAIN
H: PURPLE-FLUORESCENT ANTIBODY EP2-25C10-IGG2B HEAVY CHAIN
A: PURPLE-FLUORESCENT ANTIBODY EP2-25C10-KAPPA LIGHT CHAIN
B: PURPLE-FLUORESCENT ANTIBODY EP2-25C10-IGG2B HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,57912
ポリマ-94,8234
非ポリマー7578
00
1
A: PURPLE-FLUORESCENT ANTIBODY EP2-25C10-KAPPA LIGHT CHAIN
B: PURPLE-FLUORESCENT ANTIBODY EP2-25C10-IGG2B HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7926
ポリマ-47,4112
非ポリマー3804
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4180 Å2
ΔGint-54.7 kcal/mol
Surface area20190 Å2
手法PISA
2
L: PURPLE-FLUORESCENT ANTIBODY EP2-25C10-KAPPA LIGHT CHAIN
H: PURPLE-FLUORESCENT ANTIBODY EP2-25C10-IGG2B HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7886
ポリマ-47,4112
非ポリマー3764
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4230 Å2
ΔGint-48.1 kcal/mol
Surface area20170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.130, 59.460, 149.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.37, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11L
21A
12L
22A
13H
23B
14H
24B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPLYSLYSLA1 - 1071 - 107
21ASPASPLYSLYSAC1 - 1071 - 107
12ARGARGGLUGLULA108 - 213108 - 213
22ARGARGGLUGLUAC108 - 213108 - 213
13VALVALSERSERHB2 - 1132 - 120
23VALVALSERSERBD2 - 1132 - 120
14ALAALAPROPROHB114 - 227121 - 219
24ALAALAPROPROBD114 - 227121 - 219

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

#1: 抗体 PURPLE-FLUORESCENT ANTIBODY EP2-25C10-KAPPA LIGHT CHAIN


分子量: 23605.916 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PURIFIED FROM ASCITIC FLUID / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
Cell: HYBRIDOMA CELLS FROM 129GIX+ SPLEEN CELLS FUSED WITH BALB/C MYELOMA CELLS
#2: 抗体 PURPLE-FLUORESCENT ANTIBODY EP2-25C10-IGG2B HEAVY CHAIN


分子量: 23805.355 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PURIFIED FROM ASCITIC FLUID / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
Cell: HYBRIDOMA CELLS FROM 129GIX+ SPLEEN CELLS FUSED WITH BALB/C MYELOMA CELLS
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
配列の詳細THE SEQUENCES OF THE FAB COMPLEXES ARE NOT AVAILABLE IN ANY SEQUENCE DATABASES.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.57 %
結晶化pH: 4.5
詳細: AMMONIUM SULFATE, LITHIUM SULFATE, ACETATE, PH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 4.50

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.972386
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2002年1月16日 / 詳細: FLAT MIRROR (VERTICAL FOCUSING)
放射モノクロメーター: SINGLE CRYSTAL SI(111) BENT MONOCHROMATOR (HORIZONTAL FOCUSING)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972386 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.99→25 Å / Num. obs: 20613 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 58.5 Å2 / Rsym value: 0.112 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.99→3.07 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rsym value: 0.479 / % possible all: 89.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.3.0017精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: PHASER
開始モデル: PDB ENTRY 3HFM
解像度: 2.99→24.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 41.913 / SU ML: 0.34 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.462 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 960 4.8 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.213 18943 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.65 Å20 Å2-1.97 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---1.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.99→24.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6634 0 43 0 6677
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0226835
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024524
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4811.9549323
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9113.00311046
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1315860
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.73524.161274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.637151078
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.4981532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.21050
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.027580
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021346
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.21282
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2140.24553
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1950.23288
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0930.24026
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1420.2206
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0890.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2780.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.280.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3130.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3591.55405
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0851.51742
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.527004
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.88133031
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.3224.52319
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1L1372tight positional0.030.05
2L1401tight positional0.030.05
3H1611tight positional0.030.05
4H1173tight positional0.030.05
1L1372tight thermal0.070.5
2L1401tight thermal0.060.5
3H1611tight thermal0.080.5
4H1173tight thermal0.080.5
LS精密化 シェル解像度: 2.99→3.07 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.423 55 -
Rwork0.346 1201 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4974-2.9493.07588.0568-4.58554.9039-0.11840.016-0.03730.53410.0565-0.0278-0.9475-0.06260.06190.2462-0.05430.02270.1059-0.01430.1499-6.228650.3078139.8862
20.8351-0.95220.38891.8798-0.03220.394-0.07450.19280.2298-0.2098-0.0634-0.0506-0.20590.04450.13790.1702-0.0690.01710.14410.01620.07240.16344.9838135.5471
37.0613.40140.43832.82730.11570.4005-0.0471-0.0837-0.15850.15280.0485-0.0305-0.04840.0128-0.00130.28210.0770.01930.19450.00760.0568-33.290444.9332126.3564
426.81065.01923.814623.4357-2.53921.01320.2202-0.7424-1.3242-0.0211-0.50630.4567-0.0678-0.78940.28610.19010.00260.05060.3492-0.0759-0.0393-50.731937.7878126.6932
511.42999.20891.17018.14392.31722.7280.1284-0.33160.36490.0302-0.33620.3605-0.4012-0.41020.20780.2570.1509-0.03780.28750.02890.3621-41.324752.1347124.8146
631.749822.6696-11.126227.4427-16.4510.3264-0.06361.59471.0078-1.72320.66740.99490.82540.0616-0.60380.33860.1098-0.02490.1274-0.10310.0673-2.463426.3388123.3979
74.5187-0.7922-0.22632.7064-0.02661.89660.0697-0.0233-0.09450.12380.00440.0201-0.028-0.0741-0.07410.1641-0.0059-0.03950.06120.00590.0194-1.338824.1474135.371
84.10490.94652.7530.21830.63481.8464-0.31340.4282-0.3650.21550.2050.1627-0.2656-0.07180.10850.2235-0.018-0.05270.16970.00780.31-23.335226.3897126.5147
95.1073-0.63522.491412.6326-6.27355.2856-0.04260.08210.3699-0.4060.11210.0959-0.1603-0.3515-0.06950.31650.04220.06190.3845-0.1223-0.0125-33.24437.3865118.4665
104.5609-0.65622.20245.129-1.7482.573-0.03980.455-0.157-0.6517-0.1456-0.29620.27520.29960.18540.19260.02240.08690.2535-0.05410.1699-28.846635.1697114.9749
1154.594534.3564-15.798828.2916-7.35095.57850.58430.69010.8834-0.95980.01220.4227-0.5520.1402-0.59640.24990.0961-0.07110.13180.12840.217510.7695-12.501450.2485
124.5145-0.6393-0.00973.19160.34221.67160.04870.077-0.12750.0683-0.01850.13310.0329-0.0192-0.03020.03480.00610.00580.08050.0049-0.000812.0403-14.083462.0708
134.7902-1.91070.85861.73-0.59250.21850.5070.521-1.6441-0.1692-0.35610.76530.0041-0.0777-0.15090.12660.091-0.05410.2023-0.18370.4899-12.1994-12.975653.2885
147.19790.17591.18779.0492-5.70225.76990.21840.3857-0.8328-0.87350.30680.25110.0184-0.2944-0.52520.32870.1012-0.00780.2411-0.2490.3225-20.2316-1.548245.3752
153.36960.57641.80448.1267-1.78833.23160.06540.6898-0.3353-1.0354-0.1893-0.5120.2117-0.26210.12390.20730.19190.05240.4473-0.20680.3788-15.9705-3.901841.8195
163.9539-0.90621.16496.7489-3.33834.5480.0111-0.4370.42630.5815-0.15380.0319-0.9504-0.13270.14270.08880.02110.02360.1081-0.08090.21047.147611.965966.1025
172.22-0.5050.30292.2774-0.01481.5069-0.00310.24840.3209-0.2488-0.0228-0.124-0.12750.05960.02590.0457-0.01630.03050.0973-0.02490.094113.53956.583461.8287
187.86111.86840.8063.2078-0.08670.11070.1450.107-0.46130.1827-0.1109-0.11310.01780.071-0.03410.19730.1233-0.04350.1864-0.03390.1731-20.02486.263653.0197
191.19050.7998-1.4945.85064.37127.31250.0157-0.3072-1.4380.1992-0.1793-0.30630.5945-0.83910.16360.16370.1082-0.09410.3226-0.01280.5034-37.5026-0.791653.8424
206.71124.3571.28827.8820.52682.41940.52920.09170.37880.3916-0.59810.05240.1218-0.20230.06890.12520.13510.08290.3582-0.0270.1012-28.045613.441151.3766
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AC1 - 241 - 24
2X-RAY DIFFRACTION2AC25 - 10525 - 105
3X-RAY DIFFRACTION3AC106 - 182106 - 182
4X-RAY DIFFRACTION4AC183 - 193183 - 193
5X-RAY DIFFRACTION5AC194 - 213194 - 213
6X-RAY DIFFRACTION6BD1 - 91 - 9
7X-RAY DIFFRACTION7BD10 - 10210 - 109
8X-RAY DIFFRACTION8BD103 - 125110 - 132
9X-RAY DIFFRACTION9BD126 - 152133 - 157
10X-RAY DIFFRACTION10BD153 - 227158 - 219
11X-RAY DIFFRACTION11HB1 - 91 - 9
12X-RAY DIFFRACTION12HB10 - 10310 - 110
13X-RAY DIFFRACTION13HB104 - 125111 - 132
14X-RAY DIFFRACTION14HB126 - 152133 - 157
15X-RAY DIFFRACTION15HB153 - 227158 - 219
16X-RAY DIFFRACTION16LA1 - 241 - 24
17X-RAY DIFFRACTION17LA25 - 10525 - 105
18X-RAY DIFFRACTION18LA106 - 182106 - 182
19X-RAY DIFFRACTION19LA183 - 193183 - 193
20X-RAY DIFFRACTION20LA194 - 213194 - 213

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る