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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3c1c | ||||||
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タイトル | The effect of H3 K79 dimethylation and H4 K20 trimethylation on nucleosome and chromatin structure | ||||||
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![]() | Structural PROTEIN/DNA / Nucleosome / chromatin / Histone H3 / trimethylation / histone modification / nucleosomal surface / nucleosomal array / Acetylation / Chromosomal protein / DNA-binding / Methylation / Nucleosome core / Nucleus / Phosphoprotein / Ubl conjugation / Structural PROTEIN-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / protein heterodimerization activity / DNA binding / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() Xenopus tropicalis | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lu, X. / Simon, M. / Chodaparambil, J. / Hansen, J. / Shokat, K. / Luger, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The effect of H3K79 dimethylation and H4K20 trimethylation on nucleosome and chromatin structure. 著者: Lu, X. / Simon, M.D. / Chodaparambil, J.V. / Hansen, J.C. / Shokat, K.M. / Luger, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 296.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 225.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 510.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 559.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 44.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 63.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 4種, 8分子 AEBFCGDH
#1: タンパク質 | 分子量: 15316.947 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Histone H3 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 11263.231 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Histone H4 / 発現宿主: ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 14008.268 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Histone H2A / 発現宿主: ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 13808.033 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: hist2h2bf, TGas058p09.1-001 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-DNA鎖 / 非ポリマー , 2種, 286分子 IJ![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: DNA鎖 | 分子量: 45054.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic DNA #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.51 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: Manganese chloride, Potassium chloride, Potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 292 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 2006年9月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.15→53 Å / Num. obs: 34295 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): 1452 / Observed criterion σ(I): 32813 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 10.7 |
反射 シェル | 解像度: 3.15→3.26 Å / Rmerge(I) obs: 0.285 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 193527 / % possible all: 90 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1AOI 解像度: 3.15→53 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.15→53 Å
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拘束条件 |
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