PDB-3c00: Crystal structural of the mutated G247T EscU/SpaS C-terminal domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3c00

タイトル

Crystal structural of the mutated G247T EscU/SpaS C-terminal domain

要素

(EscU) x 2

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / PROTEIN TRANSPORT / Auto cleavage protein / flagella / T3SS / Intein / Asparagine cyclization / YscU

機能・相同性

機能・相同性情報

dioxygenase activity / protein secretion / isomerase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.41 Å

データ登録者

Zarivach, R. / Deng, W. / Vuckovic, M. / Felise, H.B. / Nguyen, H.V. / Miller, S.I. / Finlay, B.B. / Strynadka, N.C.J.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2008
タイトル: Structural analysis of the essential self-cleaving type III secretion proteins EscU and SpaS.
著者: Zarivach, R. / Deng, W. / Vuckovic, M. / Felise, H.B. / Nguyen, H.V. / Miller, S.I. / Finlay, B.B. / Strynadka, N.C.

履歴

登録	2008年1月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3c00.cif.gz	35.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3c00.ent.gz	24.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3c00.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3c00_validation.pdf.gz	433.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3c00_full_validation.pdf.gz	435.2 KB	表示
XML形式データ	3c00_validation.xml.gz	6.7 KB	表示
CIF形式データ	3c00_validation.cif.gz	8.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/3c00 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/3c00	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3bzlC 3bzoC 3bzpC 3bzrC 3bzsC 3bztC 3bzvC 3bzxC 3bzyC 3bzzC 3c01C 3c03C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1hey-d 1trw-d 3eul-3 4hns-d 3fg8-6 4ckw-2 6ekg-d 2eio-3 5wq0-5 1ttx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#131 - 2010年11月インテイン (Inteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: EscU

B: EscU

15.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	26.969, 53.884, 59.750
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	EscU 分子量: 6035.803 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 215-262 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: EPEC E2348/69 / 遺伝子: escU / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9AJ26
#2: タンパク質	EscU 分子量: 9480.065 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 263-345 / Mutation: G247T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: EPEC E2348/69 / 遺伝子: escU / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9AJ26
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 12.08 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5 詳細: Tris, HEPES, Peg3350, NaCl, pH 7.5, Microbatch, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.41→50 Å / Num. all: 17245 / Num. obs: 17142 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 12.9 % / R_merge(I) obs: 0.057 / Χ²: 1.336 / Net I/σ(I): 11.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.41-1.47	8.3	0.695	1674	0.443	1	99.9
1.47-1.53	11.7	0.569	1689	0.469	1	100
1.53-1.6	13.6	0.386	1694	0.517	1	100
1.6-1.68	14.1	0.26	1700	0.57	1	100
1.68-1.79	14.1	0.183	1693	0.628	1	100
1.79-1.93	14.1	0.119	1716	0.874	1	100
1.93-2.12	14	0.087	1720	1.587	1	100
2.12-2.43	13.7	0.08	1731	2.663	1	100
2.43-3.06	13.3	0.053	1755	2.486	1	100
3.06-50	12.3	0.038	1770	2.723	1	94.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.41→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 2.671 / SU ML: 0.051 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.236	867	5.1 %	RANDOM
R_work	0.216	-	-	-
all	0.217	17245	-	-
obs	0.217	17088	99.08 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 8.485 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.26 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.41→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	814	0	0	45	859

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	854
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	574
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.503	2	1161
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.964	3	1428
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.134	5	104
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.325	25.758	33
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.537	15	161
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.129	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	142
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	909
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	145
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.255	0.2	151
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.178	0.2	531
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	419
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	440
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.107	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.14	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.243	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.178	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.067	1.5	721
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.259	1.5	208
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.212	2	869
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.95	3	401
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.387	4.5	292

LS精密化シェル

解像度: 1.41→1.451 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.286	43	-
R_work	0.299	1125	-
all	-	1168	-
obs	-	-	95.89 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5872	-3.9311	5.3702	10.2414	0.9464	30.5757	0.0261	-0.4486	-0.3009	-0.2863	0.029	1.0901	-0.409	-2.423	-0.0552	0.1885	-0.046	-0.0292	0.2369	0.0529	0.1076	-11.8438	1.3262	5.3512
2	3.0164	-0.5145	1.0117	14.8312	4.0964	5.1987	0.0429	0.282	-0.1263	-0.786	-0.1885	0.5032	-0.167	0.1709	0.1456	0.0351	0.0062	-0.0202	0.0546	-0.0102	0.0741	-3.2902	-4.0566	12.0616
3	3.7862	0.7749	0.715	5.6967	3.8075	9.4239	-0.0082	-0.1549	0.107	-0.1019	-0.0409	0.1373	-0.1528	-0.095	0.0492	0.0402	-0.0036	-0.0011	0.0623	0.005	0.0815	-6.9297	-3.6399	16.904
4	10.1795	6.0008	0.2507	11.5824	-0.5153	8.5478	-0.4175	0.6482	-0.0428	-0.9155	0.2771	-0.2847	0.1735	0.4555	0.1404	0.161	-0.0487	0.0217	0.12	-0.0043	0.0166	-1.9568	-3.8344	4.1779
5	3.4283	2.8454	-1.0255	7.1349	-2.441	3.8042	0.0324	0.1003	-0.2147	0.007	-0.0131	-0.0911	0.2194	0.2495	-0.0192	0.0365	0.0082	-0.0099	0.0533	-0.0075	0.0636	-1.9222	-10.4465	15.6533
6	6.522	-0.649	3.4571	6.6582	-0.3182	6.2111	0.0643	-0.346	-0.2298	0.5962	-0.1011	0.3127	0.4375	-0.184	0.0367	0.1435	-0.0419	0.0645	0.1067	0.0085	0.068	-7.3767	-8.2201	25.0915
7	15.1923	9.0514	-14.5844	10.0372	-11.6658	17.8758	0.4404	-0.2212	0.2214	0.4499	-0.4322	-0.4154	-0.6053	0.2641	-0.0082	0.0448	-0.0165	-0.0285	0.1096	0.0136	0.1426	7.0899	-0.3956	19.7888

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	244 - 252
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	253 - 262
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	263 - 264
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	265 - 291
5	X-RAY DIFFRACTION	4	B	292 - 300
6	X-RAY DIFFRACTION	5	B	301 - 319
7	X-RAY DIFFRACTION	6	B	320 - 333
8	X-RAY DIFFRACTION	7	B	334 - 345

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関連情報:EMDBヘッダ

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