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- PDB-3bpc: co-crystal structure of S25-2 Fab in complex with 5-deoxy-4-epi-2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bpc
タイトルco-crystal structure of S25-2 Fab in complex with 5-deoxy-4-epi-2,3-dehydro Kdo (4.8) Kdo
要素(Fab, antibody fragment (IgG1k), ...) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab / anti-carbohydrate antibody
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Brooks, C.L. / Evans, S.V.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Exploration of specificity in germline monoclonal antibody recognition of a range of natural and synthetic epitopes.
著者: Brooks, C.L. / Muller-Loennies, S. / Brade, L. / Kosma, P. / Hirama, T. / MacKenzie, C.R. / Brade, H. / Evans, S.V.
履歴
登録2007年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.source
改定 2.02020年6月24日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_src_nat / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
改定 3.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fab, antibody fragment (IgG1k), light chain
B: Fab, antibody fragment (IgG1k), heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9987
ポリマ－48,3542
非ポリマー6445
水8,305461
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4280 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area19400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.850, 81.290, 132.340
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: 抗体 Fab, antibody fragment (IgG1k), light chain


分子量: 24242.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ascites / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 Fab, antibody fragment (IgG1k), heavy chain


分子量: 24110.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ascites / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)

-
糖 , 1種, 1分子

#3: 多糖 3,4,5-trideoxy-alpha-D-erythro-oct-3-en-2-ulopyranosonic acid-(2-8)-prop-2-en-1-yl 3-deoxy-alpha-D- ...3,4,5-trideoxy-alpha-D-erythro-oct-3-en-2-ulopyranosonic acid-(2-8)-prop-2-en-1-yl 3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosidonic acid


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 464.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[Aad1122h-2a_2-6_2*OCC=C][Aazzd22h-2a_2-6]/1-2/a8-b2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][propyl]{[(1+2)][a-D-Kdop]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 465分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 461 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.77 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 / 詳細: PEG 4000, ethelyene glycol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年1月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→19.97 Å / Num. obs: 44150 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 3.49 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 9 / Scaling rejects: 2609
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2% possible all
1.8-1.863.730.22841715545500.8799.5
1.86-1.943.860.2174.11793945970.9399.2
1.94-2.033.830.1585.51755945330.8698.5
2.03-2.133.760.1386.61721045200.997.9
2.13-2.273.870.1546.61764644960.9997.3
2.27-2.443.480.1057.91565644420.9495.7
2.44-2.693.080.08110.11344542960.9492
2.69-3.072.90.06712.21244142120.9689.9
3.07-3.873.080.05815.21334042391.0289.4
3.87-19.973.20.049241435042651.386.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å19.97 Å
Translation2.5 Å19.97 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.4SSIデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 3.678 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 2071 5.1 %RANDOM
Rwork0.224 ---
obs0.226 40510 94.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.304 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1 Å20 Å20 Å2
2---0.8 Å20 Å2
3----0.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3315 0 36 461 3812
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0223431
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7231.9654673
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.125426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.1523.806134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.20815547
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4311516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2527
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022566
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.21639
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.22300
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2840.2390
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0950.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2450.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.140.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.4280.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0021.52197
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.57123473
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.62931442
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6564.51200
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.44 172 -
Rwork0.37 2922 -
all-3094 -
obs--99.33 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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